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TD3- Exploration des données supplémentaires BS1/CB1/BE6/BS3/CB3/BS5/ Objectif:

TD3- Exploration des données supplémentaires BS1/CB1/BE6/BS3/CB3/BS5/ Objectif: Explorer les données supplémentaires d’un article scientifique TD3: s’approprier les données - comprendre d’où viennent les données - identifier et comprendre la nature des données - identifier 2 questions scientifiques à partir de ces données - pour chaque question identifier les variables X et Y TD4: synthétiser et présenter: pour les 2 questions - décrire synthétiquement les variables Y et X - représenter graphiquement les données Pour la séance asseyez vous près des membres de votre équipe TD5:pour les 2 questions - travail en autonomie en équipe sur l’analyse statistique et le rapport TD6: pour les 2 questions - point d’avancement - point sur les tests d’inférence - point sur la rédaction du rapport Comprendre d’où viennent les données? Si pas déjà fait en TD1, télécharger le dossier https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.7v72n64 -désarchiver - ouvrir le tableau ALAN data proc b CSV.csv dans excel ou calc - ouvrir le fichier README.txt Comment ces données ont été acquises ? Livrable 1 pour le 15 janvier 2022, 2 pages max => introduction + insertion d’au moins 2 références bibliographiques avec Zotero => résumé du matériel et méthode et un schéma du plan expérimental => liste des références bibliographiques utilisées dans l’introduction Exercice: 15-20 min 1- Lire le résumé de l’article et fin de l’introduction de l’article: quels sont les objectifs des auteurs? 2- Lire le matériel et méthode: Identifier: - Le modèle biologique - Le nombre d’individus testés - le nombre de sites - les traitements expérimentaux - le nombre de réplicats par traitement - les variables mesurées HPA: axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien contrôle les réactions au stress et régule aussi la digestion et le système immunitaire BSL-3 facility: laboratoire confiné de sécurité microbiologique de niveau 3,pour les agents infectieux responsables des maladies graves mais que l’on peut soigner PFU : unité formant plage de lyse, méthode de dénombrement des virus sur un milieu de culture Viraemia: virémie, quantité de virus dans le sang Dexamethasone: hormone glucocorticoïde de synthèse qui a un effet anti- inflammatoire et immuno-suppresseur Exercice: 10-15 min dans le tableau ALAN data proc b CSV - Quelles sont les variables et de quel type sont-elles? (aidez vous du fichier readme.txt) Exercice: Quelles questions peut-on se poser à partir des données du tableau ALAN data proc b CSV ? - identifier deux questions : “J’explique la variabilité de quelle variable en fonction de quelle variable?” “ il y a un lien entre quelle variable et quelle variable?” “ il y a une corrélation entre quelles variables?” Y=f(X) => hypothèse de travail: je m’attends à quoi ? selon mes connaissances, le papier de Kernbach et al….. => variable à expliquer Y? quel type? => variable explicative X? quel type? Préparer votre tableau de données pour l’analyse statistique - faites des calculs si nécessaires - changer les noms de colonnes si nécessaire (pas d’accent, pas d’espace) - votre tableau dans un fichier seul, pas de blabla, figures autour, juste une ligne avec vos entêtes de colonne - décimales homogènes (soit “.”, ou “,” mais pas un mélange) - enregistrer en CSV, séparateur “;”, pas d’accent, pas d’espace Rstudio: charger votre tableau: #Définir votre dossier de travail (pas d’accent, pas d’espace) setwd(“monpc/mesdocuments/mondossier”) #Importer le tableau montableau< - read.csv(“montableau.csv”, sep=”;”, h=T, dec=”,”, check.names=FALSE) vérifier que les variables quantitatives = numeric, integr et les qualitatives =characters entête grisée décimales ok à vous de jouer en équipe projet! prenez votre arbre de décision pour vous aider début puis suivre les flèches tests intermédiaires pour choisir le test final tests finaux qui répondent à la question répartition équitable? lien? corrélation? différence ? Effet du facteur X? https://rstudio.cloud/plans/free je n’arrive pas à installer RStudio sur mon PC, ma tablette… => Rstudio en ligne! Renseigner le fichier partagé https://docs.google.com/spreadsheets/d/1g5Pz8zyoxjt3EB91BhGE_u96HasRP_yd5oBjZ6h_3Uo/edit?usp=sharing TD4 : description des données et graphiques avec le logiciel RStudio => commencez à y travailler avant d’arriver en TD => quels graphiques? TD5 : séance libre asynchrone en équipe, finir les graphiques, rédiger, réfléchir aux tests d’inférences, les mettre en oeuvre TD6 : point d’avancement, questions sur les test d’inférences, sur le rapport Livrable 2: rapport sur l’analyse des données supplémentaires 1er février 2022- exemple sur Eprel épreuve QCM le 18-janv à 15h-16h30, QCM d’entrainement sur Eprel v2 uploads/Management/ td3-biostatistique.pdf