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Courstranscriptome 1 introsage

Le Transcriptome ? Introduction ? Méthodes d ? analyse du transcriptome ? Puces à ADN principe et méthodologie ? CGH-array CGénome Dé ?nitions Transcriptome Protéome Métabolome CEvolutions technologiques et nouvelles approches ? Les avancées technologiques ont entra? nées une baisse signi ?cative des coûts de séquençage ? La robotisation permet de traiter plusieurs dizaines ou centaines de milliers de clones avec peu d ? interventions humaines et en réduisant les erreurs de manipulation Développement d ? outils de génomique COrganismes procaryotes entièrement séquencés et assemblés ? virus dont rétrovirus ? bactéries en cours ? plasmides naturels ? organelles chloroplastes mitochondries COrganismes eucaryotes entièrement séquencés et assemblés ? champignons dont Saccharomyces cerevisiae MB Schizo Pombe ? animaux drosophile MB C elegans homme MB souris ? parasites dont plasmodium falciparum MB trypanosoma cruci MB ? plantes Arabidopsis thaliana MB riz MB A ceux-la viennent se rajouter organismes en assemblage et en cours dont rat chien chat vache cochon abeille blé tomate orge ma? s peuplier poisson zèbre fugu ? ? CNombre de gènes identi ?és dans di ?érents organismes ? HIV- ? Bactériophage Lambda ? Escherichia coli ? Saccharomyces cerevisiae ? C Elegans ? Drosophile ? Arabidopsis thaliana ? Hommo sapiens CEtape suivante génomique fonctionnelle Functional genomics The development and application of global genome- wide experimental approaches to assess gene function by making use of the information provided by structural genomics It is characterized by high throughput experimental methodologies combined with statistical and computational analysis of the results The fundamental strategy is to expand the scope of biological investigation from studying single genes or proteins to studying all genes or proteins at once in a systematic fashion Phil Hieter and Mark Boguski Functional Genomics It's All How You Read It Science - October L ? objectif des approches de génomique fonctionnelle est de répondre à la question suivante quel est le rôle des gènes identi ?és par les programmes de séquençage CComment assigner une fonction à un gène Protéine déjà étudiée par des approches classiques Gène dont la séquence ou des motifs dans la séquence présente des homologies avec des gènes de fonctions connues dans le même organisme ou ailleurs C ? est l ? annotation par homologie de séquence bioinformatique Génétique inverse on inactive le gène et on observe le résultat Pb avec les gènes essentiels et les familles de gènes compensation Etude de l ? expression des gènes expression spatio-temporelle Des gènes présentant un pro ?l d ? expression similaire peuvent être impliqués dans des processus commun Transcriptome protéome annotation fonctionnelle Localisation intracellulaire des protéines correspondantes immunohistochimie couplage GFP ? CExemple chez Arabidopsis thaliana The Arabidopsis Genome Initiative Nature Vol p - ? Près de des gènes d ? Arabidopsis n ? ont pas de fonction biologique qui puisse leur être attribuée a priori sur la base de leur séquence Multinational coordinated Arabidopsis thaliana functional genomics project Juin ? Moins de des gènes étiquetés par T-DNA KO du gène donnent lieu à une variation visible du phénotype de la plante