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Role du laboratoire de biologie medicale dans le diagnostic microbiologique des bacteries anaerobies

Dossier scienti ?que Rôle du laboratoire de biologie médicale dans le diagnostic microbiologique des bactéries anaérobies Yann Dumont Anne-Laure Michon Chrislène Laurens Lucas Bonzon Sylvain Godreuil Hélène Jean-Pierre Hôpital Arnaud de Villeneuve CHU de Montpellier Laboratoire de bactériologie Université de Montpellier avenue du Doyen Gaston Giraud Montpellier Cedex France UMR MIVEGEC IRD-CNRS - Université de Montpellier IRD Montpellier France Auteur correspondant h-jean pierre chu-montpellier fr H Jean-Pierre RÉSUMÉ L ? étude des bactéries anaérobies conna? t un regain d ? intérêt du fait de la description de leur importance dans les microbiotes et dans les processus infectieux De nombreux outils commercialisés milieux de transport géloses et bouillons systèmes assurant l ? anaérobiose permettent à ce jour leur culture à partir des échantillons cliniques La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF éventuellement complétée par le séquençage de l ? ARN S a révolutionné leur identi ?cation y compris pour des espèces d ? isolement moins fréquent et diminué considérablement le délai de rendu des résultats Les techniques phénotypiques conventionnelles s ? appuyant sur une série de tests facilement utilisables en routine et peu coûteux microscopie tests biochimiques rapides et taxodisques permettent d ? identi ?er les principaux genres d ? importance clinique et parfois les espèces mais impliquent un délai de réponse de h Étant donné l ? évolution de la résistance aux antibiotiques de certaines bactéries Bacteroides Parabacteroides Prevotella cocci à Gram positif anaérobie il est souhaitable de tester leur sensibilité surtout dans le cadre d ? infections monomicrobiennes ou d ? infections mixtes impliquant des bactéries potentiellement résistantes Les techniques de routine facilement utilisables et exibles reposent actuellement essentiellement sur les bandelettes imprégnées d ? un gradient d ? antibiotique La méthode de référence dilution en gélose est réservée aux laboratoires spécialisés MOTS CLÉS antibiogramme bactéries anaérobies culture identi ?cation KEY WORDS anaerobic bacteria antibiogram culture identi ?cation ? ?? Elsevier Masson SAS Tous droits réservés ABSTRACT Role of medical biology laboratory in the microbiological diagnosis of anaerobic bacteria There is a renewed interest in the study of anaerobes bacteria because of their role in microbiota and in infectious processes Various commercially available systems transport media solid culture media and broth systems providing suitable anaerobic environment allow to isolate anaerobic bacteria successfully from clinical specimens The use of matrix-assisted laser desorption ionization timeof- ight mass spectrometry eventually supplemented by S rRNA gene sequencing has revolutionized identi ?cation of anaerobes with quickly and accurately results even for unusual anaerobes Conventional phenotypic techniques based on routinely usable and cost-e ?ective tests microscopy rapid biochemical tests and special potency antibiotic disks lead to an identi ?cation of main clinically relevant anaerobes at the genus level and sometimes at the species level but is time consuming Because signi ?cative change in resistance patterns of many anaerobes Bacteroides Parabacteroides Prevotella anaerobe Gram positif cocci antimicrobial susceptibility testing AST is recommended especially in the case of monomicrobial infections or mixed infections incriminating potentially resistant bacteria Methodology for easy and exible routine AST of anaerobic bacteria