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Cours 1 bioinfo toxico Dom aine SNV Biologie Agronom ie Science Alim entaire Ecologie web facebook com Dom aineSNV Bioinformatique Licence L - CBioinformatique Licence Toxicologie ? Melle DAHMANI C A Cours Cweb facebook com Dom aineSNV Dom aine SNV Biolog

Dom aine SNV Biologie Agronom ie Science Alim entaire Ecologie web facebook com Dom aineSNV Bioinformatique Licence L - CBioinformatique Licence Toxicologie ? Melle DAHMANI C A Cours Cweb facebook com Dom aineSNV Dom aine SNV Biologie Agronom ie Science Alim entaire Ecologie Introduction générale sur la bioinformatique CIntroduction Discipline fondée sur des acquis de La biologie des mathématiques et de l ? informatique CIntroduction La bioinformatique constitue une branche nouvelle de la biologie ? Approche in silico complète les approches classiques de la biologie ? in situ dans le milieu naturel ? in vivo dans l ? organisme vivant et ? in vitro en éprouvette CIntroduction ? Plusieurs domaines d ? applications ? La génétique des populations ? L ? environnement toxicologie ? ? La biologie moléculaire ? La biologie évolutive CHistorique rapide de la Bioinformatique CHistorique rapide de la bioinformatique ? Années ? Années ? Années ? Aujourd ? hui Premières comparaisons de séquences Premières méthodes de prédiction Premières méthodes d ? alignement Banques de données Méthodes de recherche dans les banques de données Fasta et Blast Perfectionnement des méthodes Approches intégrées Génomique structurale séquençage CComment séquence-t-on un génome Une réponse rapide en morceaux Lab technician working with sequencing machines Courtesy of Celera Genomics Room ?lled with sequencing machines Courtesy of Celera Genomics CLe Projet Génome Humain ? Entrepris en ? Mission ? Séquençage complet de l'ADN du génome humain ? Achèvement annoncé en avril CLe Projet Génome Humain Objectifs ? Séquencer l ? ensemble du génome humain milliards de pb ? Identi ?er tous les gènes dans cette grande quantité de données ?? compte préliminaire ?? gènes CLe Projet Génome Humain Résultats ? Chromosomes et ?? avant ? Chromosome ?? ? Chromosome ?? Publié ? Source de l ? ADN séquencé ?? provient de plusieurs donneurs anonymes recrutés aux Etats-Unis CFragment d ? une séquence d ? ADN linéaire CReprésentation de génomes bactériens séquencés CApplications de la bioinformatique à la toxicologie CLa démarche de la bioinformatique ADN Déduction Protéine SPRIQAR CAujourd ? hui ? CAujourd ? hui ? CLES MÉTHODES IN SILICO ? Ces méthodes utilisent la modélisation mathématique de données toxicologiques obtenues in vitro et in vivo ? Elles peuvent être purement statistiques et ou utiliser les connaissances d ? experts toxicologues qui associent les fonctions et les motifs structuraux des molécules chimiques à des réponses toxiques spéci ?ques ? Par exemple les QSAR Quantitative Structure Activity Relationships visent à modéliser la structure chimique d ? un xénobiotique et son activité toxicologique CLES MÉTHODES IN SILICO ? Ces approches pourraient réduire jusqu ? à le recours aux tests in vitro sur l ? animal ? Les modèles PBPK Physiologically-based Pharmacocinetic sont des modèles toxico-cinétiques fondés sur les connaissances fondamentales de la physiologie humaine ou animale ? L ? association entre les approches QSAR et PBPK devrait permettre de prédire une toxicité systémique sans avoir recours à l ? expérimentation animale CLES MÉTHODES IN SILICO ? L ? introduction de ces méthodes dans la démarche toxicologique moderne