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Bi cm1 BI ?? Cours et Introduction à la Bio-informatique et la Génomique Biais de composition des séquences Introduction La bioinformatique Qu'est-ce que c'est C'est répondre à des problématiques biologiques en utilisant des méthodes informatiques Comment

BI ?? Cours et Introduction à la Bio-informatique et la Génomique Biais de composition des séquences Introduction La bioinformatique Qu'est-ce que c'est C'est répondre à des problématiques biologiques en utilisant des méthodes informatiques Comment ça se passe A partir d'une problématique biologique et éventuellement de données expérimentales séquençage puces à ADN données d'interaction RNA-seq etc ? la bioinformatique permet un traitement massif et rapide du problème a ?n de réduire les champs d'investigation à venir et ou de formuler des prédictions Les prédictions établies sur la base d'une méthodologie bio-informatique sont ensuite validées ou invalidées expérimentalement Rien n'empêche que la bioinformatique soit l'élément déclenchant du questionnement Importance du dialogue Biologiste Bio- Informaticien Interfaces fréquentes avec d'autres disciplines telles que la physique les mathématiques les statistiques Pour quoi faire Champs d'investigation vastes et variés Quelques exemples ?? Analyse de séquences comparaisons recherche de motifs domaines recherche de répétitions recherche de biais du contenu etc ?? Prédictions de structures tri-dimensionnelles protéines ARNs ?? Bases de données pour stocker et mettre à disposition les données séquences ou répertorier des plans expérimentaux Limms ?? Analyses phylogénétiques et évolutives classi ?cation arbre étude des pressions évolutives Et bien d'autres Dans ce module on insistera surtout sur les méthodes bioinformatiques de la génomique La Génomique Qu'est-ce que c'est C'est la science le domaine - omique qui étudie les génomes en se basant sur leur séquence Les analyses génomiques concernent les génomes individuellement et les uns par rapport aux autres Génomique comparative Oui mais un génome On parle aussi de protéomique transcriptomique métagénomique etc CC'est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme c'est à dire les gènes codants protéines ou non codants ARNt ARNr ARNi snARN snoARN et microARN les signaux de régulation séquences types bo? tes ? par ex et plus encore J'en veux un ? facile Les données issues du séquençage sont stockées dans des banques de données Certaines données sont privées mais de nombreux génomes complètement séquencés sont publiques et leur séquence est disponible en ligne Par exemple au NCBI http www ncbi nlm nih gov genome browse ou à l'EMBL-EBI http www ebi ac uk genomes Depuis les années séquençage de génomes complets de en grand Maintenant métagénome aussi Séquençage de en rapide EMBL-EBI Janvier bactéries eucaryotes virus phages Ça ressemble à quoi C'est une longue série des bases A C G T des acides nucléiques qui composent l'ADN de l'organisme étudié On parle de séquence brute Le format standard pour échanger ce type de données est le format FASTA Il se compose d'une ligne d'entête suivi d'un identi ?ant commentaire sur la nature et l'origine des données puis la séquence elle même sur les lignes suivantes avec un nombre ?xe de caractères par ligne nbre variable d'un ?chier à un autre autour de à Pour un génome qui contient plusieurs chromosomes le ?chier est souvent un fasta multiple ? qui contient autant de ' ' et de séquences qu'il y a de chromosomes les uns à la suite des autres Rque importante O?