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Chimie Informatique UNIVERSITÉ DENIS SASSOU NGUESSO Faculté des Sciences Appliq

Chimie Informatique UNIVERSITÉ DENIS SASSOU NGUESSO Faculté des Sciences Appliquées Licence I de Chimie Année académique : 2020-2021 Dr. NGAKEGNI-LIMBILI Adolphe Christian Prés-requis: Savoir manipuler un ordinateur, des logiciels habituels de bureautique et INTERNET Chimie Informatique Objectifs: Connaissances de base de données de recherche d’informations et les logiciels (de visualisation, de calculs et de DAO) en relation avec la chimie Connaissances spécifiques à la chemoinformatique (représentation de structures par ordinateur, utilisation des bases de données chimiques) connaitre les différentes fonctions nécessaires à sa mise en œuvre des procédés ou unités chimiques (apprentissage des bases de CAO par un logiciel de simulation des procédés) Année académique: 2020-2021 Chimie Informatique PLAN DU COURS 1. La chimie informatique et Les bases de données 2. Les sources d’informations (bibliographie) 3. Méthodologie de recherche d’information en chimie 4. Construction d’une molécule 5. Les domaines d’application 6. Initiation à des pro-logiciels: - visualisation et calculs - représentation des appareillages et des schémas Année académique: 2020-2021 Chimie Informatique I. La chimie informatique et Les bases de données Année académique: 2020-2021 Chémo-Informatique Ou Chimie informatique Utilisation des outils informatiques (ordinateurs) pour aider à résoudre des problèmes chimiques Incorporation efficace des résultats de la chimie théorique dans les programmes informatiques, pour calculer les structures et les propriétés de molécules et solides Qu’est ce que la chimie informatique? = CHIMIE INFORMATIQUE (1) Chémo-Informatique Ou Chimie informatique Qu’est ce que la chimie informatique? = CHIMIE INFORMATIQUE (2) Domaine d’application en évolution avec l’avancée de la technologie informatique Aspect : le développement, la création, l’organisation, le stockage, la diffusion, l’analyse, la visualisation et l’utilisation de l’information chimique Chémo-Informatique Ou Chimie informatique Qu’est ce que la chimie informatique? = CHIMIE INFORMATIQUE (2) Intégration des différents aspects de l’information chimique Méthodes  situations statiques et dynamiques Méthodes indispensables pour le développement de nouveaux composés, matériaux et processus Les bases de données ou banque de données (1) Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)? « Ensemble de données relatif à un domaine défini de connaissance et organisé pour être offert aux utilisateurs » (JO du 17 janvier 1982) Sciences, santé, finances, Culture et Art, … Technique ou méthode d’organisation d’archivage ou de stockage d’information Les bases de données ou banque de données (1) Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)? Cette définition indique les deux aspects complémentaires de la banque de données : la constitution sa structuration Plusieurs objets nommés « bases de données » collectés Banque de données = Les bases de données ou banque de données (1) Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)? La banque de données : Institution, Société commerciale ou Service de documentation stockée sur serveur affichée sur micro-ordinateur de l’utilisateur en réponse à une requête Les bases de données ou banque de données (1) La banque de données : Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)? références bibliographiques bases de connaissances (données factuelles ou numériques) texte intégral structures chimiques images Différentes types d’information sont prises en compte dans les banques de données : 1) Bases de données factuelles et numériques Les bases de données ou banque de données (2) • WebElements • MEMS Material Database • ChemINDEX • GAPHYOR • ChemExper • Le site NIST • ChemFinder • NCI-3D • SOLV-DB • Tableau périodique des éléments • Organic Compounds Database • Properties of 200 linear macromolecules and small molecules • Société Française de Chimie 2) Bibliotheques de sciences Collection de vulgarisation scientifique Collection articulée en grands thèmes Bibliothèque d'étude et de recherche, désigner les bibliothèques dédiées à l’information scientifique et technique Bibliothèques de sciences (ou de sections sciences en bibliothèque), désigner les services qui proposent des collections de sciences exactes Plusieurs bases de données Directory of Open Access Books (DOAB) Répertoire de livres numériques en accès libre. Open Access] FreePatentOnline Base de données gratuite de brevets. [Open Access] Les bases de données ou banque de données (4) Chimie Informatique II. Sources d’information ou Bibliographie Année académique: 2020-2021 Les sources d’informations ou Bibliographie: Sources primaires, secondaires et tertiaires (1) Les sources, 3 grands groupes Données produits en laboratoire Documents produits par les témoins directs de l’evénement Articles, rapports, conférences, thèses, mémoires rédigés à partir de données originales Reformulation Réinterprétation des idées dans les articles, livres, rapports, etc. Signalement de ces livres, rapports, articles, etc. dans des Catalogues, des bibliographies, des bases de données Commentaires ou critiques sur les livres parus Les sources d’informations ou Bibliographie: Sources primaires, secondaires et tertiaires (1) 1) Sources primaires : littérature originale Origine de l'information, directement trouvée par un chercheur. On peut la trouver dans divers documents. Mémoires et thèses / rapports techniques Un mémoire ou une thèse est un rapport détaillé de la recherche menée dans une université Un rapport technique est aussi un rapport de recherche, mais réservé à l'entreprise où il a été produit Conférences et congrès Pendant ces colloques, un chercheur présente les avancées des recherches de son laboratoire Les sources d’informations ou Bibliographie: Sources primaires, secondaires et tertiaires (1) 1) Sources primaires : littérature originale Origine de l'information, directement trouvée par un chercheur. On peut la trouver dans divers documents. Publications et revues scientifiques Journaux où les chercheurs publient ce qu'ils ont trouvé. 80 % des sources primaires Brevets Ce sont des inventions industriellement intéressantes, déposées au nom de l'inventeur. Ils constituent 20 % des sources primaires Les sources d’informations ou Bibliographie: Sources primaires, secondaires et tertiaires (2) 2) Sources secondaires : pointeurs bibliographiques Abstracts et index De nos jours, les publications doivent posséder un bref résumé, fait par le chercheur lui-même Ces journaux publient directement les résumés des publications, qui renvoient à la publication elle-même si elle nous intéresse Journaux spécialisés dans l'extraction de données ils classaient les publications par mot-clé et on regardait les publications correspondantes Avec l'informatique, c'est maintenant l'ordinateur qui fait ce travail Les sources d’informations ou Bibliographie: Sources primaires, secondaires et tertiaires (2) 2) Sources secondaires : pointeurs bibliographiques Revues Les revues sont faites par un chercheur, qui compile des publications à propos d'un même thème Il donne l'état des connaissances sur le sujet, les recherches déjà effectuées et les pistes possibles Ces revues sont très pratiques, car elles résument un sujet précis et donnent les sources auxquelles il s'attache Recueil de résumés 3) Sources tertiaires : guides Les guides permettent de retrouver des informations, après les avoir classées Les sources d’informations ou Bibliographie: Sources primaires, secondaires et tertiaires (3) Livres et dictionnaires Ils permettent de trouver rapidement une information précise En chimie organique, on utilise par exemple des dictionnaires de noms de réactions, de molécules, etc Encyclopédies Souvent bien faites et bien expliquées, on peut obtenir des informations générales à propos d'un sujet Les meilleures sont Encyclopedia Universalis (la plus complète et détaillée) et Wikipedia (très vaste et en ligne) Elles comportent cependant peu d'informations techniques Les sources d’informations ou Bibliographie: Sources primaires, secondaires et tertiaires (1) Sources primaires: littérature originale Rapports Thèses brevets Conférences Documents d’entreprise Publications gouvernementales Sources non publiées Emails Sources secondaires: pointeurs bibliographiques Journaux Ouvrages Revues professionnelles Revues académiques Bases de données Sources tertiaires: guides Dictionnaires Encyclopédies Bibliographies citations Pointeurs bibliographiques (1) A. Chemical abstracts Journaux qui ne publient que le résumé des publications, écrit par le rédacteur lui-même Aujourd'hui ces listes de résumés indexés dans des bases de données, On peut effectuer une recherche en ligne (exemple : PubMed) Très pratiques, autrefois sous forme de gros livres, écrits en tout petit sur du papier très fin Pointeurs bibliographiques (3) B. Ressources en ligne On peut trouver en ligne beaucoup de sources d'information, à la fois primaires et secondaires Version électronique des journaux Journal numérique est la version numérique du journal. Vous pouvez le consulter en ligne Congrès internationaux électroniques Assez limitées, ces conférences permettent tout de même d'y participer sans avoir à se déplacer très loin. Le plus souvent cette conférence n'est que textuelle … Pointeurs bibliographiques (3) B. Ressources en ligne Sites généralistes, de laboratoires, d'universités Ces sites présentent souvent des ressources et/ou des liens vers des sites intéressants On peut obtenir de la littérature scientifique, des cours, des programmes, des conférences, etc … On peut aussi participer à des forums de discussion scientifique Fils RSS Ces petites fenêtres d'informations permettent de récupérer automatiquement et de faire défiler des nouvelles informations, sous forme de résumés, à partir d'un site précis Il faut aussi s'abonner afin de récupérer l'information complète. Pointeurs bibliographiques (2) C. Recherche d'informations Besoin d'une information spécifique Recherche manuelle (pas de bonne méthode particulière) Indexation de la littérature dans un système textuel ou graphique Il existe une revue sur le sujet Il n'existe pas de revue ou on ne l'a pas trouvée Peu de travail de recherche Il faut faire la revue soi-même, ce qui est très long Recherche par mots-clés rapide et facile Travail de recherche fait par l'ordinateur La recherche informatique est une des meilleures source d'information La recherche peut être effectuée on line, sur des bases de données en ligne, ou in house à partir d'encyclopédies sur DVD On privilégiera la littérature en ligne pour une recherche d'informations. Chimie uploads/Science et Technologie/ chimie-info-dsn-1.pdf