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DESS Ingénierie documentaire Evolution des classifications botaniques: utilitai

DESS Ingénierie documentaire Evolution des classifications botaniques: utilitaires, morphologiques, phylogéniques. Alexandre PIROUX Sous la direction de Joël Reynaud Maître de conférence à la faculté de pharmacie 8 avenue Rockefeller 69008 LYON Remerciements Je tiens à remercier Mr Joël Reynaud pour le temps qu’il a accordé au suivi et à la correction de mon travail ainsi que pour ses précieux conseils lors des différentes entrevues. PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 2 RESUME Evolution des classifications botaniques : utilitaires, morphologiques, phylogéniques. Depuis l’Antiquité, les classifications botaniques se sont succédées. D’abord basées sur l’utilité des plantes; elles se sont ensuite tournées vers l’étude morphologique avec les progrès des moyens d’observation lors de la Renaissance. Quand la théorie sur l’évolution apparût, elles se basèrent alors sur la réunion de plantes parentes. Cette dernière façon de classer le monde végétal fait aujourd’hui référence et profite des progrès scientifiques dans le domaine de la biologie moléculaire. Descripteurs : Classification botanique. Systématique végétale. Cladistique. Phylogénie. Botany classifications evolution : utilitary, morphologic, phylogenic Since Antiquity, botany classifications have followed one another. First based on plant usefulness, they turn to morphological study thanks to observation means progresses. When evolution theories appeared, they based themselves on parent plant’s reunion. This last classification way of the vegetal word is today the reference and takes advantage of scientific progresses in the molecular biology. Keywords : Botany classification. Systematic. Cladistic. Phylogeny. PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 3 Table des matières INTRODUCTION. ......................................................................... 6 METHODOLOGIE. ......................................................................... 7 1. Mise en place des équations de recherche. 7 2. Sources d’informations à consulter. 8 RECHERCHE DOCUMENTAIRE. ...................................................... 9 1. Informations auprès de la personne ressource. 9 2. Encyclopédie Universalis. 9 3. Bases de données payantes (serveur DIALOG). 10 3.1. Presentation du serveur DIALOG.................................................. 10 3.2. Sélection de bases pertinentes à l’aide de DIAL INDEX. ................... 10 3.3. Première équation de recherche. ................................................. 14 3.4. Seconde équation de recherche. .................................................. 15 4. Recherche à l’aide d’un annuaire de recherche (looksmart). 15 4.1. Equation de recherche ............................................................... 16 4.2. Résultats................................................................................. 16 5. Recherche à l’aide d’un moteur de recherche. 17 5.1. Equation de recherche. .............................................................. 17 5.2. Résultats................................................................................. 17 6. Recherche dans les sites de revues en lignes. 18 7. Obtention des documents primaires. 19 8. Estimation des coûts et du temps de travail. 20 8.1. Estimation des coûts en temps. ................................................... 20 8.2. Estimation des coûts en argent ................................................... 20 SYNTHESE................................................................................. 22 1. Les classifications utilitaires. 22 1.1. L’Antiquité : les plantes ont une âme et servent l’homme................ 22 1.2. Le Moyen-âge : régression et confusions....................................... 23 2. Les classifications morphologiques. 25 2.1. la Renaissance : l’éveil de la botanique......................................... 25 2.2. Le 17ème siècle : les bases de la botanique moderne. ....................... 27 2.3. Linné L’inventeur de la nomenclature moderne............................... 28 3. Les classification évolutives. 31 PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 4 3.1. Le 19ème siècle : Darwin. La fin du fixisme. ................................... 31 3.1.1. La phénétique. ............................................................. 32 3.1.2. La cladistique (ou classification phylogénétique). ................ 34 3.2. Le 20ème siècle. Les classifications modernes : phénétique et cladistique. 36 3.3. La classification actuelle. Utilisation des outils moléculaires. ............. 37 4. Conclusion. 40 BIBLIOGRAPHIE........................................................................ 41 TABLE DES ANNEXES. ................................................................ 49 PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 5 INTRODUCTION. Naturellement intéressé par la botanique, j’ai contacté M. Joël Reynaud, maître de conférences et membre du laboratoire de botanique et d’homéopathie de la faculté de pharmacie de Lyon, afin de savoir si un sujet pouvait faire l’objet d’une note bibliographique. M. Reynaud m’a alors demandé de préparer de mon côté une liste de sujets susceptibles de convenir à un tel travail. Lors de notre première rencontre, nous nous sommes aperçus que nous avions un sujet en commun puisque l’évolution des classifications en botanique avait retenu notre attention. Nous avons donc décidé de travailler sur ce sujet qui après les premières recherches réalisées est devenu « Evolution des classifications botaniques : utilitaires, morphologiques, phylogéniques ». Si nous avions, M. Reynaud et moi-même, pensé au même sujet, c’est que la botanique vit, depuis quelques décennies, un réel bouleversement. En effet, à l'origine, les classifications des plantes ont d'abord reposé sur leur utilité (comestibilité, propriété thérapeutique) puis sur leur morphologie (organisation et disposition des différentes parties florales, des organes reproducteurs) Elles sont maintenant basées sur la recherche d’ancêtres communs (phylogénie ou cladistique) et ceci grâce à des méthodes d’analyse très pointues (biologie moléculaire, séquençage des gènes..) Il est donc plus qu’intéressant pour un laboratoire de botanique de faire régulièrement le point sur les développements de cette nouvelle systématique. PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 6 METHODOLOGIE. 1. Mise en place des équations de recherche. Le sujet « Evolution des classifications botaniques : utilitaires, morphologiques, phylogéniques » fait appel à deux domaines bien distincts : l’histoire des sciences, ici de la botanique, qui traitera plus des classifications en passe d’être sinon rejetées du moins remaniées et puis la biologie moléculaire à la base de la nouvelle classification. Il faut donc tenir compte de ces deux approches du sujet pour formuler de bonnes équations de recherches. J’ai donc décidé d’en formuler deux, la première qui prend en compte le caractère historique et la seconde qui s’intéresse aux recherches scientifiques à la base de la classification phylogénique. Ce choix de termes n’a pu se faire qu’après la lecture de livres et d’articles prêtés par M. Reynaud, lequel a ensuite validé ce choix. Première équation : Descripteurs français Descripteurs anglais Botanique, plantes botany, plants Classifications, systématique Classifications systematic histoire history PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 7 Seconde équation : Descripteurs français Descripteurs anglais Botanique, plantes botany, plants Classifications, systématique Classifications systematic Phylogénie, cladistique Phylogeny, cladistic Les termes d’une même ligne sont utilisés de façon équivalente dans l’équation de recherche. Cependant, suivant les sources d’information consultées, je ne choisirai que certains termes, ceux dont l’équation donne les meilleurs résultats (peu de bruit ). 2. Sources d’informations à consulter. Les sources d’informations qui m’ont permis d’effectuer mes recherches ont été les suivantes : ¾ Livres et articles prêtés par M. Reynaud. ¾ Encyclopédie UNIVERSALIS sur support CD Rom. ¾ Bases de données payantes consultables sur le serveur DIALOG. ¾ Annuaire de recherche (LOOKSMART) et moteur de recherche (GOOGLE). ¾ Sites de revues de botanique en ligne. PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 8 RECHERCHE DOCUMENTAIRE. 1. Informations auprès de la personne ressource. Les livres et articles prêtés par M. Reynaud se sont avérés précieux pour trois raisons : ¾ Couvrant l’ensemble du sujet, ils m’ont permis d’avoir une bonne idée du thème traité ainsi que de mettre au point les équations de recherche citées au paragraphe 1. ¾ La bibliographie qu’ils contiennent me permettent de trouver des documents intéressants. ¾ Ils constituent de l’information directement exploitable pour la synthèse 2. Encyclopédie Universalis. J’ai ensuite cherché dans l’encyclopédie Universalis version 7 des articles se référant à l’ensemble des domaines du sujet. Cette encyclopédie est une œuvre de synthèse dont les articles rédigés par des spécialistes de différents domaines fait le point des connaissances acquises jusqu’ici par l’humanité. La version électronique reprend le texte intégral de la version papier en 28 volumes ainsi que de nombreux articles tirés des suppléments annuels Universalia et La Science au Présent. La recherche sur la version 7 permet d’effectuer des requêtes avec plusieurs mots-clés, des opérateurs booléens et des troncatures. PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 9 J’ai entré l’équation suivante : botanique ET systématique ET histoire J’obtiens 40 résultats dont 3 sont très pertinents. Le bruit important observé s’explique par le fait que les descripteurs sont cherchés dans le titre et aussi le texte, ainsi un article sans rapport avec le thème mais qui comporte les 3 mots-clés apparaîtra dans les résultats. 3. Bases de données payantes (serveur DIALOG). 3.1. Presentation du serveur DIALOG. DIALOG est un serveur regroupant plus de 450 bases de données couvrant des domaines très divers comme les sciences et techniques, les sciences humaines ou bien encore l’économie. DIALOG est accessible soit par Telnet : telnet://dialog.com , soit en ligne à deux adresses : http://www.dialogweb.com et http://www.dialogclassic.com 3.2. Sélection de bases pertinentes à l’aide de DIAL INDEX. Le DIALINDEX permet de sélectionner des bases de données pertinentes d’après une première équation de recherche générale. Comme grands thèmes de bases de données, j’ai choisi des thèmes scientifiques mais aussi le thème historique. PIROUX Alexandre | DESS Ingénierie documentaire | 2002| Enssib. 10 SF allsci, allbiosci, biosci, agri, scitech, history 253 bases de données correspondaient à ces thèmes. Pour sélectionner les bases de données les plus pertinentes, j’ai entré la requête suivante, la plus large possible, susceptible de contenir des éléments tant historiques que biologiques : s (botany or plant ? ?)(w)(classification? ?) J’ai obtenu les résultats suivants après avoir exécuté la commande Rank files qui permet de donner la liste des bases les plus pertinentes quant au sujet donné. Le premier chiffre (374 pour N1) indique le nombre d’articles trouvés uploads/Science et Technologie/ 778-evolution-des-classifications-botaniques.pdf