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Article original Détection de la colonisation nasale de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline : étude prospective comparant l’amplification génique temps réel vs les milieux chromogènes sélectifs Detection of nasal colonization methicillin-resistant Staphylococcus aureus: a prospective study comparing real-time genic amplification assay vs selective chromogenic media J.-C. Nguyen Van a,*, M.-D. Kitzis a, A. Ly a, A. Chalfine b, J. Carlet c, A. Ben Ali a, F. Goldstein a a Laboratoire de microbiologie médicale, Fondation hôpital Saint-Joseph, 185, rue Raymond-Losserand 75674 Paris cedex 14, France b Unité d’hygiène et de lutte contre les infections nosocomiales (UHLIN), Fondation hôpital Saint-Joseph, 185, rue Raymond-Losserand 75674 Paris cedex 14, France c Service de réanimation polyvalente et CLIN, Fondation hôpital Saint-Joseph, 185, rue Raymond-Losserand 75674 Paris cedex 14, France Reçu le 3 mai 2005 ; accepté le 12 janvier 2006 Disponible sur internet le 10 mars 2006 Résumé L’amplification génique temps réel à la différence de l’amplification génique « classique » peut être réalisée dans tous les laboratoires sans recours à des locaux sophistiqués. Elle permet de plus une détection très précoce (deux heures) comparée à la culture. Le but de l’étude est d’évaluer la faisabilité de l’amplification génique temps réel en routine lors d’une étude prospective en comparaison avec les milieux chromo- gènes. Patients et méthodes. – Cette étude a débuté en juillet 2004 sur une période de quatre mois chez les patients entrant dans quatre services et 682 écouvillons nasaux ont été prélevés chez 508 patients. Résultats. – Soixante-quatre (9,3 %) étaient positifs par amplification génique et par culture (CHROMagar™MRSA, MRSASelect et/ou ORSAB), 19 (2,9 %) étaient positifs par amplification génique seulement (trois patients étaient sous traitement antibiotique), 572 échantillons étaient négatifs par les deux techniques. La sensibilité et la spécificité de ce test étaient de 95,7 et de 96,8 % respectivement avec une valeur prédictive positive de 70 % et une valeur prédictive négative de 96,6 %. Initialement, 82 échantillons n’ont pas donné de résultat par amplifica- tion génique (12 %). Trente-huit d’entre eux ont été résolus à la suite d’un cycle de congélation–décongélation. Au final, 44 échantillons (6,4 %) sont sans résultat d’amplification génique. La comparaison des résultats des cultures montrent une bonne corrélation pour les milieux chromo- gènes CHROMagar™MRSA et MRSASelect (positivité à 24 heures de 5,5 et 5,6 % respectivement). Ces deux milieux permettent une meilleure détection à 24 heures par rapport au milieu chromogène ORSAB. Conclusion. – Les résultats obtenus dans cette étude par amplification génique temps réel pour la détection nasale des staphylocoques dorés résistants à la méthicilline sont prometteurs. Malgré 6,4 % d’échantillons dépourvus de résultats par amplification génique nous considérons que le kit IDI-MRSA™constitue une avancée significative pour la rapidité de la détection des patients colonisés. © 2006 Elsevier SAS. Tous droits réservés. http://france.elsevier.com/direct/PATBIO/ Pathologie Biologie 54 (2006) 285–292 * Auteur correspondant. Adresse e-mail : jcnguyen@hopital-saint-joseph.org (J.-C. Nguyen Van). 0369-8114/$ - see front matter © 2006 Elsevier SAS. Tous droits réservés. doi:10.1016/j.patbio.2006.01.001 Abstract In contrast to « classical » genic amplification, real-time genic amplification can be performed in every laboratory without the need of sophisticated isolation procedures. Moreover, real-time genic amplification allows an early detection of meticillin resistant Staphylococcus aureus colonization, 2 hours compared to 1 or 2 days for culture. Objective. – In order to assess the feasibility on Smartcycler® of the IDI-MRSA™real-time genic amplification assay in comparison with chromogenic media. Methods. – A prospective study has been initiated in July 2004: nasal swabs were taken from patients entering the ICU, vascular surgery, diabetology and geriatry wards. During a 4 months period, 682 specimens have been obtained from 508 patients. Results. – Sixty-four (9.3%) patients were positive by genic amplification and selective agar culture (CHROMagar™MRSA, MRSASelect and/or ORSAB), 19 (2.9%) were positive by genic amplification only (3 of these patients were under antibiotic treatment); 572 specimens remained negative by both methods. The sensitivity and specificity of this assay were 100% and 96% respectively with a positive predictive value of 70% and negative predictive value of 100%. Initially 82 nasal specimens were unresolved (12%). 38 were resolved following a freeze- thaw cycle. Thus, 44 (6.4%) were unresolved specimens. Comparison between CHROMagar™MRSA and MRSASelect showed a good correla- tion for the detection at 24 hours (5.5% and 5.6% respectively). These two chromogenic media allowed a much better detection of MRSA than ORSAB medium within 24H. Conclusion. – The results obtained by the early real-time genic amplification for the detection of meticillin resistant Staphylococcus aureus are promising. Despite 6.4% amplification failure, we consider that IDI-MRSA™real-time genic amplification assay represents a significant breakthrough in the detection of colonization. © 2006 Elsevier SAS. Tous droits réservés. Mots clés : PCR temps réel ; Staphylococcus aureus ; Résistance à la méthicilline ; Détection nasale Keywords: Real time PCR; Staphylococcus aureus; Methicillin resistance; Nasal detection 1. Introduction Le staphylocoque doré est classé parmi les pathogènes les plus fréquemment responsables d’infections nosocomiales [1, 2]. La place des antibiotiques pour traiter ces infections est exemplaire historiquement, car c’est précisément chez cette es- pèce bactérienne que les premiers cas de résistance aux anti- infectieux ont été rapportés [3,4]. Actuellement, les souches de Staphylococcus aureus résistantes à la méthicilline ou SARM représentent un problème de santé public majeur et sont responsables d’une endémoépidémie chronique hospitalière à l’échelle mondiale. Les SARM ont la capacité de diffuser de façon épidémique dans les hôpitaux et les établissements de soins mais il a été aussi montré qu’ils peuvent être de plus en plus fréquemment d’origine communautaire [5,6]. Le portage joue un rôle important dans la survenue des infections [7,8] et constitue en soi un facteur de risque élevé de bactériémie à SARM [9]. En France, plusieurs études ont permis d’objectiver des taux de portage variables dans différentes situations : ●6,3 % parmi les personnels hospitaliers [10] ; ●6,9 % à l’admission de patients en unité de soins intensifs [11] ; ●8,4 % chez des patients présentant une fracture du col du fémur [12] ; ●et jusqu’à 11,8 % chez des patients cirrhotiques à l’admis- sion en service d’hépatogastroentérologie [13]. Les taux de morbidité et de mortalité attribuables aux infec- tions à SARM sont controversés [14] mais il est actuellement admis que ces infections entraînent un allongement significatif des durées de séjour et des coûts hospitaliers [15]. Le dépistage des patients à l’admission et en cours d’hospitalisation permet d’identifier les sujets porteurs de SARM asymptomatiques. Cette stratégie de dépistage constitue une composante majeure de tout programme de contrôle [16] et la mise en application des mesures d’isolement géographique et technique permet d’éviter la transmission croisée. Ainsi, l’importance du dépis- tage systématique du portage du SARM à l’admission pour les patients âgés de plus de 75 ans a été récemment attestée par une étude française [17]. Sans ce dépistage, 84,1 % des porteurs des SARM n’auraient pas été détectés à l’admission et 76,2 % du- rant leur séjour. D’un point de vue efficacité, le rapport coût/ bénéfice d’une politique volontaire de prévention des SARM incluant le dépistage a été démontré à l’admission dans l’hôpital [18] et dans les unités de soins intensifs [19]. L’efficacité du dépistage des SARM a été également rapportée dans les servi- ces de moyens séjours [20]. Il apparaît qu’une stratégie efficace repose sur l’identification de la totalité du réservoir de SARM. Cela implique notamment qu’un dépistage systématique soit ef- fectué dans les établissement de moyens séjours qui sont à ce jour au centre des épidémies de colonisation par le SARM [21]. En France et aux États-Unis de nombreuses recommandations ont été publiées [22,23] afin de prévenir la transmission noso- comiale des SARM. Le prélèvement recommandé pour le dé- pistage des SARM est le prélèvement nasal [23] car les fosses nasales antérieures sont un des sites de portage préférentiel de cette bactérie et la fréquence du portage cutané dépend du por- tage nasal [24]. Ce dépistage au laboratoire est fondé sur la mise en évidence de la résistance à la méthicilline du staphylo- coque doré. La résistance à la méthicilline chez les staphyloco- ques est principalement due à la présence du gène mecA présent dans une cassette SCCmec [25], élément génétique mobile in- tégré dans le chromosome. Ce gène code pour une transpepti- dase appelée PLP2a, impliquée dans la synthèse du peptidogly- cane et qui a une faible affinité pour la bêtalactamine [26]. J.-C. Nguyen Van et al. / Pathologie Biologie 54 (2006) 285–292 286 Différentes techniques permettant de détecter rapidement in vitro la résistance à la méthicilline des staphylocoques ont été développées ces dernières années notamment : ●des techniques phénotypiques à l’aide de latex sensibilisé afin de détecter la PLP2a [27] ; ●des techniques génotypiques à la recherche du gène mecA par PCR classique [28,29] et par PCR temps réel [30–32]. La PCR temps réel à la différence de la PCR « classique » peut être réalisée dans tous les laboratoires sans recours à des locaux sophistiqués. Elle permet de plus une détection très ra- pide (deux heures) comparée à la culture sur milieux sélectifs chromogènes de dernière génération (un jour) ou sur milieux chromogènes classiques uploads/Sante/detection-de-la-colonisation-nasale-de-staphylococcus-aureus.pdf