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Expose bioinfo République démocratique populaire d'Algérie Le Ministère de l'Enseignement Supérieur et la Recherche Scienti ?que Université Chadli Bendjedid ?? ELTAREF - Exposé détermination des structures D des Biomolécules NMPPNMraeércaseséecssesreasnee

République démocratique populaire d'Algérie Le Ministère de l'Enseignement Supérieur et la Recherche Scienti ?que Université Chadli Bendjedid ?? ELTAREF - Exposé détermination des structures D des Biomolécules NMPPNMraeércaseséecssesreasneeroatndeeuotidrenduirpenidapmeiwramwair snai sseneslemelm CPlan du Travail Contents Contents Contents Contents CQuelques notions de bases SUR LES PROTIENE Qu'est ce qu'une protéine Qu'est ce qu'un acide aminée C'est une séquence linaires d'acide aminées Ce sont des molécules qui entrent dans la composition des protéines gr? ce à leur assemblage par des liaisons que l'on appelle peptidiques C ? Combien ya t'il d ? acide aminée C ? ? Les acides aminées se lient via Les Liaisons peptidiques C ? La séquence Backbone peut pivoter Angle diédral angle entre deux plans ? Une protéine de AA peut avoir torsions ? Grande liberté de mouvement MACHINE LEARNING CEnzymes Anticorps ? Qu'est ce qu'elle fait une protéine Signalisatio n cellulaire Protéine Protéine structurelle Qu'est ce qu'elle ne fait pas RVéiseernveddu ? énmergoite dg g ? rliunecfcoidrepm raltoiipotinedei oosu PARDNIM ARANI RE Fo nd am ent al à la qu asi tot alit é des pr oce ssu s cel lul air e CSéquence ? Protéine Comment une protéine fait autant ?Les protéines se replient spontanément ? Prennent une forme D spéci ?que ?La forme dépend notamment des séquences en AA ? La forme confère une fonction spéci ?que CLa fonction d'une Protéine ?STRUCTURE D ? FONCTION Ce n'est pas automatique ? La détermination de la structure D d'une protéine ne résout pas sa fonction ?Deux techniques principales permettent de déterminer la structure ? Cristallographie aux rayons X ? Résonance magnétique nucléaire RMN ? méthodes lourdes et beaucoup de protéines ne cèdent pas à ces méthodes ? Ensuite les structures protéiques résolues expérimentalement sont déposées dans une banque de données de structures protéiques la Protein Data Bank ? PDB a ?n de rendre celles-ci accessibles à la communauté scienti ?que CNiveau d'organisation des protéines Les structures de protéines sont souvent décrite sur niveaux di ?érents ?Structure primaire ?Structure secondaire ?Structure tertiaire ?Structure Quaternaire ??Organisation Hydrophobique Hydrophilique ?La partie Hydrophobe se trouve à l'intérieur de la protéine C CQu ? est-ce qu ? un modèle D Une représentation D d ? une protéine PDB SAXS ME etc ? ? sont des modèles CStructure D et fonction ?les biologistes s ? intéressent à la fonction des protéines ? la fonction d ? une protéine dépend étroitement de la structure D ? la structure D est atteinte lors du repliement de la cha? ne polypeptidique ?la séquence spéci ?e d ? une manière unique la structure D CPrédiction des structures D des protéines Diagramme général CTechniques de prédiction de structure D MODÉLISATION PAR HOMOLOGIE Dé ?nition Prédiction la structure D d'une protéine inconnue en utilisant comme modèle une structure D connue d'une autre protéine homologue Modèle d'homologie homology modelling ? La séquence protéique cible est alignée sur toutes les séquences protéiques de la PDB ? Si le degré d'homologie est signi ?catif un modèle est construit Construction du modèle Utilisation de