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VETAGRO SUP CAMPUS VÉTÉRINAIRE DE LYON Année 2017 - Thèse n°073 ÉTUDE COMPARATI

VETAGRO SUP CAMPUS VÉTÉRINAIRE DE LYON Année 2017 - Thèse n°073 ÉTUDE COMPARATIVE DE LA PATHOLOGIE ET DES MÉTHODES DE DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE À MYCOBACTERIUM BOVIS CHEZ LES BOVINS ET CHEZ L’HOMME THESE Présentée à l’UNIVERSITÉ CLAUDE-BERNARD - LYON I (Médecine - Pharmacie) et soutenue publiquement le 15 novembre 2017 pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire par LAVIGE Vincent Né le 26 mars 1991 à Clermont-Ferrand (63) VETAGRO SUP CAMPUS VÉTÉRINAIRE DE LYON Année 2017 - Thèse n°073 ÉTUDE COMPARATIVE DE LA PATHOLOGIE ET DES MÉTHODES DE DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE À MYCOBACTERIUM BOVIS CHEZ LES BOVINS ET CHEZ L’HOMME THESE Présentée à l’UNIVERSITÉ CLAUDE-BERNARD - LYON I (Médecine - Pharmacie) et soutenue publiquement le 15 novembre 2017 pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire par LAVIGE Vincent Né le 26 mars 1991 à Clermont-Ferrand (63) - 2 - - 3 - - 4 - Remerciements À Monsieur le Professeur Jean-François Mornex De la Faculté de Médecine de Lyon, Qui nous a fait l’honneur d’accepter la présidence de notre jury de thèse, Tous mes hommages les plus respectueux. À Monsieur le Professeur Antonin Tortereau De VetAgro Sup – Campus vétérinaire de Lyon, Pour avoir accepté d’encadrer et de corriger ce travail, Pour ses précieux conseils et sa disponibilité, Pour ses qualités humaines et son enseignement de qualité, Qu’il trouve ici l’expression de mon profond respect et de ma gratitude. À Monsieur le Professeur Pierre Demont De VetAgro Sup – Campus vétérinaire de Lyon, Qui nous a fait l’honneur de juger ce travail et de prendre part à notre jury de thèse, Pour sa bienveillance et sa disponibilité, Mes plus sincères remerciements. À Madame le Professeur Zorée Djelouadji De VetAgro Sup – Campus vétérinaire de Lyon, Pour avoir proposé de corriger ce travail, Pour son enthousiasme et sa gentillesse, Mes plus sincères remerciements. - 5 - - 6 - Remerciements À toute ma famille Quelles que soient les circonstances, vous avez toujours été présents pour moi, Que vous trouviez ici l’expression de tout mon amour et de mon profond respect. À mes parents À qui je dois tout et bien plus encore, Sans vous je ne serais pas là où j’en suis aujourd’hui, Je vous aimerai toujours. À ma sœur Fiona Pour m’avoir soutenu et cru en moi toutes ces années et pour m’avoir poussé à me dépasser, Je suis très fier de la femme que tu es devenue, Rien ne pourra jamais remplacer notre complicité. À ma grand-mère Jeanine À qui je dédie cette thèse, Tu aurais dû être présente à mes côtés aujourd’hui, Tu étais et tu resteras à jamais dans mon cœur. À Sarah Pour tous les moments qui nous restent à vivre, Pour être présente à mes côtés et dans mon cœur, Je t’aime. À mes amis À William, Guillaume, Clémentine, Alexis, Chloé, Margot, Florence, Mélanie, Marie-Aude, Thomas, Hugues et Martin, Pour votre bonne humeur et tous les merveilleux moments passés en votre compagnie, On a encore tellement à partager ensemble. À toute l’équipe de la Clinique Vétérinaire du Haut Bugey Pour votre confiance, votre bonne humeur et votre gentillesse, Mes plus sincères remerciements. - 7 - - 8 - Table des matières Liste des annexes ....................................................................................................................15 Liste des figures ......................................................................................................................17 Liste des tableaux ...................................................................................................................19 Liste des abréviations .............................................................................................................21 Introduction ............................................................................................................................23 Première partie : L’agent étiologique ...................................................................................25 I) Bactériologie ........................................................................................................................27 A) Classification des mycobactéries ........................................................................................27 1) La classification selon le pouvoir pathogène ...............................................................27 2) Autres types de classifications ......................................................................................27 B) Caractéristiques bactériologiques des mycobactéries .........................................................29 1) Morphologie .................................................................................................................29 2) Affinité tinctoriale .........................................................................................................30 3) Résistance aux agents physico-chimiques et aux antibiotiques ....................................31 i) Les agents physico-chimiques ................................................................................31 ii) Les antibiotiques antituberculeux .........................................................................31 iii) Le cas particulier du pyrazinamide chez Mycobacterium bovis .........................32 4) Croissance ....................................................................................................................33 5) Propriétés biochimiques des mycobactéries .................................................................35 C) Caractéristiques biologiques des mycobactéries .................................................................35 1) Habitat ..........................................................................................................................35 2) Espèces sensibles aux mycobactéries ...........................................................................36 3) Facteurs influençant le pouvoir pathogène ..................................................................38 II) Épidémiologie ....................................................................................................................39 A) Épidémiologie descriptive ..................................................................................................39 1) Évolution du MTC dans le temps ..................................................................................39 2) Distribution de la tuberculose à M. bovis ....................................................................40 i) Chez les bovins .......................................................................................................40 ii) Chez l’Homme ......................................................................................................41 B) Épidémiologie analytique ...................................................................................................42 1) Sources de contamination .............................................................................................42 2) Réceptivité ....................................................................................................................43 - 9 - 3) Mode de transmission ...................................................................................................43 i) Intraspécifique aux bovins .....................................................................................43 ii) Interspécifique des bovins à l’Homme ..................................................................43 C) Épidémiologie synthétique ..................................................................................................44 1) Modalités de contamination .........................................................................................44 i) Dans l’espèce bovine .............................................................................................44 a) Au sein d’un élevage ........................................................................................44 b) À l’échelle des différents pays .........................................................................45 ii) Dans l’espèce humaine .........................................................................................46 2) Facteurs de risque ........................................................................................................46 i) Dans l’espèce bovine .............................................................................................46 a) À l’échelle de l’individu ...................................................................................46 b) À l’échelle d’un troupeau ................................................................................46 ii) Dans l’espèce humaine .........................................................................................47 Deuxième partie : La pathologie ...........................................................................................49 I) Formation du complexe primaire et réactions immunitaires ............................................51 A) L’infection initiale ...............................................................................................................51 1) Le complexe primaire ...................................................................................................51 2) Lésions associées au complexe primaire ......................................................................51 B) Mécanismes mis en jeu durant l’infection à M. bovis .........................................................54 1) Le rôle des macrophages ..............................................................................................54 2) La sécrétion des cytokines ............................................................................................55 C) Les mécanismes d’échappement au système immunitaire ..................................................55 1) Inhibition de la lyse par les macrophages ....................................................................55 2) Modification des mécanismes de mort cellulaire .........................................................56 3) Subversion de la signalisation cellulaire ......................................................................57 4) Modification de l’expression de différents gènes .........................................................57 5) Les facteurs de virulence de M. bovis ...........................................................................58 i) Les différentes étapes de l’étude des facteurs de virulence ...................................58 ii) Le locus RD1 .........................................................................................................59 a) Organisation du locus RD1 .............................................................................59 b) Rôle du dimère ESAT-6/CFP-10 dans les interactions avec l’hôte .................60 c) La régulation des micro-ARN par ESAT-6/CFP-10 .........................................60 iii) Les autres facteurs de virulence ..........................................................................60 - 10 - D) Réponses immunitaires associées .......................................................................................62 1) La réponse Th2 humorale .............................................................................................62 2) La réaction d’hypersensibilité retardée ........................................................................63 i) Les différents types d’hypersensibilité retardée .....................................................63 ii) Évolution de l’hypersensibilité retardée ...............................................................64 3) Le phénomène d’anergie ...............................................................................................64 E) Le phénomène de latence ....................................................................................................65 II) Les différentes évolutions du complexe primaire et les lésions associées .......................66 A) Les différentes évolutions du complexe primaire et la généralisation ................................66 1) La progression de l’infection ........................................................................................66 2) La tuberculose miliaire .................................................................................................67 3) Les autres formes de généralisation .............................................................................69 B) Tuberculose pulmonaire et tableau clinique général ...........................................................70 1) Le développement d’une tuberculose pulmonaire ........................................................70 2) Tableau clinique ............................................................................................................72 i) Chez les bovins .......................................................................................................72 ii) Chez l’Homme ......................................................................................................72 C) Les différentes localisations possibles de la tuberculose ....................................................73 1) La tuberculose ganglionnaire .......................................................................................73 2) La tuberculose cutanée .................................................................................................75 i) La tuberculose cutanée exogène ............................................................................75 a) Le chancre tuberculeux ....................................................................................75 b) La tuberculose verruqueuse .............................................................................76 ii) La tuberculose cutanée endogène .........................................................................76 a) Le scrofuloderme .............................................................................................76 b) La tuberculose orificielle .................................................................................76 iii) La tuberculose hématogène .................................................................................76 iv) La tuberculose éruptive ........................................................................................76 3) La tuberculose du système nerveux central ..................................................................77 4) La tuberculose ostéo-articulaire ...................................................................................78 5) La tuberculose de l’abdomen ........................................................................................80 i) La tuberculose digestive et viscérale .....................................................................80 ii) La tuberculose urogénitale ...................................................................................81 6) La tuberculose oculaire ................................................................................................82 7) Le cas particulier de la tuberculose de la mamelle ......................................................83 - 11 - Troisième partie : Les méthodes de diagnostic et de dépistage ..........................................85 I) Diagnostic clinique et lésionnel ..........................................................................................87 A) Diagnostic clinique .............................................................................................................87 1) Les différents signes cliniques ......................................................................................87 2) Diagnostic différentiel clinique ....................................................................................88 B) Diagnostic anatomopathologique ........................................................................................89 1) Diagnostic morphologique macroscopique ..................................................................89 i) Chez les bovins .......................................................................................................89 a) Modalités de l’inspection à l’abattoir .............................................................89 b) Les différentes lésions suspectes à l’abattoir ..................................................90 c) Aspects réglementaires de l’inspection à l’abattoir ........................................91 ii) Chez l’Homme ......................................................................................................92 2) Diagnostic différentiel morphologique .........................................................................92 i) Chez les bovins .......................................................................................................92 ii) Chez l’Homme ......................................................................................................93 3) Diagnostic histologique ................................................................................................93 C) Mise en évidence indirecte des lésions par les techniques d’imagerie ...............................95 1) L’examen radiographique dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire ...............95 2) L’apport de l’imagerie dans le diagnostic de la tuberculose .......................................95 II) Diagnostic immunologique et dépistage ...........................................................................98 A) Mise en évidence de l’immunité cellulaire .........................................................................98 1) L’intradermotuberculination ........................................................................................98 i) Principe de l’intradermotuberculination ...............................................................98 ii) L’intradermotuberculination chez les bovins dans le cadre du dépistage ............98 a) La réalisation de l’intradermotuberculination simple chez les bovins ...........98 b) L’intradermotuberculination comparative ....................................................100 c) Interprétation des résultats ............................................................................101 iii) L’utilisation de l’intradermotuberculination chez l’Homme .............................102 2) Le test à l’interféron gamma ......................................................................................103 3) Aspects réglementaires du dépistage chez les bovins en France ................................104 B) Mise en évidence de l’immunité humorale .......................................................................106 III) Mise en évidence de l’agent pathogène .........................................................................107 A) L’examen microscopique ..................................................................................................107 1) Les prélèvements .........................................................................................................107 - 12 - 2) La mise en évidence de mycobactéries par différentes méthodes ...............................107 i) Les différentes méthodes de coloration ................................................................107 ii) Méthodes de lecture et interprétation des résultats ............................................108 iii) L’immunohistochimie ........................................................................................109 3) Les frottis d’expectorations chez l’Homme ................................................................110 B) Culture et identification de M. bovis .................................................................................111 1) Méthode de culture des mycobactéries .......................................................................111 2) Critères d’identification et expression des résultats ...................................................112 C) Méthodes d’identification par l’utilisation du génie génétique .........................................112 1) Hybridation directe avec une sonde spécifique ..........................................................112 2) L’hybridation inverse sur bandelettes ........................................................................113 3) Le séquençage de l’ADN ............................................................................................114 4) Méthodes basées sur l’utilisation de marqueurs génotypiques ..................................114 IV) Prophylaxie et traitement ................................................................................................115 A) Mesures prophylactiques ...................................................................................................115 1) Mesures hygiéniques et sanitaires ..............................................................................115 i) Chez les bovins .....................................................................................................115 ii) Chez l’Homme .....................................................................................................115 2) Mesures médicales applicables uploads/Sante/ tuberculose.pdf