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Chapitre ii les banques de donnees

Chapitre II Banques de données biologiques A La bioinformatique et le Web Introduction Des années à l'utilisation de l'informatique par les biologistes se faisait sur des consoles reliées à une machine centrale un serveur o? étaient implantés les programmes les banques de données le serveur devait posséder toutes les ressources nécessaires La mise en place d'Internet a permis de développer la mise en commun de ressources partagées par les biologistes que ce soit par échange de courrier de données ftp ou encore par l'utilisation à distance d'un serveur Toutefois cela obligeait l'utilisateur à apprendre le jargon informatique des commandes de bases des systèmes d'exploitation ainsi que les commandes particulières pour chaque programme qu'il veut utiliser Architecture client-serveur De nombreuses applications fonctionnent selon un environnement client serveur cela signi ?e que des machines clientes des machines faisant partie du réseau contactent un serveur qui leur fournit des services Ces services sont des programmes fournissant des données telles que l'heure des ?chiers une connexion Les services sont exploités par des programmes appelés programmes clients s'exécutant sur les machines clientes On parle ainsi de client ftp client de messagerie client Web etc ? - Le client émet une requête vers le serveur gr? ce à son adresse et le port qui désigne un service particulier du serveur C'est toujours le client qui déclenche une demande de service - Le serveur reçoit la demande et répond à l'aide de l'adresse de la machine client et son port Le serveur attend passivement les requêtes des clients port d'écoute et peut traiter plusieurs requêtes en même temps Par exemple le numéro de port du service ftp est le du service smtp mail pour les serveurs Web le port par défaut est Le Web C'est le dernier système d'échanges d'information du modèle client serveur protocole http HyperText Transport Protocol et qui peut se dé ?nir comme un système d'information réparti hypermédia Le serveur gère et héberge l'information sous forme de ?chiers Les documents fournis par le serveur sont dans le format HTML HyperText Markup Langage qui contient non seulement du texte des images mais aussi des liens référence de type url vers d'autres ?chiers ou d'autres serveurs Les adresses des serveurs que vous indiquez à votre logiciel client sont normalisées URL Uniform Resource Locator de la forme port - protocole http ftp gopher news - adresse machine nom symbolique ou adresse I P - port numéro du service si aucun port n'est indiqué c'est le numéro prédé ?ni qui est utilisé par exemple pour WWW - reference locale désigne un ?chier ou répertoire qui sont dé ?nis par rapport au type de serveur Pour le cas particulier du protocole http il existe une méthode CGI Common Gateway Interface qui permet d'incorporer des programmes s'exécutant au sein d'un serveur Web sur requête du navigateur du client Ceci est largement utilisé pour mettre à disposition de la communauté scienti ?que des programmes bioinformatiques qui s'exécutent sur le serveur et dont le client reçoit le résultat dans le format html