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Présenté par : HARKATI Ayoub Encadré par : AALAGUI CHAIMAA EL GHARBAOUI MOUSAAB

Présenté par : HARKATI Ayoub Encadré par : AALAGUI CHAIMAA EL GHARBAOUI MOUSAAB Année universitaire : 2019-2020 Rapport de stage Master d’Université Spécialité: Management de qualité et sécurité des aliments Analyse microbiologique des aliments et assurance qualité au sein de laboratoire de microbiologie ‘AGQ LABS’ Introduction I. Présentation d’AGQ LABS : AGQ Labs est un Centre Technologique internationale, propose des solutions et des services de valeur destinés aux secteurs Agronomique, Alimentaire, Environnemental, Minier, de la Santé et de la Sécurité. Il s´agit d´une combinaison entre la technologie (Chimie analytique) et l´expertise sectorielle (Ingénierie Chimique appliquée). Les laboratoires AGQ sont situés dans les pays suivants : MAROC ,Espagne ,PÉROU ,CHILI ,ÉTATS-UNIS ,Portugal ,Mexique ,Italie ,ARGENTINE ,COLOMBIE ,EQUATEUR ,GUATEMALA ,COSTA RICA ,EGYPTE ,TUNISIE ,SUDÁFRICA , RÉPUBLIQUE DOMINICAINE AGQ Labs opère sur le marché Marocain depuis 2005. Au départ, c’était uniquement le suivi nutritionnel aux producteurs d’agrumes et de baies du le nord du pays (dans l’axe Larache-Kenitra), ce suivi est réalisé dans le centre technologique d’AGQ Labs au niveau d’Espagne. La première délégation technique a été fondée à Mohammedia en 2008, équipé d’un centre logistique de conditionnement et de préparation d´ échantillons, qui étaient envoyés à l’Espagne. Cette délégation, en plus de sa structure logistique, avait aussi une équipe technique pour apporter un soutien et une assistance technique portant sur l’agriculture et la sécurité alimentaire. C´est à cette époque que le travail sur la sécurité alimentaire (résidus de pesticides, de métaux lourds etc.)a commencé, agrandissant la zone d’activité à Marrakech, le Gharb et l’axe Agadir-Taroudant, dans le sud du pays. C´est en 2011 qu´ AGQ Labs monta un projet d’investissement afin de créer un grand laboratoire capable de couvrir toutes les opérations générées au Maroc. Ce centre technologique est situé à Mohammedia, à seulement 30 km de Casablanca. Il est doté d´un laboratoire à la fois organique (chromatographie) pour l’analyse des résidus de pesticides ; inorganique (analyse foliaire, engrais, eaux, sols et solutions du sol) ; et microbiologique. Avec plus de 500 clients présents dans le secteur agro-alimentaire, AGQ Labs est le laboratoire de référence dans ce domaine. Il collabore avec les plus importantes entreprises produisant et exportant des agrumes, des olives, des baies, des raisins de table, des légumes, des fruits à noyaux, des thés, des plantes aromatiques etc. AGQ Labs Maroc a l’accréditation ISO 17025 pour Laboratoires d’essaies, conféré par le Service International d' Accréditation (IAS).[1] AGQ Labs Maroc est constitué de 3 départements présentés dans la figure 1 : Figure 1 : Les différents départements de AGQ LABS II. Le laboratoire de microbiologie : II.1. Présentation de laboratoire de microbiologie : Figure 2 : schéma de laboratoire de microbiologie Le laboratoire de microbiologie est constitué de salles suivantes :  Une salle de réception des échantillons.  Une salle d’analyse d’eau et des aliments.  Une salle d’incubation.  Une salle de lecture/confirmation.  Une salle d’autoclavage et laverie (la salle la plus pathogène). Cette organisation de laboratoire n’est pas faite au hasard, en effet il est organisé selon la démarche de ‘marche en avant’ qui consiste à séparer les locaux de travail, de telle façon qu’un produit souillé ou déchet ne rencontre jamais le produit initial. [2] Le laboratoire est organisé également selon la méthode 5S (figure 3) : Figure 3 : Organisation de laboratoire selon la méthode 5S La méthode 5S est une démarche japonaise qui permet la gestion des différents équipements dans un environnement d travail, ce qui permet d’éviter le gaspillage de temps et d’espace, et une optimisation de travail. Les 5S est une abréviation de 5 mots japonais dont chacun a une explication (tableau1) : Mot en japonais Equivalent en français Explication Seiri Séparer Distinguer entre ce qui est désirable et non. Retirer les éléments indésirables. Seiton Systématiser Organiser le lieu de travail. Gardez les objets dans leur place correcte pour les récupérer facilement et immédiatement. Seiso Supprimer Supprimer toute source de saleté, et assurer que l’environnement de travail est toujours propre Seiketsu Standardiser Maintenir le lieu de travail selon les normes établies. Exposer tous les affiches de procédures, les comprendre et les suivre. Shitsuke Autodiscipline Suivez les règles de l'entreprise et les procédures établis. Faire des choses comme ils doivent être faites. Tableau 1 : La signification des 5S [3] II.2. Méthodologie de travail dans le laboratoire : Figure 4 : Procédure générale de travail dans le laboratoire La figure 4 présente la procédure générale de travail dans le labo qui commence par la réception d’échantillon, puis son analyse microbiologique, en suite : Une destruction des déchets, à savoir les boites de Petrie qui ont étés lus, ceci nécessite une élimination de toute trace de vie pour cela, les déchets sont mis dans l’autoclave pendant 30 min et dans une température de 121 °c. Une stérilisation de matériel comme, les flacons qui vont être réutilisés dans la préparation des milieux de culture, les tubes qui vont entre réutilisés dans les dilutions, les embouts de pipettes, ceci se fait dans l’autoclave pendant 15 min et une température de 121 °c. III. But des analyses microbiologiques : Les analyses microbiologiques des aliments, ont 2 objectifs : Pour la santé publique : Il s’agit de l’objectif ultime des analyses microbiologiques, certaines agents pathogènes s’ils ne sont pas détectés au temps convenable peuvent nuire à la santé publique voire causer la mort. Pour des raisons économiques : on parle ici des agents d’altération, qui peuvent rendre le produit inconsommable, les analyses microbiologiques dans ce cas portent une information pour le producteur qui peut agir en temps opportun et éviter l’altération de son produit. En bactériologie alimentaire il n’est pas obligatoire de rechercher et identifier toutes les bactéries, levures et moisissures présentes dans le produit. Il suffit souvent d’effectuer : 1) une étude quantitative de la flore microbienne : - soit par dénombrement d’une flore microbienne donnée caractérisée par un ensemble de propriétés physiologiques communes comme par exemple numération de la flore aérobie mésophile revivifiable sur un milieu du type gélose nutritive ordinaire (germes hétérotrophes peu exigeants, mésophiles si la température d’incubation est voisine de 30°C avec une durée d’incubation généralement inférieure à 72 heures, neutrophiles si le pH est voisine de 7, aérobie ou aéro- anaérobie si l’incubation est réalisée à l’air), la numération des levures et moisissures confondues (germes acidophiles, aérobies pour la plupart, mésophiles “bas” etc.), la numération des anaérobies sulfito-réducteurs (germes hétérotrophes, réduisant les sulfites en sulfure d’hydrogène, mésophiles, anaérobies stricts). La présence de bactéries d’origine fécale ou tellurique témoigne dans nos aliments d’un manque d’hygiène et d’un défaut de rigueur technique. - soit par dénombrement d’un groupe bactérien pouvant correspondre à une contamination déterminée: coliformes thermotolérants et/ou streptocoques du groupe D pour la mise en évidence d’une contamination d’origine., staphylocoques pour la mise en évidence d’une contamination d’origine cutanée, germes indologènes, germes putrides , etc... 2) une recherche orientée de certaines bactéries pathogènes telles que Salmonella, Staphylococcus, Shigella, Mycobacterium, Listeria, Brucella, Campylobacter, Yersinia , etc.... Cette recherche exige l’utilisation de méthodes spécifiques hautement sélectives. Le plus souvent, ces analyses ne diffèrent d’un produit alimentaire à un autre que par certains détails d’exécution. Parmi les analyses “communes” à tous (ou presque tous) les produits alimentaires on peut citer par exemple les numérations des coliformes ou de la flore “totale”. La bonne qualité microbiologique (hygiénique et marchande) est donc fonction de très nombreux facteurs ; le microbiologiste se doit néanmoins de définir le plus rapidement possible la notion quantitative et qualitative de flore normale de son produit ou de ses matières premières (microorganismes “habituels”et tolérables), et d’une flore contaminante dont le seuil de tolérance sera défini en fonction du risque que fait courir cette flore à un type donné de consommateur.[4] MATERIEL ET METHODES I. Analyse microbiologique de l’eau : I.1. Les micro-organismes retrouvés dans l’eau : Il est aujourd’hui évident que l’eau est essentielle à bien des égards. Les eaux destinées à l’alimentation humaine (boissons, préparation d’aliments etc.) ont des origines diverses (eaux souterraines ou de surface). La flore microbienne présente dans l’eau est très variée et dépend de l’origine de l’eau (eau de captage ou de distribution, eau résiduaire etc.). Parmi les principaux microorganismes susceptibles de se trouver dans l’eau on rencontre essentiellement des germes normalement aquatiques, des germes telluriques et des germes d’origine intestinale : • Les bactéries vivant normalement dans l’eau sont surtout représentées par des bacilles ou des vibrions Gram - (Vibrio, Flavobacterium, Achromobacter, Pseudomonas, Cytophaga, Acinetobacter, bactéries sulfato-réductrices ou ferrugineuses, Sphaerotilus, Spirillum etc...) des bactéries Gram + (Streptomyces, Micrococcus, Corybacterium). Bon nombre des bactéries typiquement aquatiques sont difficiles à cultiver au laboratoire et requièrent des milieux très dilués ne cultivent pas ou peu sur les milieux ordinaires) et ont des températures optimales de croissance de 20°C ou moins. Certaines de ces bactéries (Sphaerotilus, Leptothrix, Gallionella et à un degré moindre Pseudomonas et Acinetobacter) sont qualifiées de mucogènes car elles induisent des troubles et la formation de “filaments” qui peuvent engendrer des corrosions ou bloquer les canalisations. Les germes typiques de l’eau sont souvent rencontrés sur les parois des canalisations uploads/Science et Technologie/ rapport-de-stage-microbiologie 1 .pdf