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Le sequencage automatique Le séquençage automatique L'établissement des séquences a beaucoup évolué ces dernières années avec la progression des séquenceurs automatiques Ces derniers réalisent deux opérations La lecture Ils sont équipés d'un système optiq

Le séquençage automatique L'établissement des séquences a beaucoup évolué ces dernières années avec la progression des séquenceurs automatiques Ces derniers réalisent deux opérations La lecture Ils sont équipés d'un système optique qui balaye le bas du gel d'électrophorèse le signal obtenu est interprété par un programme informatique qui reconstituera la séquence originale du fragment d'ADN analysé Un séquenceur automatique peut par opération unitaire ou lecture déterminer l'encha? nement de à nucléotides Les molécules d'ADN à séquencer étant beaucoup plus longues que les lectures il est nécessaire de réaliser des lectures redondantes qu'il faut ensuite raccorder les unes aux autres Un run correspond à une expérience d'électrophorèse et il permet de faire entre et lectures L'assemblage C'est à cette dernière étape qu'intervient traditionnellement la bioinformatique Pour reconstituer la séquence initiale les lectures doivent en e ?et être ordonnées les unes par rapport aux autres par la mise en évidence de recouvrements extrémités chevauchantes c'est à dire des régions terminales présentant un encha? nement de nucléotides identiques aux erreurs de séquençage près Une contig désigne deux ou plusieurs fragments chevauchants Le but du projet est d'aboutir par recouvrements successifs de l'ensemble des contigs à une contig unique correspondant à la séquence consensus Outre des erreurs ponctuelles la disparition d'une base ou sa substitution par une autre des erreurs dans l'ordre des sous- séquences restent possibles Le taux d'erreur peut approcher De plus certaines portions zones répétées de la molécule d'ADN sont plus délicates à séquencer et l'obtention d'une séquence qui couvre d'un génome est particulièrement coûteuse C'est pour ces raisons que l'on quali ?e de brouillon working draft certains génomes en voie d'achèvement de séquençage C