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Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR Secr

Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR Secrétariat d'Etat à l'économie SECO Service d'accréditation suisse SAS 328fw, 2017-11, rév. 04 328f.docx Page 1 de 18 Pas de classification Guide pour la validation de méthodes d’essais microbiologiques et l’évaluation de leur incertitude de mesure dans les domaines de la microbiologie alimentaire et de l’environnement Document n° 328.fw SAS: Guide pour la validation de méthodes d’essais microbiologiques et l’évaluation de leur incertitude de mesure dans les domaines de la microbiologie alimentaire et de l’environnement Pas de classification 328fw, 2017-11, rév. 04 328f.docx Page 2 de 18 Préface Le texte de cette directive a été rédigé par un groupe d’experts de la Confédération, des laboratoires can- tonaux et du secteur privé qui a travaillé sous la direction du Service d’accréditation suisse (SAS). Il est basé sur les documents ISO/CEI 17025 (1), EURACHEM (2), les normes EN ISO 16140 (3), ISO 7218 (4), AOAC International Committee Guidelines (5, 6) et d’autres publications (7-31). Groupe de travail : A. BAUMGARTNER, Bundesamt für Gesundheit, 3003 Bern T. BISCHOFBERGER, UFAG Laboratorien AG, 6310 Sursee B. BISSIG-CHOISAT, Bundesamt für Veterinärwesen, 3003 Bern M. DALLA TORRE, Agroscope Liebefeld-Posieux, 3003 Bern H. EMCH, SAS, 3003 Bern J.-L. GAFNER, Agroscope Liebefeld-Posieux, 1725 Posieux Ph. HÜBNER, Kantonales Laboratorium Basel Stadt, 4012 Basel R. MEYER, NESTEC SA., 1350 Orbe Ch. MÜLLER, Kantonales Laboratorium, 5000 Aarau P. SCHEFFELDT, SAS, 3003 Bern U. SPAHR, Bundesamt für Gesundheit, 3003 Bern R. STEPHAN, Institut für Lebensmittelsicherheit und -hygiene, 8057 Zürich U. WÄSPI, COOP Zentrallabor, 4133 Pratteln Révision 03 par : A. BAUMGARTNER, Bundesamt für Gesundheit, 3003 Bern J.-L. GAFNER, Agroscope Liebefeld-Posieux, 1725 Posieux J. HUMMERJOHANN, Agroscope Liebefeld-Posieux, 3003 Bern Ch. MÜLLER, Amt für Verbraucherschutz, 5000 Aarau B. PLASCHY, Schweizerische Akkreditierungsstelle, 3003 Bern U. WÄSPI, Suisselab AG, 3052 Zollikofen Révision 04 par : C. Fricker-Feer, HOCHDORF Swiss Nutrition Ltd., 6281 Hochdorf G. Gremaud, Bundesamt für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen, 3003 Bern Ph. Hübner, Kantonales Labor Basel-Stadt, 4012 Basel J. Hummerjohann, Agroscope Liebefeld, 3003 Bern R. Meyer, Nestlé PTC Konolfingen, 3510 Konolfingen Ch. Müller, Amt für Verbraucherschutz, 5000 Aarau B. Plaschy, Schweizerische Akkreditierungsstelle, 3003 Bern J. Schmid, Amt für Verbraucherschutz und Veterinärwesen, Kantonales Labor, 9001 St. Gallen SAS: Guide pour la validation de méthodes d’essais microbiologiques et l’évaluation de leur incertitude de mesure dans les domaines de la microbiologie alimentaire et de l’environnement Pas de classification 328fw, 2017-11, rév. 04 328f.docx Page 3 de 18 TABLE DES MATIERES 1. Introduction ................................................................................................................................... 4 2. Sélection, vérification et validation des méthodes ................................................................... 4 2.1. Général............................................................................................................................................ 4 2.2. Choix des méthodes ....................................................................................................................... 5 2.3. Validation ........................................................................................................................................ 6 2.4. Domaine d’application ..................................................................................................................... 7 2.5. Spécificité / spécificité relative ........................................................................................................ 8 2.6. Sensibilité / sensibilité relative ........................................................................................................ 8 2.7. Exactitude / exactitude relative ....................................................................................................... 8 2.7.1. Détermination à l’aide d’une deuxième méthode ............................................................................ 8 2.7.2. Détermination à l’aide de contamination artificielle (dopage) ......................................................... 9 2.7.3. Détermination à l’aide de matériel de référence ............................................................................. 9 2.8. Précision ......................................................................................................................................... 9 2.9. Limite de détection ........................................................................................................................ 10 2.10. Limite de détermination ................................................................................................................. 10 2.11. Concordance statistique................................................................................................................ 11 2.11.1. Méthodes qualitatives ................................................................................................................... 11 2.11.2. Méthodes quantitatives ................................................................................................................. 11 3. Incertitude de mesure ................................................................................................................. 12 3.1. Estimation de l’incertitude de mesure de méthodes microbiologiques qualitatives ...................... 13 3.1.1. Taux de faux-positifs ..................................................................................................................... 13 3.1.2. Taux de faux-négatifs .................................................................................................................... 13 3.2. Estimation de l’incertitude de mesure de méthodes microbiologiques quantitatives ................... 13 3.3. Indication de l’incertitude de mesure ............................................................................................ 14 4. Bibliographie ............................................................................................................................... 15 5. Key words .................................................................................................................................... 17 Annexe - Dispositions transitoires (valables jusqu’au 30 avril 2022) pour les méthodes du Manuel Suisse des Denrées Alimentaires (MSDA) ............................................................................... 18 SAS: Guide pour la validation de méthodes d’essais microbiologiques et l’évaluation de leur incertitude de mesure dans les domaines de la microbiologie alimentaire et de l’environnement Pas de classification 328fw, 2017-11, rév. 04 328f.docx Page 4 de 18 1. Introduction Toute mesure obtenue expérimentalement comporte une incertitude qui fixe les limites de la vali- dité de chaque méthode. La validation analyse et caractérise les méthodes d’essai par rapport à ces limites de performance. En tenant compte des incertitudes, elle démontre qu’une méthode d’essai est appropriée pour remplir les conditions d’une tâche fixée. Ce guide décrit la marche à suivre pour la validation et l’évaluation de l’incertitude de mesure des méthodes microbiologiques. En règle générale, les analyses microbiologiques comportent les 7 étapes suivantes : 1. échantillonnage 2. transport, entreposage 3. préparation de l’échantillon (p. ex. choix de la fraction à analyser, homogénéisation, dilution) partie pré-analytique 4. pré-enrichissement et enrichissement (analyses qualitatives) dilu- tions décimales (analyses quantitatives) 5. isolation, dénombrement 6. confirmation 7. évaluation partie analytique Le but de la partie pré-analytique est de prélever de manière représentative, de conserver et de préparer le matériel à analyser de telle manière que les teneurs microbiennes à déterminer ne soient pas faussées, et que la fraction analysée soit caractéristique de l’ensemble du matériel à examiner. Les variations liées à cette partie pré-analytique sont difficiles à estimer quantitative- ment. Dans la majorité des cas, l’incertitude liée à l’échantillonnage est importante. Le présent guide ne concerne que la partie analytique ; pour ce qui est de la partie pré-analytique, se référer à la littérature [p. ex. échantillonnages spécifiques aux produits et quantité du matériel à analyser : Codex Alimentarius (17), ICSMF (18), SAS (19), et pour l’eau de bains publics (20, 21)]. Il décrit la marche à suivre pour la validation de méthodes d’essais microbiologiques et de l’évalua- tion de l’incertitude de mesure pour un laboratoire unique (7). 2. Sélection, vérification et validation des méthodes 2.1. Général La validation selon SN EN ISO 9000:2015 (16) est la « Confirmation par des preuves objectives que les exigences pour une utilisation spécifique ou une application prévues ont été satisfaites ». Le but de la validation d’une méthode d’essai est de démontrer par une traçabilité suffisante et des preuves tangibles qu’elle permet d’atteindre les spécifications définies. La vérification selon SN EN ISO 9000:2015 (16) est la « Confirmation par des preuves objectives que les exigences spécifiées ont été satisfaites ». SAS: Guide pour la validation de méthodes d’essais microbiologiques et l’évaluation de leur incertitude de mesure dans les domaines de la microbiologie alimentaire et de l’environnement Pas de classification 328fw, 2017-11, rév. 04 328f.docx Page 5 de 18 2.2. Choix des méthodes L’ampleur de la validation (choix des matrices, nombre d’échantillons, effort pour les critères indivi- duels de validation) doit être en adéquation avec les utilisations prévues et les validations déjà ef- fectuées. Les sources possibles pour des méthodes déjà validées sont : a) Méthodes publiées comme norme internationale, nationale ou régionale (p.ex. ISO, EN, SN) b) Méthodes publiées par les autorités nationales ou internationales concernées (p.ex. Codex alimentarius, OFEV, EU) c) Méthodes publiées par les organisations nationales ou internationales (p.ex. AOAC, OIV, IFU) d) Méthodes issues de la littérature scientifique correspondante (p.ex. articles reconnus) e) Méthodes établies et validées par le producteur du dispositif d’essai ou par d’autres four- nisseurs. f) Méthodes fournies par le client Idéalement, la méthode devrait être validée par une étude conjointe selon un protocole reconnu au niveau international (ex. ISO 16140). Si les résultats de la validation, c’est-à-dire les critères de performance sont disponibles et qu’ils prouvent que la méthode est apte à l’emploi envisagé, le laboratoire doit alors vérifier s’il peut re- produire les critères de performance pertinents pour l’emploi envisagé. Le domaine d’utilisation (matrice, paramètre, domaine de mesure etc.) est défini dans la procédure. Il peut être restreint par le laboratoire. Cela signifie que lors de l’introduction d’une méthode validée, une vérification doit être effectuée. Elle doit montrer qu’au minimum les critères de performance suivants sont adéquats et effectifs en interne : - Le domaine d’application de la méthode est défini et connu du laboratoire. - Les performances de la méthode (ex. selon les normes ISO, la littérature) sont connues et pour autant qu’elles soient disponibles. Voir tabelle 1. - Le laboratoire doit avoir participé avec succès à un test d’aptitude ou s’il n’est pas disponible à une comparaison interlaboratoire. - Si aucune comparaison externe n’est possible, la précision interne au laboratoire (reproductibi- lité et précision au laboratoire) doit être déterminée. - En principe, l’estimation de l’incertitude de mesure est considérée à ± 0.5 log pour les mé- thodes microbiologiques classiques (7). Si des spécifications ne sont pas disponibles, le laboratoire doit les déterminer dans le cadre d’une validation selon le chapitre 2.3. Lorsque des méthodes validées sont modifiées, les influences de ces changements doivent être établies. Il en va de même lorsque la méthode est utilisée en dehors des spécifications définies. Les modifications apportées doivent être validées. SAS: Guide pour la validation de méthodes d’essais microbiologiques et l’évaluation de leur incertitude de mesure dans les domaines de la microbiologie alimentaire et de l’environnement Pas de classification 328fw, 2017-11, rév. 04 328f.docx Page 6 de 18 2.3. Validation L’ampleur d’une validation est aussi déterminée par la question de base que pose la méthode. Lors de la validation de méthodes, il faut distinguer entre les méthodes qualitatives et quantitatives. A.) Analyse qualitative (décision oui/non) Lors d’analyses qualitatives (p. uploads/Management/328-f 1 .pdf