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Cours 1 bioinformatique CHAPITRE I INTRODUCTION A LA BIOINFORMATIQUE ET BANQUES DE DONNEES C CINTRODUCTION La bioinformatique est une ? ? interdiscipline ? ? a la frontière de la biologie de l ? informatique des mathématiques Émergé dans les années Le spé

CHAPITRE I INTRODUCTION A LA BIOINFORMATIQUE ET BANQUES DE DONNEES C CINTRODUCTION La bioinformatique est une ? ? interdiscipline ? ? a la frontière de la biologie de l ? informatique des mathématiques Émergé dans les années Le spécialiste qui travaille à mi-chemin entre ces sciences est appelé bioinformaticien ou bionaute L'utilisation du terme bio-informatique est documentée pour la première fois en dans une publication de Paulien Hogeweg et Ben Hesper université d'Utrecht Pays- Bas CBut de la bio-informatique Les système biologique sont très complexes et les techniques modernes d ? investigation du monde biologique fournissent une vaste quantité de données expérimentales Donc le but ultime de la bio- informatique Est d ? intégrer ces données d ? origines très diverse pour modéliser les systèmes vivants a ?n de comprendre et prédire leurs comportements dans des conditions de fonctionnement normales ou pathologiques ? CLA BIOINFORMATIQUE DÉFINITION La bioinformatique est la discipline de l ? analyse in silico ? de l ? information biologique renfermée dans les séquences nucléotidiques séquences de nucléotides et protéiques séquence des acides aminés ? ? Son apparition dans les années Co? ncide avec la création des premières banques de données EMBL et GenBank À partir des années la bioinformatique devient indispensable avec l ? accumulation des données de séquençage notamment les génomes complets Fondée sur les acquis de la biologie elle permet de produire de nouvelles connaissances et des suggestions pour de nouvelles expériences CLa bioinformatique propose des méthodes et des logiciels qui permettent La collection le stockage et la gestion des données biologiques et leur distribution à travers les réseaux - Le développement des outils logiciels algorithmes pour analyser les problèmes de biologie moléculaire - L ? analyse la comparaison et la prédiction de la structure des gènes - La modélisation et la prédiction de la structure et de la fonction des protéines -Les études phylogénétiques et l ? évolution moléculaire des êtres vivants CLES BANQUE DE DONNÉES BIOLOGIQUES CLes bases de données contenant des informations biologiques et des données largement di ?usées par le réseau Internet Elles sont généralement reliées entre elles par des liens links ? Il existe un grand nombre de bases de données d'intérêt biologique Nous nous limiterons ici à une présentation des principales banques de données publiques CDEUX TYPES DE BANQUES -Celles qui correspondent à une collecte des données l plus exhaustive possible et qui o ?rent ?nalement un ensemble plutôt hétérogène d'informations -Traitent des thématiques générales -Celles qui correspondent à des données plus homogènes et spéci ?ques - Traitent des thématiques particulières ? ? Bases de données ? ? ? Banques de données OU Banques de données ou bases de données GÉNÉRALISTES OU Banques de données ou bases de données SPÉCIALISÉES CLES BANQUES GÉNÉRALISTES COn appelle banques généralistes ou banques primaires les ressources qui collectent gèrent archivent et mettent à disposition de la communauté scienti ?que un ensemble de données primaires Classiquement on considère comme banques primaires les banques généralistes qui contiennent des séquences nucléiques et protéique obtenus par