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Polycopie microbiologie appliquee et analye de la biodiversite microbienne

Université Abbes Laghrour Khenchela Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie Département de biologie moléculaire et cellulaire Cours de Microbiologie Appliquée et Analyse de la Biodiversité Microbienne Dr LEULMI Nassima Destiné aux étudiants ème année master Microbiologie Année universitaire CAvant-propos Ce polycopié est destiné principalement aux étudiants en master Microbiologie appliquée Il contient l ? essentiel en biologie moléculaire en microbiologie et en microbiologie appliquée Il est donc aussi utile pour les étudiants en licence et en master microbiologie Les informations sont issues d ? un grand nombre de livres et des articles scienti ?ques Ce polycopié résume di ?érents aspects de l ? application des microorganismes dans di ?érents domaines les traitements antimicrobiens et les di ?érentes techniques d ? analyser la biodiversité des microorganismes Le dernier chapitre est consacré à la protection des recherches et des principes éthiques des recherches scienti ?ques LEULMI Nassima Email leulminassima gmail com CTable des matières CHAPITRE PROTOZOAIRE CHAMPIGNONS LEVURES BACTERIE D ? INTERET GENETIQUE INDUSTRIEL ET MEDICAL Introduction La microbiologie industrielle Les microorganismes utilisés en microbiologie industrielles La croissance des microorganismes dans une installation industrielle Les principaux produits de la microbiologie industrielle Les méthodes de bioconversion La conversion microbienne de l ? énergie Les microorganismes en tant que produits La microbiologie appliquée environnementale La microbiologie alimentaire Les aliments fermentés Les microorganismes en tant qu ? aliment et adjuvant alimentaire Microorganismes et génie génétique Principe du génie génétique Contribution des microorganismes au génie génétique La manipulation génétique des microorganismes Applications médicales du génie génétique CHAPITRE VALORISATION DES DECHETS ET BIOMASSE EPURATRICE Introduction Qu ? est-ce qu ? un déchet C Classi ?cation des déchets Aspects de valorisation de déchets Valorisation par compostage Valorisation énergétique Utilisation des déchets comme sous-produits substrat en microbiologie industrielle Valorisation les déchets en alimentation Exemples de di ?érentes voies de valorisation des déchets liquides Aspects d ? élimination des matières polluantes par une biomasse épuratrice Composition de la biomasse épuratrice Que peut-on faire à partir de la biomasse épuratrice CHAPITRE TRAITEMENTS ANTIMICROBIENS ET MICROBIOLOGIQUE RISQUE Introduction Les agents antimicrobiens Les conditions a ?ectant l ? e ?cacité des agents antimicrobiens Classement des agents antimicrobiens Les agents physiques Les agents chimiques Normes de base sur les manipulations de microbiologie Laboratoire de microbiologie Niveaux de sécurité des laboratoires Manipulation de base Risque microbiologique Analyse du risque microbiologique C Appréciation du risque scienti ?que Gestion du risque autorité publiques Communication du risque CHAPITRE ANALYSE DE LA BIODIVERSITE MICROBIENNE Introduction Des dé ?nitions La classi ?cation phénétique La classi ?cation phylogénétique Les methodes d ? etude des communautes microbiennes L ? approche culturale culture dépendante Les caractéristiques classiques Les caractéristiques moléculaires Etude de la communauté microbienne par une approche métagénomique culture indépendante Technique de la DGGE denaturing Gradient Gel Electrophoresis Technique de la SSCP Technique de la TRFLP Les nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit Les limites des techniques moléculaires Echantionnage et conservation des échantillons Les techniques de PCR Les collections des microorganismes rôle dans la préservation de la biodiversité