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19 JUILLET 2022, 13H00 1 Membres du Conseil scientifique associés à cet avis :

19 JUILLET 2022, 13H00 1 Membres du Conseil scientifique associés à cet avis : Jean-François Delfraissy, Président Laetitia Atlani-Duault, Anthropologue Daniel Benamouzig, Sociologue Lila Bouadma, Réanimatrice Simon Cauchemez, Modélisateur Catherine Chirouze, Infectiologue Angèle Consoli, Pédopsychiatre Pierre Louis Druais, Médecine de Ville Arnaud Fontanet, Epidémiologiste Marie-Aleth Grard, Milieu associatif Olivier Guérin, Gériatre Aymeril Hoang, Spécialiste des nouvelles technologies Thierry Lefrançois, Vétérinaire/One Health Bruno Lina, Virologue Denis Malvy, Infectiologue Yazdan Yazdanpanah, Infectiologue Cet avis a été transmis aux autorités nationales le 19 juillet 2022 à 13H00. Comme les autres avis du Conseil scientifique, cet avis a vocation à être rendu public. Avis du Conseil scientifique COVID-19 19 juillet 2022 VIVRE AVEC LES VARIANTS  LA PANDEMIE N’EST PAS TERMINEE  MIEUX ANTICIPER 19 JUILLET 2022, 13H00 2 SOMMAIRE AVANT-PROPOS ............................................................................. 3 INTRODUCTION : UNE PANDEMIE EN TROIS TEMPS ........................ 4 I. JUILLET 2022 : LA PANDEMIE N’EST PAS TERMINEE .................. 6 A. EN FRANCE ET EN EUROPE ................................................................................................ 6 B. DANS LE MONDE .............................................................................................................. 6 II. VISION A MOYEN TERME / AUTOMNE 2022 ............................. 8 A. QUELS SCENARIOS ? PROSPECTIVE EPIDEMIOLOGIQUE ..................................................... 8 B. QUELS OBJECTIFS POUR LA REPONSE SANITAIRE? ........................................................... 12 1. Vivre avec les sous-variants Omicron et la suite ............................................................................. 12 2. Les différentes options .................................................................................................................... 14 C. QUELS MOYENS POUR LA REPONSE SANITAIRE ? ............................................................. 16 1. Surveillance ..................................................................................................................................... 16 a. Diagnostic ........................................................................................................................................ 16 b. Dépistage dans les écoles pour mieux préserver leur ouverture .................................................... 17 c. Séquençage et eaux usées .............................................................................................................. 18 2. La vaccination à l’été/automne 2022 .............................................................................................. 18 a. Efficacité des vaccins actuels et à venir (automne 2022) et leurs limites ....................................... 18 b. La 4ème dose (2ème rappel) doit être effectuée dès maintenant chez les personnes de plus de 60 ans et les personnes fragiles ......................................................................................................................... 19 c. La vaccination des enfants .............................................................................................................. 19 d. La vaccination des soignants ........................................................................................................... 20 3. Des traitements anti-COVID préventifs et curatifs insuffisamment prescrits par les professionnels de santé ..................................................................................................................................................... 21 a. Le Paxlovid est malconnu des médecins de première ligne et des pharmaciens ........................... 21 b. Anticorps monoclonaux .................................................................................................................. 23 4. Aération et purification d’air ........................................................................................................... 25 III. POINTS D’ATTENTION ........................................................... 26 A. RETENTISSEMENT CLINIQUE DE L’INFECTION ................................................................... 26 1. COVID-long ...................................................................................................................................... 26 2. Santé mentale ................................................................................................................................. 29 B. FRAGILITE DES HOPITAUX DANS PLUSIEURS PAYS EUROPEENS ........................................ 30 1. Un épuisement de l’hôpital ............................................................................................................. 30 2. La situation particulière des urgences pour l’été 2022 ................................................................... 32 C. POPULATIONS A RISQUE ................................................................................................. 33 1. Populations fragiles et précaires ..................................................................................................... 33 2. Patients immunodéprimés .............................................................................................................. 36 3. Population âgée .............................................................................................................................. 38 D. AMELIORATION SUR LE PLUS LONG TERME DE L’ORGANISATION DE LA SURVEILLANCE .... 38 1. Bases de données biomédicales ...................................................................................................... 38 2. De la surveillance des variants dans le réservoir animal à l’approche intégrée « One Health »..... 39 IV. SITUATION EN OUTRE-MER .................................................. 43 V. SITUATION DANS LES PAYS DU SUD LES MOINS AVANCES ..... 47 VI. PROSPECTIVE : SCIENCE ET POLITIQUE.................................. 51 A. LES CONSEILS SCIENTIFIQUES AU NIVEAU EUROPEEN ...................................................... 51 B. LE COMITE DE VEILLE ET D’ANTICIPATION DES RISQUES SANITAIRES ................................ 52 C. LE « CONSEIL DE LA SCIENCE » ........................................................................................ 53 BIBLIOGRAPHIE ............................................................................ 54 19 JUILLET 2022, 13H00 3 Le Conseil scientifique COVID-19 a été créé dans un contexte sanitaire d’urgence le 10 mars 2020 et officialisé dans la loi portant sur la crise sanitaire du 23 mars 2020 qui doit prendre fin le 31 juillet 2022. Après 2 ans et 4 mois de travail assidu (environ 300 réunions en formation plénière) réalisé à titre bénévole, le Conseil scientifique a repéré quelques points clés relatifs à son mode de fonctionnement et aux relations entre science et politique : multidisciplinarité, autonomie, agilité, lieu d’intelligence collective, liens avec les communautés de recherche, humilité, incertitude, réactivité, positionnement dans l’aide aux décisions prises par les autorités, enjeux en Outre-Mer, vision internationale et One Health, situations complexes liées aux inégalités sociales et à la précarité, démocratie en santé, libertés individuelles versus une vision plus collective et parfois contraignante… Tous ces points et d’autres sont apparus avec des temporalités différentes tout au long de la pandémie, avec une prise en compte par le Conseil scientifique plus ou moins adaptée à la situation mais toujours avec l’objectif d’une atténuation des souffrances liées à la pandémie et d’un meilleur service individuel et collectif rendu dans ce contexte à nos concitoyens. Cette période inédite de pandémie a mis en lumière les relations parfois complexes entre science et politique ainsi que le rôle de l’expertise pour l’aide à la décision. Le Conseil scientifique a été créé en urgence dans un contexte où il existe en France de nombreuses agences sanitaires qui ont un rôle important et reconnu. Ce modèle de conseil scientifique, « nouvel objet », a été mis en œuvre dans plusieurs pays européens, avec des fonctionnements variés mais avec une vision partagée et une complémentarité par rapport aux agences sanitaires. Les scientifiques conseillent et les politiques décident, dans un contexte d’indépendance et de respect mutuel. Ces enjeux seront rapidement abordés à la fin de cet avis. Cet avis, qui est probablement le dernier du Conseil scientifique COVID-19, n’a pas vocation à être un testament ni un retour d’expérience (RETEX) alors même que l’épidémie n’est pas terminée avec actuellement une recrudescence importante des cas liée au sous-variant Omicron BA.4/BA.5. Cet avis n’est pas non plus exhaustif sur la situation actuelle ou à venir. Il se veut comme les autres : un point d’explication et d’information, une « boussole », sur la situation actuelle et sur ce qui pourrait survenir dans les mois qui viennent avec donc une temporalité limitée et définie. Le « retour » nécessaire sur la période que nous venons de vivre, l’analyse du contexte dans lequel les avis du Conseil scientifique ont été émis feront l’objet d’un ouvrage qui sera publié dans les mois qui viennent à la Documentation Française. AVANT-PROPOS 19 JUILLET 2022, 13H00 4 La pandémie COVID-19 dure depuis 2 ans et demi. Dans cette crise inédite, peu de monde, scientifiques, décideurs, citoyens, avaient imaginé en mars 2020 qu’elle s’inscrirait dans une telle durée. On peut considérer qu’il y a eu 3 périodes bien différentes :  2020 : Les confinements ;  2021 : La course de vitesse entre variants et vaccins ;  2022 : Omicron et la suite. Les recommandations et mesures prises doivent être analysées en tenant compte des incertitudes liées à ces trois périodes, mais aussi aux très nombreuses connaissances acquises au cours du temps quant aux : mode de contaminations, tests diagnostiques, séquençage et identification des variants, bases de données analysées en temps réel, modélisations et projections épidémiologiques, prise en charge des formes graves, médicaments à action antivirale directe et anticorps monoclonaux, vaccins, populations à risque et vulnérables, réactions de nos concitoyens aux mesures prises et au contexte épidémique… (i) Santé publique et innovations La stratégie de lutte contre la pandémie a consisté à freiner la circulation du virus tant qu’une immunité populationnelle suffisante contre les formes graves de la maladie ne s’était pas constituée. Cette immunisation de la population a été possible dès mi 2021 grâce aux vaccins et a permis un allègement progressif des mesures de santé publique (restriction des contacts allant jusqu’au confinement, gestes barrières…) avec en permanence cet équilibre difficile entre libertés individuelles et réponse collective adaptée. Un deuxième point d’équilibre complexe a été recherché, de façon plus ou moins réussie au cours du temps, entre des mesures prises par injonction s’opposant à des mesures proposées comme des recommandations en s’appuyant sur une information et une construction citoyenne. Ces points ont fait l’objet de nombreux débats qui, une fois de plus, doivent être placés dans leur contexte et temporalité. Dans ce contexte, des innovations extraordinaires se sont produites et s’accélèrent depuis 2021 avec un exploit, l’arrivée des vaccins, compte tenu des délais habituels en vaccinologie. La deuxième innovation considérable est l’arrivée de médicaments directement dirigés contre le virus. Il ne faut pas opposer ces deux approches (mesures de santé publique versus innovation biomédicale) qui se sont au contraire nourries l’une et l’autre, la vaccination protégeant bien contre les formes graves, mais imparfaitement contre l’infection et donc n’empêchant pas la circulation du virus, qui nécessite la poursuite de mesures proportionnées de santé publique. INTRODUCTION : UNE PANDEMIE EN TROIS TEMPS 19 JUILLET 2022, 13H00 5 (ii) Premières estimations comparatives de la mortalité en France et en Europe après deux ans et demi de pandémie. Le bilan de la pandémie ne saurait se résumer aux seuls chiffres de mortalité. Il faudra analyser l’impact de la crise sanitaire en termes de morbidité sévère, de COVID-long, de santé mentale, de fragilisation du système hospitalier, et au-delà du champ sanitaire de retentissement économique, éducationnel pour les enfants, etc… Ces analyses sont complexes et prendront de nombreuses années. En matière de mortalité, les principaux chiffres dont nous disposons aujourd’hui de façon fiable pour la plupart des pays sont ceux d’excès de mortalité toutes causes de mortalité confondues au cours des années 2020 et 2021. Si l’on se concentre sur l’Europe, notamment sur les pays de uploads/Sante/ avis-du-conseil-scientifique 1 .pdf