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01 06 note methodo mutation

Construction d ? indicateurs épidémiologiques à partir du Système d ? information de dépistage SI-DEP Indicateurs sur les mutations EVOLUTION DE LA STRATEGIE DE CRIBLAGE Les tests RT-PCR de criblage utilisés et dont les résultats sont remontés dans SI-DEP permettaient de suspecter la présence du variant préoccupant VOC Alpha I Y V et de manière non distincte des VOC Bêta H Y V ou Gamma J Y V Cette stratégie de criblage ciblant les VOC Alpha Beta et Gamma n ? est plus adaptée à la diversité croissante des variants émergents du SARSCoV- Depuis le la stratégie de criblage a évolué pour rechercher certaines mutations d ? intérêt pouvant être retrouvées dans di ?érents variants Elle ne permet donc plus d ? assigner l ? infection à un variant spéci ?que mais permet de suivre l ? évolution dans le temps et sur le territoire de la proportion des infections dues à un virus porteur de ces mutations Pour la première phase de déploiement les mutations E K E Q et L R ont été sélectionnées car elles sont potentiellement liées à un échappement immunitaire et ou à une augmentation de transmissibilité et sont retrouvées dans la majorité des VOC à ce jour Du fait du rendu du résultat de ces PCR dans des délais plus courts que le séquençage des mesures spéci ?ques peuvent être mises en place dès la détection de cas porteurs de mutations d ? intérêt dans le but de freiner leur di ?usion renforcement du contact tracing campagne de dépistage ou de vaccination L ? émergence du variant B dit Omicron implique une évolution de la doctrine actuelle en ce qui concerne les mutations recherchées lors du criblage ce variant ne présentant aucune des mutations citées ci-dessus Entre le et le trois cibles étaient recherchées par la nouvelle stratégie de criblage la délétion et les mutations N Y et K N portées par le variant Omicron Depuis le la délétion et les substitutions K N S L-S P et Q R sont recherchées et les mutations E Q et N Y ne sont plus recherchées La présence de la délétion ou des substitutions K N S L-S P ou Q R reste toutefois à interpréter avec précaution la nouvelle stratégie de criblage en cours de déploiement plus spéci ?que permettra de suspecter le variant Omicron de manière plus précise REMONTEE DES RESULTATS DANS SI- DEP Les résultats de criblage sont saisis en suivant une nomenclature sous la forme d ? une succession de caractères alphabétiques représentant la ou les mutations recherchées et de chi ?res représentant le résultat Depuis le une nouvelle variable D ? a été créée a ?n de rapporter les résultats sur les mutations DEL ou N Y ou K N Des tests rétrospectifs ont été réalisées sur des prélèvements depuis le pour la recherche de ces trois mutations Puis depuis le la variable D ? rapporte les résultats sur les mutations DEL et ou K N et ou S L-S P