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Commandes du Shell Le shell (mot anglais signifiant « coquille ») est un logici

Commandes du Shell Le shell (mot anglais signifiant « coquille ») est un logiciel fournissant une interface pour un utilisateur. Le shell est la partie la plus externe du système d'exploitation, c'est l'interface utilisateur du système d'exploitation. Définition Les Shells graphiques Explorateur des repertoires par les fenêtres: explorer ou nautilus Les Shells textuels Explorateur des repertoires avec un terminal: Bash, csh Nautilus = shell graphique Les Shells graphiques Explorateur des repertoires par les fenêtres: explorer ou nautilus Le Terminal Les Shells textuels Explorateur des repertoires avec un terminal: Bash, csh Arborescence du système Linux C'est quoi le shell? ● Le shell c'est un programme qui se trouve dans le répertoire /bin. ● Le shell permet d'exécuter des commandes, d'explorer l'arborescence du système, de créer, d'éditer et de supprimer des fichiers, etc. ● On distingue plusieurs shells ● le /bin/sh shell Bourne ● le /bin/bash shell Bourne Again SHell ● le /bin/csh C shell ● le /bin/ksh Korn shell ● le /bin/tcsh C shell amélioré ● le /bin/zsh/ Z shell Comment accéder à la ligne de commande? ●Pour accéder à la ligne de commande, il est possible d'utiliser un terminal (xterm, kterm, gterm) ou encore konsole. ●Menu accéssoires terminal → → ●En informatique, un terminal désigne un ensemble de périphériques de sortie (écran...) ou d'entrée (clavier, souris...), en quelque sorte l'extrémité d'un réseau. Pourquoi utiliser la ligne de commande ? ●Beaucoup de solutions sont données en ligne de commande. Pour certaines tâches, l'utilisation de la ligne de commande s'avère bien plus pratique et plus puissante que la fameuse souris Notions de commande ●Une commande est un fichier exécutable. L'exécution d'une commande peut être différente suivant le cas. command -option argument Où se trouve les commandes? Les commandes que vous pouvez exécuter depuis votre terminal se trouvent dans certains répertoires de votre système. ●Pour trouver l'emplacement d'une commande, on utilise "whereis" (en français "où est") : whereis firefox Commandes pour naviger dans les répertoires pwd Se localisé ls Lister ce qu'il y a cd Se déplacer dans /home cp copier rm Remove/ effacer mkdir Make directory touch Créer un fichier mv déplacer sudo Avoir les faveurs ”administrateur” rmdir Effacer un dossier man manuel Recherche avec le terminal Dans le système de fichier ●find find /home -name test #Commande /répertoire -option fichier Exemple: sudo find / -name nom-utilisateur ●locate locate nom-fichier #Exemple: locate bureau locate Bureau locate -i bureau (-i,insensible à la casse majuscule) Recherche avec le terminal Dans un fichier texte ●grep ou egrep grep filtre fichier Exemple: grep P450 alldrugbase.fasta grep -c P450 alldrugbase.fasta (print number line) ●cat cat nom-fichier #Exemple: cat alldrugbase.fasta cat -n alldrugbase.fasta Manipuler des fichiers avec le terminal Flux et re direction ●Le chevron > echo truc > /home/session/Bureau/null Permet de rediriger le flux de sortie d'une commande vers une destination Explication: le chevron enverra le flux de la commande ”echo truc” vers le fichier ”null” contenu dans le Bureau. Quand le chevron est mis deux fois à la suite, >>, la sortie est écrite dans le fichier sans l’écraser, mais en le continuant. echo truc >> ~/Bureau/null echo raja > fifi.txt gedit fifi.txt & echo est belle >> fifi.txt Manipuler des fichiers avec le terminal Flux et re direction ●Le tube ou Pipe | ls /home ls /home | grep me ls /home | grep me | wc -l La syntaxe: cmd 1 | cmd 2, permet à la cmd 2 de travailler sur ce que la cmd1 renvoie. Les expressions rationnelles Regular Expression (REGEX) Définition: Une expression rationnelle est composée d'une suite de caractères appelée 'motif' ou 'pattern' en anglais, qui est utilisée pour décrire une chaine de caractère avec pour but de la retrouver dans un texte Les expressions rationnelles Regular Expression (REGEX) Le Point ”.” ..........N'importe quel caractère (sauf fin de ligne) a.c. La paire de crochets ”[]” Le Point ”.” ......Séquence de caractères Ub[uoe]nt[uo] [0-9a-zA-Z] [^0-9] Exclure les chiffres L'astérisque ”*” ......Est un quantificateur qui indique une répétition du caractère ou élément qui le précéde......0 ou plusieurs fois Π = 3,14[0-9]* protein[a-z]* Le signe plus ”+” ......Est un quantificateur qui indique une répétition du caractère ou élément qui le précéde......1 ou plusieurs fois Les expressions rationnelles Regular Expression (REGEX) ........est utilisée à la fois pour grouper certains éléments d'une expression régulière (a).c(...) = a.c... La paire de parenthèses ”()” Le point d'interrogation ”?” ........joue le rôle de quantificateur. Il signifie 0 ou 1 l'occurence d'un symbole ou expression egrep -c 'AA(RR)?' alldrug.fasta L'accent circonflexe ”^” ........Ancre de positionnement au début de ligne ........Négation d'une classe entre crochets egrep -c '^>' alldrugbase.fasta Le dollar ”$” ........Ancre de positionnement ........Positionnement en fin de ligne ou chaine egrep ' D$' alldrugbase.fasta ^$ ^.*$ ^.+$ (ab)* = abababab a(b)* = abbbbbb Les expressions rationnelles Regular Expression (REGEX) ........Symbole d'achappement des métacaractères . ? $ ^ [ ] ( ) * + | {} Le congreoblique ”\” .........ce sont des Métacaractères La barre verticle ”|” ........Alternative entre plusieurs termes cat alldrub.fasta | egrep 'AAA|AAR' Accolade ”{}” Quantificateur avec précision du nombre de répétition 1)egrep 'A{5}' fichier = filtrer AAAAA 2)egrep 'A{,5}' fichier = filter au plus AAAAA 3)egrep '{5,}' fichier = filter au moins AAAAA Le congreoblique entier ”\n” Faire appelle à la nième parenthèse (Quatre) cent \1 = Quatre cent Quatre Les expressions rationnelles Regular Expression (REGEX) ........Symbole d'achappement des métacaractères . ? $ ^ [ ] ( ) * + | Le congreoblique ”\” .........Se sont des Métacaractères La barre verticle ”|” ........Alternative entre plusieurs termes [a-z]+\.(gif|jpeg|png)| Les caractères de conrôles \n .......Fin de ligne \r .......Retour chariot \t .......Tabulation horizontale \w .......Classe des caractères alphabétiques \d .......Classe des nombres entiers \s .......Classe des caractères d'espacement Les expressions rationnelles Regular Expression (REGEX) grep ”>\w*\|[09]*\s[^(]*[AZ09;]” /mezhoud/Bureau/alldrugbase.fasta exemples: find /home/mezhoud/Bureau regex ”.*$doc\|png$” find /home/mezhoud/Bureau iname ”*\.doc” or iname ”*\.png” cat alldrugbase.fasta | egrep 'DB[09]{5}' Les expressions rationnelles Regular Expression (REGEX) uploads/Industriel/ shell-regex.pdf