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VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON Année 2014 - Thèse n° ETUDE DE PARASITOS

VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON Année 2014 - Thèse n° ETUDE DE PARASITOSES PAR COPROSCOPIE AU SAFARI DE PEAUGRES. THESE Présentée à l’UNIVERSITE CLAUDE-BERNARD - LYON I (Médecine - Pharmacie) et soutenue publiquement le 10 juillet 2014 pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire par GARAPIN, Bénédicte Née le 10 Janvier 1990 à St Céré (46) 2 LISTE DES MEMBRES DU CORPS ENSEIGNANT 3 4 REMERCIEMENTS À Monsieur le professeur Philippe VANHEMS, Professeur de l'Université Claude Bernard de Lyon, Pour m'avoir fait l'honneur de présider mon jury de thèse, Sincères remerciements. À Monsieur le Docteur Lionel ZENNER De VetAgro Sup, Campus vétérinaire de Lyon Pour ses conseils et son aide à la réalisation de cette thèse Sincères remerciements. À Monsieur le Docteur Michel PEPIN De VetAgro Sup, Campus vétérinaire de Lyon Pour avoir accepté de participer à mon jury de thèse Sincères remerciements. A Madame Marie-Thérèse POIREL, Technicienne au service de parasitologie de VetAgro Sup, Campus vétérinaire de Lyon, Pour sa patience, son aide et sa grande disponibilité, Sincères remerciements. Au Docteur Baptiste CHENET, Vétérinaire au Safari de Peaugres Pour sa disponibilité, son enseignement, ses conseils et son aide précieuse tout au long de ce travail Sincères remerciements. Au Docteur Christelle VITAUD, Directrice du Safari de Peaugres Pour avoir proposé ce travail Sincères remerciements Aux soigneurs du Safari de Peaugres Pour leur participation à la réalisation de cette étude Sincères remerciements 5 A mes parents, Pour votre soutien sans lequel je ne serais pas là aujourd'hui. Pour vos encouragements tout au long de mon parcours. Pour m'avoir permis d'accomplir ce rêve. A mes grands parents, Pour votre écoute et votre présence. Pour vos encouragements sans limite. A ma sœur, Pour tes conseils et pour ces petits week-ends de repos salutaires. A mes amis, au groupe 6, à mon ancienne, à ma poulotte, Pour tous ces bons moments, les sorties, les fous rires,.... j'espère qu'on ne se perdra pas de vue. Au Dr Wedlarski, au Dr Popelin -Wedlarski, au Dr Moigno, au Dr Kohl, au Dr Bourgeois, au Dr Chai, au Dr Chaduc et aux soigneurs du Bioparc de Doué-la-Fontaine, du Pal, de la Ménagerie du Jardin des Plantes et de Touroparc, Merci à tous pour votre accueil, votre enseignement et les expériences merveilleuses vécues grâce à vous. 6 TABLE DES MATIÈRES LISTE DES MEMBRES DU CORPS ENSEIGNANT..............................................................3 REMERCIEMENTS...................................................................................................................5 LISTE DES ABREVIATIONS.................................................................................................12 INTRODUCTION....................................................................................................................13 PREMIÈRE PARTIE: ÉTUDE BIBLIOGRAPHIQUE DU PARASITISME EN FAUNE SAUVAGE CAPTIVE..............................................................................................................15 I. Parasitisme en faune sauvage captive.............................................................................15 1) Bibliographie sur le parasitisme par espèce.............................................................15 a. Généralités............................................................................................................15 b. Parasitisme par espèce.........................................................................................16 2) Présentation de quelques parasites en particulier.....................................................19 a. Eimeria sp............................................................................................................19 b. Isospora sp...........................................................................................................21 c. Giardia sp.............................................................................................................24 d. Toxocara sp..........................................................................................................27 e. Toxascaris sp........................................................................................................32 f. Trichuris sp...........................................................................................................34 g. Capillaria sp........................................................................................................37 h. Nematodirus sp....................................................................................................40 i. Les strongles.........................................................................................................42 3) Le risque zoonosique................................................................................................44 a. Généralités sur les zoonoses ................................................................................44 b. Zoonose due à Giardia sp....................................................................................45 c. Zoonose due à Toxocara canis.............................................................................46 d. Zoonose due à Toxocara cati...............................................................................48 e. Zoonose due à Trichuris sp..................................................................................48 f. Question du potentiel zoonosique de Capillaria sp..............................................49 g. Question du potentiel zoonosique de Toxascaris leonina....................................49 4) Influence de la captivité sur le parasitisme et différences avec l'état sauvage..........49 II. Facteurs de risque et points de contrôle du parasitisme en parc zoologique.................51 1) Rôle de la faune sauvage autochtone........................................................................51 2) Rôle des chiens des visiteurs.....................................................................................53 3) Rôle des soigneurs.....................................................................................................53 4) Rôle des transferts d'animaux....................................................................................54 5) Les enclos polyspécifiques........................................................................................54 6) Rôle de la maintenance..............................................................................................55 7) Points de contrôle du parasitisme et prophylaxie sanitaire......................................56 a. Les enclos.............................................................................................................57 b. Soins aux animaux et hygiène..............................................................................58 c. Les soigneurs........................................................................................................59 d. La faune sauvage autochtone...............................................................................59 e. Les chiens des visiteurs........................................................................................59 f. Les transferts d'animaux.......................................................................................60 g. La recherche d'éléments parasitaires....................................................................60 h. Conclusion...........................................................................................................61 8) Éléments de la directive 92/65 dite « directive balai ».............................................61 III. Traitement médical des parasitoses en faune sauvage captive......................................62 7 1) Présentation du principe d'allométrie........................................................................62 a. Principe................................................................................................................63 b. Méthodes d'extrapolation.....................................................................................64 c. Facteurs à prendre en compte...............................................................................66 d. Intérêt de l'approche allométrique........................................................................68 e. Limites de l'extrapolation.....................................................................................68 f. Application pratique.............................................................................................69 g. Conclusion...........................................................................................................69 2) Législation sur l'acquisition et l'utilisation des antiparasitaires en parc zoologique70 3) Bibliographie sur les traitements antiparasitaires des espèces sauvages captives...71 4) Difficultés liées au traitement antiparasitaire des animaux de zoo..........................73 5) Les résistances aux antiparasitaires..........................................................................75 a. Introduction.........................................................................................................75 b. Historique............................................................................................................75 c. Facteurs influant sur l'émergence des résistances...............................................76 d. Détection des résistances....................................................................................78 e. Propositions d'éléments de prévention................................................................79 f. Limites d'action....................................................................................................80 DEUXIÈME PARTIE: EXEMPLE DU SAFARI DE PEAUGRES.........................................81 I. Présentation du parc........................................................................................................81 1) Structure et organisation du parc..............................................................................81 a. Description des enclos du parc pédestre.............................................................81 b. L'alimentation.....................................................................................................82 c. La gestion des déchets.........................................................................................82 d. Entretien des locaux............................................................................................82 2) Espèces présentées...................................................................................................83 3) L'organisation des soigneurs....................................................................................83 II. Gestion générale du parasitisme dans le parc................................................................84 1) Facteurs de risque et points de contrôle dans le parc................................................84 2) Dépistage du parasitisme dans le parc.......................................................................86 3) Prophylaxie sanitaire.................................................................................................87 4) Prophylaxie médicale................................................................................................88 a. Calendrier des vermifugations............................................................................88 b. Molécules et choix des posologies utilisées........................................................89 c. Limites et difficultés des traitements..................................................................89 TROISIÈME PARTIE: ÉTUDE EXPÉRIMENTALE..............................................................91 I. Présentation et objectifs..................................................................................................91 1) Présentation et choix des espèces étudiées...............................................................91 2) Objectifs...................................................................................................................92 II. Matériels et méthodes....................................................................................................92 1) Organisation des séries de coproscopies..................................................................92 a. Première série: octobre 2012, janvier et février 2013..........................................92 b. Deuxième série: août 2013...................................................................................93 c. Coproscopies sur la faune sauvage autochtone et les chiens des visiteurs..........93 2) Première série: octobre 2012, janvier et février 2013...............................................93 a. Organisation des prélèvements et des analyses....................................................93 b. Méthode...............................................................................................................94 i. Analyse macroscopique......................................................................................94 ii. Analyse microscopique.....................................................................................94 iii. Identification des éléments parasitaires...........................................................94 3) Deuxième série: août 2013.......................................................................................95 8 a. Organisation des prélèvements.............................................................................95 b. Méthode...............................................................................................................96 i. Analyse macroscopique......................................................................................96 ii. Analyse microscopique.....................................................................................96 4) Questionnaire sur les modalités de réalisation de coproscopies en parc zoologique français.............................................................................................................................96 III. Résultats.......................................................................................................................97 1) Présentation des résultats des coproscopies.............................................................97 a. Première série: octobre 2012, janvier et février 2013.........................................97 b. Deuxième série: août 2013................................................................................101 c. Coproscopies sur la faune sauvage autochtone et les chiens des visiteurs.......102 2) Présentation des résultats des questionnaires..........................................................102 a. Circonstances de la réalisation d'une coproscopie.............................................102 b. Techniques utilisées...........................................................................................103 c. Méthode de prélèvement....................................................................................103 d. Recours à un laboratoire extérieur ....................................................................103 e. Cas particulier de Giardia sp..............................................................................104 IV. Discussion....................................................................................................................104 1) Choix de la technique et de la solution de coproscopie..........................................104 2) Limites du protocole et difficultés rencontrées.......................................................105 a. Limites de la technique utilisée..........................................................................105 b. Difficultés rencontrées lors des coproscopies....................................................106 3) Analyse des résultats...............................................................................................107 a. Première série.....................................................................................................107 b. Deuxième série...................................................................................................109 c. Remarques sur les deux séries............................................................................110 d. Coproscopies sur la faune sauvage et les chiens des visiteurs...........................111 4) Analyse des résultats de l'enquête...........................................................................112 5) Objectifs et organisation des vermifugations en parc zoologique..........................113 a. Les objectifs de la vermifugation en parc zoologique.......................................113 b. Organisation des vermifugations en zoo...........................................................114 CONCLUSION.......................................................................................................................117 BIBLIOGRAPHIE..................................................................................................................118 ANNEXES..............................................................................................................................135 Annexe 1: LISTE DES ESPECES ETUDIEES............................................................136 Annexe 2: PARASITES PAR ESPECE.........................................................................139 Annexe 3: RESISTANCE DES ELEMENTS PARASITAIRES DANS L'ENVIRONNEMENT ET FACTEURS INFLUENÇANTS.......................................145 Annexe 4: POSOLOGIES D'ANTIPARASITAIRES POUR CARNIVORES.............146 Annexe 5: POSOLOGIES D'ANTIPARASITAIRES POUR HERBIVORES..............150 Annexe 6: POSOLOGIES D'ANTIPARASITAIRES POUR MAMMIFERES MARINS .......................................................................................................................................155 Annexe 7: POSOLOGIES D'ANTIPARASITAIRES POUR OISEAUX.....................156 Annexe 8: POSOLOGIES D'ANTIPARASITAIRES POUR PRIMATES....................162 Annexe 9: POSOLOGIES D'ANTIPARASITAIRES POUR RONGEURS, LAGOMORPHES ET CHIROPTERES:......................................................................169 Annexe 10: EXEMPLE DE FICHE DE POSTE...........................................................171 Annexe 11: PROGRAMME DE COPROSCOPIES ET VERMIFUGATIONS DU SAFARI DE PEAUGRES.............................................................................................173 Annexe 12: SPECIALITES ANTIPARASITAIRES UTILISEES DANS LE PARC...174 Annexe 13: REPARTITION DES ESPECES PAR SECTEUR.....................................176 9 Annexe 14: TABLEAU EXPLICATIF DES PLANS....................................................177 Annexe 15: PLANS DU PARC.....................................................................................180 Annexe 16: CALENDRIER DES PRELEVEMENTS..................................................184 Annexe 17: QUESTIONNAIRE ..................................................................................184 Annexe 18: PHOTOGRAPHIES D'ÉLÉMENTS PARASITAIRES TROUVÉS SUR DES CARNIVORES.....................................................................................................187 Annexe 19: PHOTOGRAPHIES D'ÉLÉMENTS PARASITAIRES TROUVÉS SUR DES ARTIODACTYLES ET DES PERISSODACTYLES..........................................189 Annexe 20: PHOTOGRAPHIES D'ÉLÉMENTS PARASITAIRES TROUVÉS SUR DES OISEAUX.............................................................................................................191 Annexe 21: PHOTOGRAPHIES D'ÉLÉMENTS PARASITAIRES TROUVÉS SUR DES PRIMATES...........................................................................................................192 10 INDEX DES ILLUSTRATIONS Figure 1: Cycle d'Eimeria sp.....................................................................................................20 Figure 2: Cycle d'Isospora sp. ..................................................................................................22 Figure 3: Cycle de Giardia sp. .................................................................................................25 Figure 4: Cycle de Toxocara canis ...........................................................................................30 Figure 5: Cycle de Toxocara cati .............................................................................................30 Figure 6: Cycle de Toxascaris sp..............................................................................................33 Figure 7: Cycle de Trichuris vulpis ..........................................................................................35 Figure 8: Cycle de Capillaria aerophila ..................................................................................38 Figure 9: Cycle de Nematodirus battus ....................................................................................40 INDEX DES TABLES Tableau I: Résultats de la première série...................................................................................98 Tableau II: Résultats de la deuxième série..............................................................................101 Tableau III: Résultats des coproscopies sur la faune sauvage et les chiens des visiteurs.......102 11 LISTE DES ABREVIATIONS BID: bis in die: deux fois par jour cm: centimètre CRI: continuous rate infusion: perfusion continue. ELISA: Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay. g: gramme h: heure IM: intra-musculaire IV: intra-veineux j: jour kg: kilogramme L1, L2,L3,L4: larves de stades respectivement 1,2,3,4. mL: millilitre mm: millimètre PAP: parc à pied PCR: Polymérase Chain Reaction. PO: per os: par voie orale PV: parc voiture QID: quater in die: quatre fois par jour SC: sous-cutané SID: semel in die: une fois par jour TID: ter in die: trois fois par jour µm: micromètre 12 INTRODUCTION L'exercice vétérinaire en parc zoologique présente plusieurs particularités. Bien évidemment, la pratique de la médecine et de la chirurgie sur des espèces animales non domestiques captives, souvent exotiques, en est une. S'ajoute à cela l'importance de son rôle dans la prévention de l'apparition de pathologies. En effet, répondre aux besoins alimentaires, environnementaux et comportementaux des animaux est primordial pour assurer leur bonne santé et rendre possible la reproduction en captivité lorsque celle-ci est souhaitée. L'objectif premier est donc uploads/Geographie/ 2014lyon026-pdf.pdf