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Quels examens de biologie moléculaire prescrire et obtenir en 2011? I Rouquette

Quels examens de biologie moléculaire prescrire et obtenir en 2011? I Rouquette Elles ont pour vocation de réaliser les tests moléculaires innovants pour l’ensemble des patients de la région, quel que soit l’établissement où ils sont pris en charge, CHU, CLCC, CH ou établissement privé. Plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers Plateforme de génétique moléculaire des cancers • Directeur de plateforme: E Delabesse • Trois sites:  Rangueil I Rouquette: poumon EGFR/ALK/BRAF/HER2 ICR G Favre PI3K poumon Purpan J Selves Lamant: colon mélanome E Delabesse: BCR ABL/KIT • A Rangueil 2005 projet ligue: séquençage de 100 patients acquisition d’une expertise formation technicien Tenon 2007 demande d’activité nouvelle: acquisition d’équipements et budget fonctionnement sur 2 ans pour commande réactifs 2009 : intégration plateforme biologie moléculaire des cancers du CHU (E Delabesse) 2009 ORPAMIP: Structuration de la biologie moléculaire.(Kras, EGFR, MSI, 1p19q). 2010: Subvention EGFR INCa: pas de facturation clinicien patient, remboursement déstockage 2011: subvention INCa biomarqueurs émergents AUJOURD’HUI • Une AMM première ligne: gefitinib • Une ATU: Crizotinib • Des essais cliniques plus ou moins avancés Un seul examen aujourd’hui indispensable pour guider la conduite thérapeutique: recherche des mutations activatrices d’EGFR GEFITINIB (IRESSA®) is indicated for the treatment of adult patients with locally advanced or metastatic non small cell lung cancer (NSCLC) with activating mutations of EGFR. 48% 3% 5% 3% 2142 adénocarcinomes exon 19 et L858R Incidence of EGFR Exon 19 Deletions and L858R in Tumor Specimens From Men and Cigarette Smokers With Lung Adenocarcinomas Sandra P. D’Angelo et al J Clin Oncol 2011 Indications •Financement INCa: Tous les patients atteints d’un adénocarcinome du poumon devraient pouvoir avoir accès au test EGFR pour déterminer le statut mutationnel de leur tumeur. •Non acceptés par la plateforme: épidermoïdes du fumeur, NEGC •Acceptés après discussion: épidermoïdes du non fumeur, adéno-squameux, CNPC. Pathologiste de la plateforme Pathologiste détenteur du matériel CHG, CHU, Secteur Privé Circuit des examens de biologie moléculaire Contrôle morphologique Extraction d’ADN PCR Criblage Séquençage des variants BILAN EGFR 2010 Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4 Nb patients 464 88 115 115 147 Nb examens 522 89 149 127 157 % mutations 17,05 12,17 9,57 11,56 Délai de rendu 15 jours 15 jours 11 jours 9 jours % Prescriptions secteur privé 37,5 26,96 45,22 51,02 % Non interprétables 2,27 13,91 6,96 4,08 2009 2010 2011 PATIENTS TESTES 55 422 600 Trois premiers trimestres % MUTES 23% 9,5 à 17% 7 à 11% 16 20-30% 12-14% 5% une altération moléculaire peut être identifiée chez environ 40 % des patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules. -100 -80 -60 -40 -20 0 20 40 60 -30 % Progression Stabilité Réponse partielle confirmée Réponse complète confirmée Variation maximale de la taille tumorale (%) Activité de l’inhibiteur oral de ALK, le PF-02341066, dans une population de CBNPC positifs pour ALK (n = 82) 81 Translocation EML4-ALK Taux de réponse = 57% Contrôle à 8 semaines : 87 % SSP à 6 mois : 72 % Kwak, NEJM 2010 20 Protéine de fusion EML4-ALK: partie N-term. EML4 (echinoderm michrotubule associated protein like 4) + portion intracellulaire du récepteur tyrosine- kinase ALK (anaplastic lymphoma kinase) inversion du bras court du chromosome 2 [Inv(2)(p21p23)] qui fait joindre exons 1–13 de EML4 aux exons 20–29 de ALK. Split signal en FISH FISH: examen de biologie moléculaire: Problèmes: Fixateur Echantillonnage Eosine Equipement spécifique Aide à la lecture On n’identifie que la cassure d’ALK Clin Cancer Res 2010 D5F3 or D9E4 antibodies Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ système de révélation J Clin Pathol 2010 ALK 5A4 Bilan ALK 2011 Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4 (Octobre) Nb patients 180 30 64 58 27 Nb examens 30 62 56 24 % Translocations 20% 6,4% 1,8% 4,2% Délai de rendu 15 jours 12 jours 11 jours 11 jours % Prescriptions secteur privé 20% 20,3% 24,1% 14,8% % Non interprétables 0% 16,1% 1,8% 4,2% Mutations de K-Ras Mutations activatrices en position 12,13 or 61 Mutuellement exclusives avec celles d’ EGFR Associées au tabac (transv. G en T ou C) 22% des ADC ( très rares ds malpighiens) Mais chez 15% des non fumeurs (transition G en A) GGT GGC GCA CCA Exon 1 Codon 12 Glycin Codon 13 Codon 59 Codon 61 TGT Cystin CGT Arginine GTT Valine AGT Serine GAT Aspartate GCT Alanine Marchetti et al J Clin Oncol 2011 1,046 NSCLCs BRAF mutations were present in 36 ADCs (4.9%) and one SCC (0.3%). Twenty-one of the mutations (56.8%) were V600E, and 16 (43.2%) were non-V600E. Paik et al J Clin Oncol 2011 BRAF mutations occur in 3% of patients with lung adenocarcinoma and occur more commonly in current and former smokers BRAF BRAF mutations occur in approximately 5% of pulmonary adenocarcinomas, often with a papillary architecture, but in the micropapillary subgroup, the incidence rises to approximately 20%, similar to that seen in thyroid and ovarian papillary adenocarcinoma. Yousem et al The histopathology of BRAF-V600E- mutated lung adenocarcinoma. Am J Surg Pathol. 2008 Rosane De Oliveira et al Micropapillary Lung AdenocarcinomaEGFR, K-ras, and BRAF Mutational Profile Am J Clin Pathol 2009 Shigematsu Cancer Res 2005; HER2 mutations were present in 1.6% (11 of 671) of NSCLC Pao Lancet Oncol 2011 HER2 mutations are present in 2% of NSCLC PIK3CA PIK3CA Mutations and Copy Number Gains in Human Lung Cancer Cancer Res 2008;68(17):6913–21] 1,6% de mutations. PIK3CA copy number gains occur at much higher frequencies in lung cancers than do activating mutations and the gains target squamous cell carcinomas. IGR Essai précoce: GDC-0941, inhibiteur de la protéine PI3 kinase Autres biomarqueurs TECHNIQUE NB TOTAL + % MUT 2010 NB TOTAL + % MUT 2011 KRAS HRM/SEQ 201 20% 558 22,9% BRAF PCR-ASO - - 316 1,7% HER2 HRM/SEQ - - 68 1,5% PI3K (ICR) SEQ - - 9 0% Améliorations Techniques • EGFR: Passage techniques plus rapides et sensibles, redesign des amorces, sensibilisation fixateur: moins de prélèvements non interprétables, délais raccourcis • FISH ALK: criblage IHC systématique corrections éosine acidité, contrôle externalisé des cas litigieux EXON 19 EXON 21 EXON 18 EXON 20 Mutation recherchée DELETIONS MUTATIONS PONCTUELLES MUTATIONS PONCTUELLES T790M INSERTIONS Techniques utilisées HRM/ ANALYSE DE FRAGMENT PCR-ASO HRM/ SEQUENCAGE PCRASO/ SEQUENCAGE Améliorations gestion Interface cliniciens/plateforme: Mélanie Boussard Fiche modifiée téléchargeable Développements informatiques pour recueil de données et rendu résultats (fiches complémentaires) PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE EGFR exons 19 à 21 Service d'Anatomie Pathologique et Histologie-Cytologie du Pr M.B. Delisle CHU Rangueil, Bt L2 - 1 avenue Jean Poulhès - TSA 50032 - 31059 Toulouse Cedex 9 Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Camille Allera Moreau. Tél Accueil 05 61 32 28 42 -- Fax 05 61 32 21 27 Date de la demande de génotypage EGFR : / / 20….. Matériel tumoral à analyser : Tabagisme : Biopsie bronchique Fumeur Biopsie pulmonaire sous scanner Non fumeur Pièce opératoire (lobectomie, pneumonectomie) Site métastatique, préciser : ……………………………………… Indication : ………………………… Date du prélèvement : / / 20….. Stade de la maladie : ……………. Remarques : FICHE à compléter par le médecin prescripteur de l’examen et à envoyer au médecin pathologiste en possession du prélèvement tumoral du patient. Cette fiche sera secondairement envoyée au laboratoire de génotypage par le pathologiste avec le Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR (Nom et coordonnées dont tel et fax) Identification A. PATHOLOGISTE REFERENT détenteur du matériel tumoral (Nom et coordonnées dont tel et fax) Identification PATIENT Nom : …………………………. Nom de jeune fille : ………………… Prénom : ……………………….. Date de naissance : ……./……./……. Adresse : ……………………………………………………………………………………………. Le résultat du génotypage sera renvoyé au médecin prescripteur et au médecin anatomo-pathologiste. Version 23/11/2011 A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEUR DE L’EXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE Identification du Patient Date de demande du test : NOM : Type de test : NOM DE JEUNE FILLE : EGFR KRAS BRAF ALK HER2 PI3K PRENOM : DATE DE NAISSANCE : Matériel Tumoral à analyser Homme Femme Type de prélèvement Biopsie Résection chirurgicale Autre : Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR Site de prélèvement : NOM : Bronche Poumon Autre : ADRESSE : Date de prélèvement : Statut tabagique : Fumeur Non fumeur Ancien fumeur (stop en .....) Tel : Nombre paquets/année : Fax : E-mail : Stade TNM : IIIB IV Autre :………... Indications (si autre) : CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE : 1. Du prélèvement tumoral (1 fragment de tumeur fixée et incluse en paraffine ou congelée/ choisir un bloc riche en cellules tumorales). 2. Du compte-rendu anapath. ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES, A l’ADRESSE SUIVANTE : Service d’Anatomie Pathologique et Histologie Cytologie du Pr Delisle CHU Rangueil 1 avenue Jean-Poulhès TSA 50032 31059 TOULOUSE Cedex 9 Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Mélanie Boussard tel Secrétariat 05 61 32 28 61 fax 05 61 32 21 27 PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur à base d’acide picrique. Eviter AFA. Matériel tumoral transmis: Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR Nombre de blocs: N° bloc: NOM : Tumeur primitive Métastases Cérébrales ADRESSE : Ganglionnaires Autres : Histologie : Adénocarcinome Epidermoïde/malpighien Autre : Tissu congelé : oui non Tel : Tumorothèque ONCOMIP Rangueil uploads/s3/ 10-ir-quels-examens-de-biologie-moleculaire-prescrire-en-2011.pdf