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Autophagy Tools for cell death series 2 3 Contents Introduction to cell death.

Autophagy Tools for cell death series 2 3 Contents Introduction to cell death. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 Autophagy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 - - Types of autophagy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 – Macroautophagy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 – Microautophagy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 – Chaperone–mediated autophagy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Autophagy: cellular and molecular mechanisms. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 - - Induction and phagophore formation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 - - Phagophore elongation and autophagosome formation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 - - Fusion, degradation and recycling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 - - Autophagy regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 Autophagy and disease - - Cancer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 - - Neurodegenerative diseases. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 - - Cardiovascular diseases. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 - - Infectious disease . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 Autophagy detection - - Markers of autophagy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 - - Visual identification. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 - - ATG8/LC3 detection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 – Western Blotting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 – Turnover of LC3–II/ATG8–PE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 – Luminescence based assays. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 – GFP–ATG8/LC3 detection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 – Fluorescence microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 – Tandem mRFP/mcherry–GFP fluorescence microscopy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 – Flow and multispectral imaging cytometry. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 – Immunohistochemistry. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 - - SQSTM1/p62 and related LC3 binding protein detection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 - - TOR, AMPK and ATG1/ULK1 detection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 - - Additional autophagy related markers. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 – ATG9. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . uploads/Finance/ autophagy-guide.pdf