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Mycomètre 2.xx / documentation de base Maj 21/09/2014 Nota bene : Mycomètre est

Mycomètre 2.xx / documentation de base Maj 21/09/2014 Nota bene : Mycomètre est un logiciel professionnel réalisé à partir d'une idée originale de G. Fannechère 1996-2006. Il pourra être nécessaire de mettre à jour cette notice avec les futures mises à jour. Cette documentation est la compilation incrémentale des mises à lour successives de Mycomètre. La reorganisation de cette documentation est en projet. Voir l'index des différentes possibilités du logiciel. Les derniers compléments de cette documentation sont imprimés en couleur dans le texte. Les rubriques notées **, qui ne sont pas indispensables aux nouveaux utilisateurs, sont développées dans la documentation complémentaire DocPlus, accessible depuis le menu d’aide. Cette aide vous permettra de démarrer et utiliser facilement Mycomètre. Une aide plus complète sera livrée ultérieurement, accessible par le menu. Après 10 ans de bons services, Mycomètre V1.xx cède la place à la version 2xx. Mycomètre V1.xx était une version de faisabilité qui a permis de constater que son concept original de mesure sur image numérisée apportait certains avantages. Cependant, l'architecture provisoire (mais qui a duré un certain temps..) de la version 1 rendait difficile l'implantation de nouvelles fonctionnalités. La refonte à la base de Mycomètre permet enfin une ergonomie mieux adaptée au travail du mycologue et certaines fonctionnalités nouvelles ont déjà été implantées. Actuellement, l'utilisateur dispose de l'essentiel des moyens pour mener facilement à bien les mesures de distances. Dans les mises à jour prévues, les autres fonctions de Mycomètre 1 seront introduites, avec également des fonctionnalités supplémentaires prévues depuis longtemps, mais différées jusque là. Contrairement à ce qui avait été écrit dans la documentation de la version 1, la version 2 se verra dotée de dispositifs de traitement statistiques originaux. En effet, la version 1 (et encore la version actuelle) permet l'exportation des résultats pour effectuer le traitement par un logiciel extérieur (tableur par exemple). Mais, en dehors de logiciels onéreux et réservés aux spécialistes en statistiques, l'expérience a montré que les moyens bureautiques disponibles sur le marché (Excel, Open Office …) sont mal adaptés aux échantillons habituellement traités par les mycologues. Ils sont soit insuffisants, soit incapables de réaliser certaines opérations, soit même faux quant aux résultats, puisqu'ils sont conçus pour traiter des échantillons de grande taille. Installation Lancer le programme d’installation « Mycm2.Installe.exe ». Choisir la langue d’installation (il est possible d’installer plusieurs langues successivement) Par défaut Mycomètre s’installe dans Programfiles\Mycometre 2 On peut déplacer ce répertoire sans aucun inconvénient ni re-installation Sessions multiples : 1 on peut lancer en même temps autant de sessions de Mycomètre (pour comparaisons, par exemple) que la machine peut en supporter. premiers pas lancer Mycm. En fond d'image, l'icône de Mycomètre apparaît très agrandie. Une fenêtre d'accueil apparaît : des rudiments d'aide sont fournis. Premiers test Avant de se lancer dans la mesure proprement dite, il est conseillé de tester l'interface. Cela peut se faire sur l'image de fond. L'interface de commande est constituée de divers éléments : A l'écran : la barre de menu et sous menus, les boutons divers Au clavier : certaines touches déclenchent certaines actions La souris : pointage, validation, commande des menus flottants Clic gauche sur l'image : une croix s'affiche / Clic gauche sur un autre point : un segment relie les 2 points. Au-dessus de la vignette on peut lire Cal =1,000 (par défaut, la mesure se fait en nombre de pixels ) Z= 0,705 ( zoom par défaut au chargement) Puis la longueur du segment selon la valeur de l'étalonnage. En dessous de la vignette, la mini-grille donne le résultat des 3 dernières séries de mesures. Lors du premier lancement, Mycomètre mesure 2 données par ligne : fonction spore 2D (une ligne est composée de 1 à 5 segments -ou plus). Dans la première case, la longueur (de la spore) mesurée est affichée Pointez un second segment : le résultat s'inscrit dans la seconde case de la première ligne etc … Pressez la barre d'espace : La grille complète des résultats s'affiche. Pressez la barre d'espace : La grille complète s'estompe. Presser le bouton = "<=" (effacement arrière) : le dernier segment s'efface. Au fur et à mesure que les données s'enregistrent, certaines cases de la grille ( presser espace) se colorent en jaune ou en vert : ce sont les valeurs mini et maxi du caractère étudié ( sauf si le mode "statistiques " est désactivé). les modes de pointage l'interface de pointage Presser le bouton gauche ou droit de la souris et tirez le en glissant jusqu'au point final : la validation se fait au lâché du bouton (automatiquement si bouton gauche, avec validation si bouton droit). 2 Vous pouvez également effectuer un clic sur l'origine et un clic sur l'extrémité (comme sur la version 1) : Mycomètre reconnaît automatiquement la méthode de pointage que vous préférez. La loupe : dans le coin gauche de l'écran la zone pointée est agrandie pour une meilleure précision. La double loupe : presser la touche "<>" : le grossissement est doublé (bistable) Le mode pantographe est une innovation Mycomètre 2 : Pressez et maintenez la touche Maj ( au- dessus de CTRL) l du clavier : à de grands déplacements de la souris correspondent de petits déplacements sur l'écran. Les modes "loupe" et "pantographe" peuvent être utilisés simultanément ou séparément. Sortie du mode pointage : si vous avez commencé le pointage d'un segment, vous pouvez sortir de ce mode en pressant ESC. En mode pointage, le carré des boutons de zoom s'efface. Mycomètre comporte un dispositif programmé et paramétré qui permet de séparer les deux modes de pointage : glissé-lâché ou double clic. L'intérêt est que l'utilisateur n'est pas contraint de déclarer au préalable son mode de validation. Il semblerait que la méthode du double clic serait plus aisée (avec la loupe et le pantographe, l'utilisateur est très à l'aise pour valider sa mesure). Certaines personnes éprouvent des difficultés pour valider à l'aide du bouton de souris. Le dispositif de Mycomètre est paramétrable (voir options) et réglé à 3 (tolérant) par défaut. Utile pour le pad de machines portables. Les procédés de pointage : Mode "bipoint" Méthode classique : on mesure la longueur d'une spore (origine, extrémité) puis la largeur (idem). Mode "palmer" Autre innovation Mycomètre 2. Le nom "palmer" est celui de l'instrument des mécaniciens dont le procédé s'inspire. Cocher la case palmer. Sur une spore ( ou une cystide etc …) repérer l'apicule pour définir la dimension que nous désignerons par "longueur" . Pointer le premier segment normalement, puis Placer le premier point du second segment (la largeur), puis amener le curseur vers l'autre face : un trait perpendiculaire à l'axe principal est tracé et un second trait aide à placer l'extrémité au point de tangence. Outre la facilité de mesure, on est assuré qu'il n'y aura pas d'erreur de parallaxe. 3 On peut passer d'un mode à l'autre à n'importe quel moment. interface de mesure de lignes polygonales Elle permet d’approcher les mesures d’éléments non linéaires (cystides, hyphes, spores allantoïdes etc …) par une suite de mesures de segments consécutifs. Cette option (qui existait sur ma version personnelle 1.05) a été ajoutée à la demande de G. Consiglio. Elle s’applique à toutes les fonctions de mesure de distance. Elle est compatible aves les modes « bipoint et « palmer » ( en fait seule la mesure principale – 1ère colonne de la grille- est concernée) Mode opératoire : Cocher l’option ’Poly’ ( au dessus des options palmer/bipoint) Clic gauche sur le premier point (double clic ou tiré-laché, au choix), puis clic gauche pour tracer les segments consécutifs. Clic droit pour terminer le dernier segment et valider la mesure. Le nombre de segments est illimité. La longueur totale s’affiche en permanence pendant la mesure Annulation de la mesure : clic droit et presser « <= » Pour les mesures autres que « mesure segment » seule la première colonne est concernée. On effectue les autres mesures comme d’habitude. On peut passer à tout instant du mode ‘Poly’ au mode simple en mélangeant les types de pointages. Décocher la case Poly pour terminer. Affichage à l’écran : le tracé polygonal reste tracé tant que l’on ne modifie ni le zoom, ni la position. Ensuite, afin d’alléger les traces, restent tracés : le point d’origine du polygone ( par ex la base de la cystide) et un segment partant de la base vers l’extrémité de la cystide, de longueur égale à la somme des longueurs de segments juxtaposés. Outre les mesures d'hyphes et autres éléments courbes vous pouvez mesurer par exemple un périmètre quelconque. Précision de la mesure 4 Le nombre de segments du polygone d'approximation est infini, en théorie. Vous n'êtes limité que par la résolution de votre écran (on ne peut pas cliquer entre deux pixels !). L'erreur sur la mesure de l'élément courbe peut donc être tout à fait négligeable : il suffit de prendre un nobre suffisant de segments Déplacer l'image La vignette comporte un cadre permettant à chaque instant la visualisation de la zone en cours de mesure. Un clic uploads/s3/ mycm2-fr 1 .pdf