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GeneXpert MTB/RIF 1. Principe 2. Installer 3. Le test 4. Résultats 5. Maintenan

GeneXpert MTB/RIF 1. Principe 2. Installer 3. Le test 4. Résultats 5. Maintenance GeneXpert MTB/RIF 1. principe Amplification en temps réel Détection ADN de complexe M. tuberculosis Détection résistance à la Rifampicine GeneXpert MTB/RIF 81 pb du gène rpoB région déterminant la résistance à la rifampicine Ampifications semi-nichées 5 sondes : séquence sauvage 1 sonde témoin de la réaction GeneXpert Molecular Beacon = balise moléculaire Balise moléculaire 1. Balise moléculaire 2. Balise moléculaire 3. Balise moléculaire Hybridation ADN cible Signal lumineux GeneXpert 6 fluorochromes détectés simultanément Molecular Beacon Cible Sonde reconnaissant la cible Fluorescence Excitation Pas de fluorescence GeneXpert : Fluorescence Canal optique Excitation (nm) Emission (nm) Couleurs 1 2 3 4 5 6 Quantités de départ identiques Débuts de cycles identiques Quantités de départ différentes Débuts de cycles décalés GeneXpert MTB/RIF Début de cycles « Ct » Le premier cycle qui dépasse une augmentation significative au dessus d’un seuil de fluorescence spécifique. GeneXpert MTB/RIF Les mutants reconnus par l’une des sondes ont un delta Ct > 4,5 GeneXpert MTB/RIF Résultat semi-quantitatif Résultat MTB Valeurs de Ct Elevé < 16 Moyen 16 - 22 Bas 22 - 28 Très bas > 28 GeneXpert La cartouche Tube PCR Corps de la valve 11 chambres réactionnelles Sonication Filtre de capture Mélange Amplification/détection Cartouche GeneXpert 11 chambres réactionnelles Réactifs Progression de l’échantillon Les chambres ont une porte pour le passage du liquide de l’une à l’autre GeneXpert La cartouche Tube PCR Corps de la valve 11 chambres réactionnelles Pas de contact physique entre l’échantillon et le GX Cartouche GeneXpert I-CORE Conducteur de la valve Emplacement pour le piston de seringue Pointe à ultrasons Intérieur conducteur de la valve Pointe à ultrasons Bande optique pour mesurer la position Cale conductrice de la valve, solidaire de la cartouche Bout en pointe au centre de la valve conductrice Module GeneXpert Moteur de la Seringue Carte mère Tube PCR Porte du module Moteur de la valve conductrice Chambre du module Tube PCR Conducteur de la valve Chambre du module Piston conducteur de la valve Cale conductrice de la valve Pointe à ultrasons I-CORE insertion du tube Cartouche GeneXpert Balles de rétention Bille de préparation de l’échantillon Bille de réactifs spécifiques de la cible : Amorces, sondes, Tampon, Mg Cl2, excipients Bille d’enzyme et réactifs : Taq, dNTPs, Tampon, BSA, Mg Cl2, sels, excipients Corps de la valve Billes de verre Ultrasons Réservoir de la seringue Filtre GeneXpert Module I-Core Ventilateur Appareil de chauffage Coupe transversale GeneXpert : Partie réactionnelle Tube réactionnel Cartouche dans le I-core Blocs optiques Contrôle de qualité • Spores non infectieuses dans chaque cartouche" • Vériﬁe la lyse et le traitement de l’échantillon • Détecte l'inhibition" • Doit être positif dans un échantillon négatif et peut être négatif ou positif dans un échantillon positif" • Résultat du test sera “ Invalid “ si le SPC n'est pas détecté dans un test négatif" Contrôle du traitement de l’échantillon « SPC »" Contrôle de qualité Avant de démarrer la réaction PCR, ! le GeneXpert Dx System mesure :! " - Le signal de ﬂuorescence à partir des sondes pour contrôler la réhydratation des billes de réactifs " - Le remplissage des tubes de réaction " - L'intégrité de la sonde et la stabilité du ﬂuorochrome " " Le contrôle de la sonde réussit s'il répond ! aux critères d'acceptation attribués.! Contrôle de la sonde" Algorithm Probe Check Pass Fail Error Yes SPC Pos Non Value Negative Invalid Test Stopped No Value 3 probes Pos NB probes Pos No All positives 1 Neg or more Neg MTB Detected Rif resistance not Detected MTB Detected Rif resistance Detected GeneXpert MTB/RIF 1. Principe 2. Installer 3. Le test 4. Résultats 5. Maintenance Installer GeneXpert Ordinateur Système GeneXpert Lecteur de code barre Installer GeneXpert • Température < 35°C • Ventiler la pièce • Pas collé à la fenêtre (rideau) • Pas de flux direct dessus • Niveau horizontal • Pas de paillasse avec centrifugeuse Installer GeneXpert Ordinateur de dos Power Surge protector Cable eternet GeneXpert de dos GeneXpert MTB/RIF Avant de commencer Charger le CD Xpert MTB/RIF Installer GeneXpert Démarrer le logiciel 1. Ouvrir la session Mot de passe « cphd » 2. Allumer le GeneXpert Double-click sur bouton GeneXpert DX software Vérifier modules Cliquer sur « Define assays » Avant le premier test Avant de commencer Le nom du test apparaît sur la liste active Cliquer sur « Import » et trouver ADF sur le CD. Double-cliquer pour importer Avant de commencer Avez-vous la bonne définition de tests ? Vérifier que la version du CD inclus dans le kit et celle de la liste des tests disponibles est la même Si la version est la même vous pouvez commencer directement le test. Si la version est différente alors cliquer sur Import et localiser le fichier sur le CD. Double-cliquer sur le fichier pour l’importer. Vérifier date et heure • Double click sur la pendule • Ajuster date - heure puis « Apply » • Désynchroniser avec internet En l’absence d’un test en cours Nommer le système Remplacer « GeneXpert system » par le nom du lieu d’installation par ex « Yaoundé » Rapport d’installation +++ • Détermine le début de la garantie (3 ans) • GX allumé, connecté • « Report » « Installation qualification » • Envoyer le rapport à Cepheid Attribuer les accès • Login - mot de passe (6 caractères) pour chaque cartouche • « Start test login time out » : mn sans mot de passe Create users access set up system configuration User type configuration GeneXpert MTB/RIF 1. Principe 2. Installer 3. Le test 4. Résultats 5. Maintenance GeneXpert MTB/RIF Réactif Pipette et cartouche Module GeneXpert MTB/RIF • Flacons stériles pour le recueil des échantillons • Gants jetables non poudrés • Etiquettes ou marqueurs indélébiles Matériel non fourni Echantillon • > 1mL • Sans débris alimentaire • Conservation < 10 j à 4°C, < 3 j 4-28°C GeneXpert MTB/RIF Sous hotte Réactif = isopropanol / soude Verser 2 volumes pour 1 volume échantillon (crachat direct) GeneXpert MTB/RIF Sous hotte Réactif = isopropanol / soude Verser 1,5 mL pour 500 µL culot décontaminé (Kubica) GeneXpert MTB/RIF Agiter le mélange Laisser reposer 10 mn GeneXpert MTB/RIF Agiter de nouveau Laisser reposer 5 mn GeneXpert MTB/RIF Marquer le nom sur le côté de la cartouche Ouvrir son couvercle Sur la paillasse, pendant les 5mn d’attente, déballer la cartouche en faisant attention à la partie PCR GeneXpert MTB/RIF Retirer de son emballage la pipette plastique fournie Prélever 2mL d’échantillon liquéfié ou 2mL de culot décontaminé - avec le réactif - GeneXpert MTB/RIF Déposer 2 mL dans la cartouche Démarrer le test dans les 30 mn GeneXpert MTB/RIF « Create test » GeneXpert MTB/RIF « Scan cartridge bar code » GeneXpert MTB/RIF Scanner le code barres de la cartouche GeneXpert MTB/RIF « Entrer le nom du patient » «Module sélectionné» «Cliquer ici pour démarrer» GeneXpert MTB/RIF Poser la cartouche dans le module dont le voyant vert clignote et pousser la porte. Le test démarre et le voyant vert cesse de clignoter. Durée : 1h52 Le voyant s’éteint quand le test est terminé. GeneXpert MTB/RIF Après 1h52, le test est terminé Sortir la cartouche usagée à éliminer comme les substances dangereuses. Démarrer un test GeneXpert En bref 1 2 3 4 • Ne pas ouvrir la cartouche à l’avance • N'ouvrir le couvercle de la cartouche que pour ajouter un échantillon • Ne pas utiliser une cartouche qui est tombée ou qui a été agitée après avoir ajouté l‘échantillon • Ne pas utiliser une cartouche humide ou cassée ( tube réactionnel ) • Ne pas réutiliser les cartouches Précautions Limites GeneXpert Performances non démontrées • Echantillons non respiratoires ex. sang, LCR, selles ou urine • Echantillons traités par des méthodes autres que la méthode de Kubica GeneXpert MTB/RIF 1. Principe 2. Installer 3. Le test 4. Résultats 5. Maintenance Fenêtre de résultats Détection ADN complexe M. tuberculosis Pas de mutation associée à la résistance à la rifampicine Fenêtre de résultats Détection ADN complexe M. tuberculosis, en faible quantité, et mutation associée à la résistance à la rifampicine Fenêtre de résultats Négatif pour la tuberculose Résultats invalides • Probe Check Failure 5006,5007,5008 : Echec du contrôle de la sonde (volume incorrect, viscosité) • Syringue Pressure too high 2008 : (Echantillon trop visqueux) • SPC NO RESULT : Echec du contrôle d’amplification (inhibiteur : sang, aliments) Pas de résultat • MTB-NO RESULT : Echec du résultat MTB (coupure courant) • Heater Failure 3074, 3075 : Vérifier ventilation à l’arrière du GX Voir un résultat View Results Editer un résultat View results Report Archiver un résultat Archive test Max 4000 .gxx Sélectionner les runs Puis OK Data management GeneXpert MTB/RIF Sensibilité : ED+ 98% ED- 75% Spécificité : 98,3% Détection de M. tuberculosis Prélèvements pulmonaires Sensibilité 96,7% Spécificité 98,6% GeneXpert MTB/RIF Détection de la résistance à la Rifampicine GeneXpert MTB/RIF 1. Principe 2. Installer 3. Le test 4. Résultats 5. Maintenance Maintenance Quotidienne • Enlever les cartouches utilisées • Nettoyer le plan de uploads/Finance/12-symp-cpaudigier-genexpert-2802.pdf