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Biopython dameron farrant avec figures

La bioinformatique avec Biopython Olivier Dameron Gregory Farrant To cite this version Olivier Dameron Gregory Farrant La bioinformatique avec Biopython GNU Linux Magazine France Diamond Editions pp HAL Id hal- https hal inria fr hal- Submitted on Dec HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of scienti ?c research documents whether they are published or not The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad or from public or private research centers L ? archive ouverte pluridisciplinaire HAL est destinée au dépôt et à la di ?usion de documents scienti ?ques de niveau recherche publiés ou non émanant des établissements d ? enseignement et de recherche français ou étrangers des laboratoires publics ou privés Distributed under a Creative Commons Attribution - NonCommercial - NoDerivatives International License CLa bioinformatique avec Biopython GNU Linux magazine Hors série p - Olivier Dameron et Gregory Farrant Olivier est ma? tre de conférences à l'université de Rennes membre de l'équipe Dyliss à l'IRISA et co-responsable du master Bioinformatique et génomique de Rennes Gregory est doctorant à la Station Biologique de Rosco ? au sein de l ? équipe Prokaryotes Phototrophes Marins UMR CNRS UPMC Tous les deux contribuent au blog http bioinfo-fr net Pour faire face aux dé ?s de la biologie la bioinformatique propose des modules qui permettent de rendre accessibles des fonctions basiques et avancées d ? analyse de données Les données traitées sont en général des séquences d'ADN qu ? il s ? agira d ? identi ?er d ? aligner et d'analyser gr? ce à la littérature scienti ?que Les formats les plus utilisés en bioanalyse comme les formats fasta et genbank demeurent par certains aspects di ?ciles à manipuler Nous vous proposons un didacticiel qui introduira les fonctions de Biopython un module Python dédié à la manipulation de données biologiques dans le cadre de l ? analyse complète d ? une séquence d ? ADN Un besoin un outil Biopython Biology has become an information science ? L'apparition et l'évolution des technologies de séquençage ont accompagné de nouveaux besoins de traitement et d'analyse de données qui sont massives complexes interdépendantes et distribuées Notre histoire commence comme beaucoup par un mystère ? une séquence ADN de quelques centaines de paires de bases qu ? il va falloir traduire identi ?er replacer dans son contexte et analyser en cherchant la littérature scienti ?que associée Le séquenceur a produit la séquence suivante mysterious sequence TCAGACCGTTCATACAGAATTGGCGATCGTTCGGCGTATCGCCGAAATCACCGCCGTAAGCCG TCATCATATTTAATCAGCGACTGATCCACGCAGTCCCAGACGAAGCCGCCCTGTAAACGGGGAT CCAGTATTTAGCGAAACCGCCAAGACTGTTACCCATCGCGTGGGCGTATTCGCAAAGGATCAG GTAGCGATAGCCAATTTTTGATGGACCATTTCGGCACAGCCGGTAAGGGCTGGTCTTCTTCCAC CAAATAATTTCGGTGGCCGTGGTGTCGGCTCCGCCGCCTTCATACTGCACCGGGCGGGAAGGA GCGATACAGCGCGTCGTGATTAGCGCCGTGGCCTGATTCATTCCCCAGCG Biopython est un ensemble d ? outils écrits en python pour la biologie computationnelle et la bioinformatique Il existe des initiatives similaires pour la plupart des langages classiques BioPerl BioJava BioRuby etc Les principales fonctionnalités portent sur les manipulations de séquences la récupération et la manipulation de données depuis des sources classiques comme ExPASy pour les données de génomique ou de protéomique ou PubMed pour les articles scienti ?ques La principale force de Biopython sont ses ? parsers ? des modules capables de lire