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RAPPORT DE STAGE Analyses microbiologique de la moule de la Méditerranée maroca

RAPPORT DE STAGE Analyses microbiologique de la moule de la Méditerranée marocaine Réalisée par : Wiam ATMANI Période de stage : du 21/07/2014 au 28/08/2014 Sous l’encadrement : Dr Mostafa LAYACHI : Chef du Laboratoire de Surveillance de la Salubrité du Littoral au Centre Régional de l’INRH à Nador. FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 1 Remerciements Je tiens tout d’abord à remercier particulièrement Monsieur FARAJ Abdelmalak, Directeur général de l’INRH, qui m’a autorisé à faire ce stage, et à remercier vivement Monsieur MESFIOUI Abdelhakim, chef du Centre Régional de l’INRH à Nador pour m’avoir accueillie au sein du centre. Je réserve des remerciements particuliers à Monsieur Mostafa LAYACHI, Chef du Laboratoire de Surveillance de la Salubrité du Littoral au Centre Régional de l’INRH à Nador qui malgré son emploi du temps chargé, a toujours été présent pour m’accompagner au cours de mon stage avec ses conseils pertinents et pour m’apporter les éclaircissements nécessaires dont j’avais besoin tout au long de mon stage. Je remercie aussi Monsieur YAHYA AZZAOUI, technicien du laboratoire pour le temps qu’il a bien voulu me consacrer afin d’apporter des réponses à toutes mes questions, et dont le savoir pratique m’a permis d’approfondir et d’enrichir mes connaissances du fonctionnement du matériel et ses conseils pertinents. Je remercie aussi toute l’équipe scientifique du Laboratoire pour l’accueil et l’encouragement. Au terme de ce travail, nous tenons à exprimer notre gratitude et nos remerciements pour toutes les personnes qui ont dirigé ce travail et prodigué de nombreux et judicieux conseils, et qui ont contribué à sa réalisation. FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 2 SOMMAIRE I. Introduction 4 II. Présentation de l’Institut National de Recherche Halieutique 4 III. Centre Régional de Nador 5 IV. Déroulement de stage 8 1- Choix de la zone d’étude 8 a-classement des zones 9 2- Matériels utilisés 9 a-Matériels biologiques 9 b-Matériels de laboratoire 10 c-Produits chimiques 10 3- Protocole expérimentale 11 a-Diluant 11 b-Bouillon de glutamate : 1er milieu de culture 11 c-Gélose TBX : 2eme milieu de culture 11 4- Echantillonnage et prétraitement d’échantillon 12 a- Stratégie d’échantillonnage 12 b-Conditions d’échantillonnage 13 c-Mode opératoire 13 d-Préparation de la suspension mère 13 Test présomptif 14 Test confirmatif 15 V. Lecture des résultats 15 VI. Calcul du NPP VII. Discussion 18 VIII. Conclusion 19 IX. Bibliographie 19 X. Annexes 20 FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 3 I. Introduction . Dans le but de préparer mon projet de fin de stage, le Centre Régional de l’Institut National de la Recherche Halieutique à Nador m’a autorisé d’effectuer un stage de quatre semaines et ce, du 21/07/2014 au 21/08/2014 au sein du Laboratoire de Surveillance de la Salubrité du Littoral. Les objectifs de mon stage sont comme suit :  Le contact direct avec le monde professionnel et la découverte de l’univers de la microbiologique marine.  L’adaptation et l’intégration à l’équipe du LSSL qui donne l’opportunité de mieux comprendre la notion de la communication, de la responsabilité, de l’assiduité et de la hiérarchie.  Se familiariser avec les appareils du laboratoire  Faire connaissance des techniques utilisées lors des analyses microbiologique des échantillons issus du milieu marine. II. Présentation générale du de l’Institut National de Recherche Halieutique . L’institut National de la recherche halieutique est un établissement public à caractère scientifique et technique, doté de la personnalité morale et de l’autonomie financière nécessaires à la réalisation des programmes de recherche par DAHIR de création n°96-98 du 29juillet 1996 et 1998 du conseil supérieur pour la sauvegarde et l’exploitation du patrimoine. Missions : 1- Etude du fonctionnement de l’écosystème marin littoral. 2- Surveillance de la qualité et de la salubrité du milieu marin. 3- Evaluation des ressources halieutiques et suivi de leur exploitation. 4- Essais des techniques de pêche 5- Evaluation des potentialités aquacoles et contribution au développement de l’aquaculture. 6- Valorisation des produits de mer. L’INRH mène ses recherches en plusieurs centres réparties sur tout le littoral marocain et il est doté de : Cinq centres régionaux: Tanger, Nador, Agadir, Laayoune et Dakhla. FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 4 Deux centres spécialisés : M’diq (Centre d’Aquaculture) et Agadir (Centre de Valorisation et de Technologie des Produits de Mer). Un réseau de surveillance de la salubrité du littoral est implanté sur toute la côte marine marocaine à savoir : Dakhla, Laayoune,Agadir , Oualidia , Casablanca , Tanger/M’diq et Nador. Figure 1 : Implantation de l’INRH le long du littoral marocain. III. Centre Régional de l’INRH à Nador . Le Centre Régional de l’Institut National de Recherche Halieutiques à Nador a été créé en octobre 1998. Il assure les programmes et les études de recherche halieutique au niveau de la zone compétence de la côte méditerranéenne comprise entre Jebha et Saïdia. Photo 1: Façade du Centre Régional de l’INRH à Nador. FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 5 Figure 2 : Zone de compétence du Centre Régional de l’INRH à Nador. Missions : Études sur la biologie et l’écologie des principales ressources exploitées ; Évaluation des principales ressources halieutiques de la région dans l’objectif d’élaborer des plans de gestion des pêcheries en Méditerranée; Études socio-économiques sur les activités de la pêche artisanale et côtière ; Surveillance de la salubrité et de la qualité du milieu marin ; Étude de fonctionnement des écosystèmes. Ressources Humaines : Le personnel du centre est composé d’un Chef de Centre, de seize agents, dont neuf Chercheurs, d’un Administrateur /Régisseur, de trois Techniciens, d’un Plongeur,d’uneSecrétaire et de 02 chauffeurs Figure 3 : Organisation du Centre Régional de l’INRH à Nador FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 6 Chef du Centre Chef du Centre Laboratoire des Ressources Halieutiques Laboratoire des Ressources Halieutiques Laboratoire de Surveillance de la Salubrité du Littoral Laboratoire de Surveillance de la Salubrité du Littoral Laboratoire d'Aquaculture et Ressources littorales Laboratoire d'Aquaculture et Ressources littorales Secrétariat Secrétariat Unité Socioéconomiqu e Unité Socioéconomiqu e Unité biostatistiqu e Unité biostatistiqu e Le Centre Régional de l’INRH à Nador est composé de trois laboratoires : 1- Laboratoire des Ressources Halieutiques 2- Laboratoire de Surveillance de la Salubrité du Littoral 3- Laboratoire d’Aquaculture et des Ressources Littoral Le Laboratoire du Surveillance de la Salubrité du Littoral du Centre Régional de l’INRH à Nador est composé de deux unités à savoir :  Unité microbiologique chargé de suivre la salubrité des zones de production conchylicole par les analyses microbiologiques.  Unité de phytoplancton chargé de la surveillance des phytoplanctons toxiques. Ce Laboratoire est chargé de réaliser trois missions principales et qui sont comme suit : a) Préservation de l’environnement marin ; b) Protection du consommateur ; c) Appui technique à la profession. IV. Déroulement de stage : Ce stage a donc été une opportunité pour moi de savoir comment faire des analyses microbiologiques des échantillons de coquillage issue de la mer et aussi comment interpréter les résultats des dites analyses. L’élaboration de ce rapport a pour principale source les différents enseignements tirés de la pratique journalière des tâches auxquelles j’étais affecté 1- Choix de la Zone d’étude. La zone qui a fait l’objet de l’étude microbiologique est la zone conchylicole d’Al Hoceima situé à 180 km de la ville de Nador. Les zones de production conchylicoles sont classés en 4 catégories A,B,C et D par ordre décroissant de salubrité.les critères d’évaluation de la qualité microbiologique et chimique d’une zone de production conchylicole sont basés respectivement sur le dénombrement des E. coli β-glucuronidase positive dans 100g de chair et de liquide intervalvaire (C.L.I)(tableau. 1)et la contamination moyenne en mercure totale en cardium et en plomb, exprimé en mg par kg de chair humide de coquillage (tableau 2) a-classement des zones d’études : FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 7 Tableau 1 : Estimation de la qualité microbiologique des zones de production de mollusques bivalves en fonction des fréquences de dépassement des seuils de contamination fixés par la circulation n°1508/12 du 15/08/12. Classes Nombre d’E. coli β-glucuronidase positive dans /100g C.L.I 230 4600 46000 A < 0% B < 0% C < 0% D > Tableau 2 : Evaluation du niveau moyen de contamination chimique des zones de production de coquillages en fonction des seuils fixé par le circulaire n° 1508/12 du 15/08/2. Contamination chimique mg/kg chaire humide Catégorie Mercure Cadmium Plomb 0.5 1 1.5 A.B.C ≤ ≤ ≤ D > > > 2- Matériels utilisés : a- Matériels biologiques Le matériel biologique utilisé est la moule qui est un mollusque bivalve très répandu, de la famille des Mytilidés. C'est un animal marin, qui vit fixé aux rochers dans la zone de balancement des marées. FPN/Licence en biologie et biotechnologie : biologie et biotechnologie. Page 8 Photo 2 : Photo de la Mytilus edulis (moule) Tableau 3 : Classification des moules Règne Animalia Embranchment Mollusca Classe Bivalvia Sous-classe Pteriomorphia Ordre Mytiloida Famille Mytilidae b-Matériels de laboratoire (voir annexe3) c-produits chimiques (voir annexe2) 3- Protocole expérimentale : Préparation des bouillons uploads/Science et Technologie/ rapportde-stage-wiam-atmani-final.pdf