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Master Agroalimentaire Cours Les bases de données bioinformatiques Specialisés Prof Amal Maurady FSTT-UAE - CTypes de données bioinformatiques ? Données Génomiques la génomique Elle étudie le fonctionnement d'un organisme d'un organe d'un cancer etc à l'échelle du génome au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène ? Données Protéomiques La protéomique désigne la science qui étudie les protéomes c'est-à-dire l'ensemble des protéines d'une cellule d'un organite d'un tissu d'un organe ou d'un organisme à un moment donné et sous des conditions données ? Données Transcriptomiques La transcriptomique est l'étude de l'ensemble des ARN messagers produits lors du processus de transcription d'un génome Elle repose sur la quanti ?cation systématique de ces ARNm ce qui permet d'avoir une indication relative du taux de transcription de di ?érents gènes dans des conditions données Plusieurs techniques permettent d'avoir accès à cette information en particulier celle des puces à ADN celle de la PCR quantitative ou encore celle du séquençage systématique d'ADN complémentaires CDonnées bioinformatiques ? Genomiques La génomique est la science des génomes elle étudie les séquences d'ADN des êtres vivants ? Les SNP Single Nucleotide Polymorphism constituent la forme la plus abondante de variations génétiques dans le génome humain Ils représentent plus de de toutes les di ?érences entre individus C'est un type de polymorphisme de l'ADN dans lequel deux chromosomes di ?èrent sur un segment donné par une seule paire de bases ? variations de séquences des génomes Modi ?cation de l ? e ?cacité d ? une enzyme Modi ?cation de la ré gulation epissage CTypes de données génomiques ? D'une manière générale les données génomiques se divisent en quatre catégories Séquence séquence nucléotidique d'un chromosome d'un contig d'un transcrit ou d'un ensemble de ceux-ci Ceux-ci sont généralement maintenus par des bases de données publiques telles que UCSC Ensembl et RefSeq La séquence génomique d'un organisme donné est fréquemment disponible en plusieurs éditions appelées builds ou assemblages Annotations Descriptions des caractéristiques - par exemple les gènes les ? Annotations Descriptions des caractéristiques - par exemple les gènes les transcrits les SNP les codons de départ - qui apparaissent dans les génomes ou les transcrits Les annotations comprennent généralement les coordonnées nom du chromosome positions chromosomiques et brin chromosomique ainsi que les propriétés nom de gène fonction termes GO etc d'une caractéristique donnée ? Données quantitatives Tout type de valeur numérique associée à une position chromosomique Par exemple le degré de conservation phylogénétique entre un ensemble d'organismes à chaque position du génome Ou la force du facteur de transcription se liant à une position chromosomique dans un ensemble de données ChIP-seq ? Lire les alignements Enregistrement faisant correspondre une courte séquence d'ADN à une région de séquence identique ou similaire dans un génome Dans une expérience de séquençage à haut débit l'alignement de courtes lectures identi ?e les coordonnées génomiques à partir desquelles chaque lecture est probablement dérivée Les alignements de lecture peuvent être produits en exécutant des données de séquençage par le biais de programmes d'alignement tels que