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Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique Universit

Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique Université de Monastir Faculté de pharmacie de Monastir Interne en équivalence : Laboratoire de microbiologie Hôpital régionale de Gafsa du 01/09/2020 au 30/11/2020 Chef du service : Docteur Mabrouka saidane 2020-2021 Rapport de stage en biologie clinique Remerciements Mes vifs remerciements et ma gratitude sont transmis avec joie à tous ceux qui m’ont aidé à accomplir et à réaliser mon stage. De ce fait je remercie toute personne ayant participé à la réussite de cette période et au développement de mes acquis scientifiques et pratiques. Particulièrement mes remerciements s’adressent à l’équipe du laboratoire de microbiologie de l’Hôpital régionale de Gafsa Je tiens à adresser mes remerciements au Docteur Mabrouka Saidane de m’avoir accueilli au sein de son service et la confiance qu’il m’a accordée dès mon arrivée. Je tiens à exprimer toute ma reconnaissance aux personnels techniques spécialement Madame Sameh Fendi Pour leur accueil chaleureux et pour l’ambiance familiale régnant dans le service. Veuillez bien trouver l’expression de ma profonde gratitude et de ma vive reconnaissance pour tout ce que vous m’avez appris. J’espère avoir été digne de la confiance qu’elles m’ont accordée. Que ce travail soit à la hauteur de leurs attentes. Je tiens à leur dire que j’ai tant appris à leurs côtés et que je suis très honoré de les avoir eus pour maîtres de stage. Liste des Abréviations : • Ac : anticorps • CCMH : Concentration corpusculaire moyenne en hémoglobine • DO : Densité optique • CGR : Concentré de globules rouges • F : Facteur • Fg : Fibrinogène • GB : Globule blanc • GR : Globule rouge • H : Heure • Hb : Hémoglobine • HU : Hématurie • HT : Hématocrite • IDR : Indice de distribution des globules rouges • TA : Tension artérielle • FC : Fréquence cardiaque • T : Température • GCS : Score de Glasgow • TDM : Tomodensitométrie • GAD : Glycémie au doigt • SaO2 : Saturation en oxygène • ASLO : Antistreptolysine O • AT : Aspiration trachéale • PVT : Prélèvement • GS : Gélose au sang • GC : Gélose au sang cuit • SS : Milieu Salmonelle- Shigelle • CMI : Concentration minimale inhibitrice • IgG : immunoglobulines G • LCR : Liquide céphalo-rachidien • VGM : Volume globulaire moyen • VU : Valeurs usuelles • Min : minute • NFS : numération formule sanguine • API : appareils et procédés d’identification • TRC : Temps de recoloration cutanée • BDC : Bruit du cœur Table des matières 1- L’Organisation générale du laboratoire : 1 1-1-Gestion des locaux :.......................................................................................................1 1-2- Processus d'hygiène et de sécurité:...............................................................................3 1-2-1 Les mesures d'ordre général et l'hygiène en rapport avec la manipulation des échantillons biologiques........................................................................3 1-3: Processus de gestion du personnel..............................................................................15 1-3-1 : Organigramme du laboratoire......................................................................15 1-4- Gestion de la documentation.......................................................................................18 1-4-1 Les documents techniques...............................................................................18 1-4-2 Les documents scientifiques.............................................................................20 1-5: Processus de gestion des consommables.....................................................................20 1-6: Processus de gestion des équipements........................................................................21 2-Le processus analytique :.......................................................................................................25 2-1- La phase pré-analytique..............................................................................................25 2-2- La phase analytique.....................................................................................................31 2-2-1 Les réactifs et les dispositifs d’analyse.................................................................32 2-2-2 Les procédures analytiques...................................................................................35 2-3 Phase post-analytique...................................................................................................37 3-La gestion du contrôle de qualité...........................................................................................39 3-1- Le contrôle externe de qualité.....................................................................................39 3-2-Le contrôle interne de qualité (CIQ)............................................................................39 4-1 Les analyses effectuées dans l'unité de bactériologie...................................................40 4-1 : Les analyses effectuées dans l'unité de sérologie.......................................................55 Les cas cliniques Cas Clinique n°1 : Pleurésie purulente à Streptocoque non groupable..................................58 Cas clinique n°2 : Abcès périnéal.............................................................................................65 Cas clinique numéro 3 : Coma et trouble respiratoire aigue…………………..…..………...70 Cas Clinique n°4 : Infection urinaire à Escherichia coli..........................................................81 Cas clinique n°5 : Pneumopathie a SARS-COV2.....................................................................86 LISTE DES FIGURES FIGURE 2:MINI COLLECTEUR DES DÉCHETS DE SOINS D’ACTIVITÉ A RISQUE INFECTIEUX (RÉGI-BOX).................................................................................6 FIGURE 3. GESTION DE LA DOCUMENTATION.............................................................18 FIGURE 4. ARCHITECT PLUS CI 8200................................................................................22 FIGURE 5. CYCLE DE VIE D’UN ÉQUIPEMENT DANS LE SERVICE...........................24 FIGURE 6. PRÉLÈVEMENT D’URINE SUR SONDE URINAIRE......................................27 FIGURE 7. LA BANDELETTE DU TEST RAPIDE..............................................................55 FIGURE 8. LA PONCTION PLEURALE...............................................................................60 FIGURE 9. COLORATION AU GRAM..................................................................................61 FIGURE 10. DISQUE D’OPTOCHINE SUR GÉLOSE AU SANG.......................................62 FIGURE 11. MILIEU BILE ESCULINE.................................................................................62 FIGURE 12. LECTURE MANUELLE DES DIAMÈTRES D’INHIBITION AU TOUR DES DISQUES D’ANTIBIOTIQUES...................................................................63 FIGURE 13. COLORATION AU BLEU DE MÉTHYLÈNE.................................................67 FIGURE 14. ASPECT DES COLONIES SUR MILIEU CHROMOGÈNE............................68 FIGURE 15. API 20 E D’E.COLI............................................................................................68 FIGURE 16. ASPECT DES COLONIES SUR MILIEU CHROMOGÈNE............................76 FIGURE 17. API20E DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE.....................................................77 FIGURE 18. ANTIBIOGRAMME DE KLEBSIELLA PNEUMONIAE................................78 FIGURE 19. TUBE D’ÉCHANTILLON URINAIRE.............................................................82 FIGURE 20.ASPECT DES COLONIES SUR MILIEU CHROMOGÈNE.............................83 FIGURE 21. ANTIBIOGRAMME DE LA SOUCHE D’E.COLI...........................................84 FIGURE 22. MODALITÉ DES PRÉLÈVEMENTS NASOPHARYNGÉS EN VUE DE PCR DU SARS-COV2.................................................................................................90 FIGURE 23. L’AUTOMATE D’EXTRACTION....................................................................91 FIGURE 24. L’AUTOMATE D’AMPLIFICATION...............................................................92 FIGURE 25. COURBE D’AMPLIFICATION D’UN ÉCHANTILLON POSITIF................93 Liste des tableaux TABLEAU 1.SEUIL DE SIGNIFICATIVITÉ DES BACTÉRIES ISOLÉES DES URINES SELON L’ESPÈCE BACTÉRIENNE ET LE SEXE DE PATIENT..........42 TABLEAU 2. INTERPRÉTATION DES ECBU ET CONDUITE À TENIR...........43 TABLEAU 3. CATÉGORISATION DES EXPECTORATIONS À L’EXAMEN DIRECT.......................................................................................................................47 Rapport de stage en biologie clinique 1- L’Organisation générale du laboratoire : 1-1-Gestion des locaux : Le laboratoire des analyses biologiques médicales de l’Hôpital Houcine- Bouzaiène de Gafsa est un laboratoire polyvalent comportant différents secteurs dans lesquels sont effectuées différentes tâches : Le rez- de- chaussée comporte les unités suivantes : 1er secteur : réservé au service de facturation chargé de l’enregistrement des patients au système informatique (Application facturation) et le payement des analyses 2ème secteur : c’est le secteur de la réception des demandes d’analyses qui comprend deux unités  La première est réservée à l’enregistrement des prélèvements dans le système informatique (Application SanteLab)  La deuxième est destinée à l’exécution des prélèvements sanguins et la réception de divers échantillons biologiques des patients consultants (désignés externes) Le laboratoire des analyses urgentes Le dépôt, lieu de stockage des consommables et des réactifs en respectant les températures nécessaires à leur bonne conservation Le vestiaire du personnel et la chambre de repos pour les agents de garde Le laboratoire de microbiologie avec ses deux unités : Unité de bactériologie : elle comprend - Deux salles pour le traitement des échantillons. Le matériel et les équipements nécessaires au travail sont : étuve , microscopes, densitomètres, une centrifugeuse, un ordinateur, des réfrigérateurs, SELMI Sabrine Page 1 Rapport de stage en biologie clinique colorants et bac de coloration des frottis - Une Salle pour la préparation et la stérilisation des milieux de culture : Le matériel et les équipements nécessaires au travail : une balance électronique, différents réactifs et des milieux de base servant à la préparation des milieux de culture, un autoclave pour la stérilisation humide, un four électrique pour la stérilisation à la chaleur sèche (stérilisation de la verrerie) et un réfrigérateur pour le stockage des milieux préparés. - Un dépôt où se fait le stockage du matériel consommables, réactifs etc. Unité de diagnostic moléculaire de l’agent du COVID-19 (SARS- COV2) Le 1 er étage comprend: Le bureau du biologiste Le bureau du surveillant Le bureau de la secrétaire La salle de repos du personnel La salle de saisie informatique des prélèvements des malades hospitalisés (désignés internes) Unité de biochimie : Unité d’hématologie et d’hémostase Unité de Parasitologie Unité de sérologie SELMI Sabrine Page 2 Rapport de stage en biologie clinique 1-2- Processus d'hygiène et de sécurité: Le travail dans un laboratoire d’analyses de biologie médicale (LABM) présente des risques professionnels et surtout des risques biologiques. Il faut donc connaître les risques pour pouvoir les prévenir et les éviter. Il s’agit d’appliquer des conditions de sécurité maximales pour réduire les risques infectieux potentiels et ceci par : La mise en œuvre de bonnes pratiques de laboratoire. La mise en œuvre de bonnes techniques microbiologiques. Utilisation de matériel approprié dans des locaux adaptés. Vaccination du personnel (contre la tuberculose, le tétanos, la poliomyélite, la diphtérie, l’hépatite B et la fièvre typhoïde) Elimination des déchets à risque infectieux. 1-2-1 Les mesures d'ordre général et l'hygiène en rapport avec la manipulation des échantillons biologiques Port de gants pour tout contact avec un liquide biologique ou un matériel souillé à enlever dès que l’acte est terminé. Port de blouse boutonnée à manches longues Attachement des cheveux lorsqu’ils sont longs pour éviter tout risque de contamination ou de brûlure avec le bec Bunsen. Travail dans la zone de stérilité du bec Bunsen. Lavage des mains immédiatement en cas de contact avec les liquides potentiellement contaminés et systématiquement après toute manipulation Lavage et/ou sa désinfection des mains après le retrait des gants. Interdiction du pipetage « à la bouche » Faire attention lors de toute manipulation d’instruments pointus ou tranchants potentiellement contaminés. Ne jamais plier ou recapuchonner les aiguilles. Jeter immédiatement les aiguilles et les autres objets piquants coupants ou tranchants dans un conteneur adapté. Ils sont mis dans un bocal jaune SELMI Sabrine Page 3 Rapport de stage en biologie clinique plastique « Régi-Box » : les tubes cassés, les lames et lamelles, les pipettes Pasteur, les seringues, les lames bistouri… Port de masque lorsqu’il y a un risque de projection. Elimination des déchets dans les contenants qui leurs sont destinés. Décontamination immédiate des instruments utilisés uploads/Management/ rapport-de-stage-en-biologie-clinique.pdf