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5.5. Expertise amphibiens I Objectif : 1. Introduction Les chiffres de l’UICN s

5.5. Expertise amphibiens I Objectif : 1. Introduction Les chiffres de l’UICN sont édifiants : les amphibiens constituent le groupe vivant le plus menacé sur terre. En France, les amphibiens (grenouilles, crapauds, salamandres, tritons) sont des espèces menacées par la disparition et la fragmentation de leurs habitats depuis plusieurs siècles, ainsi que par la pollution, le changement climatique et l'expansion des pathologies liées à des espèces exotiques. Le drainage des zones humides et l'artificialisation des sols ont considérablement réduits les sites favorables à ces espèces. Selon l'IUCN et ses listes rouges construites avec le Muséum nationale d'histoire naturelle, la France compte 35 espèces d'amphibiens endémiques en métropole. Huit espèces d'amphibiens sont considérées comme menacées d'extinction (soit 23%) et 12 considérées comme "quasi-menacées". Toutes les espèces d'amphibiens indigènes présentes en France font l'objet d'une protection nationale. Les amphibiens sont des bio-indicateurs. En dépendant des milieux humides à un stade ou l’autre de leur vie, ils sont très sensibles à l’altération de la qualité de l’eau et sont donc particulièrement intéressant à étudier dans le cadre de diagnostics écologiques. Ils possèdent un cycle biologique original qui rend l'étude de ce groupe taxonomique très spécifique. Les protocoles employés fréquemment en France sont présentés ci-dessous. 2. Outils de détermination Atlas des amphibiens et reptiles de France. LESCURE J., DE MASSARY J.-C. Editions Biotope, 2013. 272p. Les reptiles de France, Luxembourg et Suisse. VACHER J.-P., GENIEZ M. Editions Biotope / Parthénope, 2010 544 p. Identifier les œufs et les larves des Amphibiens de France. MIAUD (C.) & MURATET (J.). INRA Editions, 2004. 200 p. Connaître les protocoles et techniques d'inventaire employés pour l'étude des amphibiens 3. Habitats et périodes favorables à l'étude des amphibiens Le choix de la période d’échantillonnage est crucial. Il est nécessaire de l’adapter aux périodes de reproduction de chaque espèce, souvent très restreintes et qui dépendent des conditions hydrologiques et climatiques. En effet, la météo influe grandement sur les déplacements terrestres des amphibiens, qui apprécient un taux élevé d’hygrométrie, et sortent peu lors de froids vifs, de périodes ventées ou de sécheresse. De façon générale, les soirées douces et humides sont favorables à l’activité de la plupart des espèces. Une prospection nocturne est souvent nécessaire, beaucoup d’espèces étant strictement nocturnes ou plus actives après le coucher du soleil. Une prospection préalable de jour à des fins de repérage est souvent souhaitable. 3. Stratégies de recherche des amphibiens Il existe plusieurs méthodes afin de rechercher les amphibiens, elles sont dépendantes des espèces recherchées, de la période du cycle biologique au moment des prospections, des milieux inventoriés, et des compétences des chargés de terrain. Trois stades différents sont observables sur le terrain, en fonction des périodes de prospection et des espèces :  Les pontes/oeufs  Les larves/tétards  Les adultes La recherche des œufs et des pontes dans les milieux aquatiques est une méthode souvent fructueuse pour révéler la présence de différentes espèces. Les caractéristiques de l’oviposition (site et technique de ponte) des différentes espèces doivent être mises à profit pour trouver leurs œufs. Les Tritons pondent ainsi leurs œufs dans les plantes aquatiques (ou autres supports). Les Grenouilles brunes pondent dans des profondeurs faibles que l’on trouve le plus souvent près des berges. Les Rainettes, Sonneurs et Pélodytes accrochent leur ponte à des supports. Les Crapauds déposent sous la forme de filaments leurs oeufs à de faibles profondeurs. Un avantage majeur de la recherche des pontes et des larves est qu'elles sont présentes en plus grand nombre que les individus adultes. En effet, les anoures notamment pondent de grandes quantités d'oeufs, et aux premiers stades, un grand nombre de tétards sont présents dans le milieu aquatique. De ce fait, il est très facile de les détecter et d'identifier la présence avérée de reproduction sur le site. L'identification des tétards n'est pas toujours aisée et nécessite l'utilisation d'une clé de détermination. Ci-dessous une ponte, des tétards et un adulte de Crapaud calamite. 3.1. Recherche visuelle passive La méthode la plus simple et la plus évidente est la recherche visuelle des individus. Cette recherche peut être réalisée en période diurne pour certaines espèces et repérer les pontes, ou encore nocturne afin d'observer les adultes et les larves qui sont souvent beaucoup plus actives. Cette recherche se fait alors à l'aide d'une lampe frontale aux abords des milieux humides favorables. 3.2. Recherche active Pour certaines espèces, il peut être nécessaire de réaliser une recherche active à l'aide d'épuisette appelée "Filet troubleau". Cette technique n'est utilisée qu'en cas d'impossibilité de détecter les espèces par observation à distance, ou pour les espèces difficilement identifiables (cas du complexe des grenouilles vertes par exemple). C'est une méthode perturbante pour le milieu et les individus capturés. De plus, les amphibiens indigènes étant tous protégés en France, elle nécessite une autorisation de capture d'un point de vue réglementaire. Cette méthode est notamment efficace pour les grands tritons qui apprécient le fond des mares (Triton marbré par exemple). 3.3. Ecoute des chants nuptiaux La troisième méthode est la moins invasive puisqu'elle évite d'éclairer les amphibiens ou de les manipuler. A la différence des urodèles (tritons et salamandres), les Anoures (grenouilles et crapauds) ont la particuralité d'émettre des vocalises particulièrement sonores lors de la période de reproduction. Les mâles entonnent des chants qui peuvent être puissants et s'entendre parfois à plusieurs kilomètres suivant le vent et la densité d'individus. Lorsque plusieurs mâles chantent simultanément, on parle de "chorus". Pour réaliser des écoutes nocturnes d'anoures, il suffit donc de repérer les habitats favorables au préalable, puis de réaliser des points d'écoute à proximité de chaque secteur identifié. On peut par exemple réaliser 20 minutes à environ 20 mètres du site de reproduction afin de déterminer les espèces et les effectifs. Cela implique de maîtriser les chants d'amphibiens, comme le ferait un ornithologue avec les chants d'oiseaux. Cette technique d'inventaire omet néanmoins l'inventaire des urodèles qui ne chantent pas. Voir vidéo : https://youtu.be/jQn6nE8rLQs 4. Règles sanitaires à respecter A l’échelle mondiale, les amphibiens subissent d’importants déclins de populations dûs à la Chytridiomycose, une maladie émergente provoquée par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis. Des déclins catastrophiques ont été observés en Australie, Amérique du Nord, Amérique centrale, Amérique du Sud et dans les Caraïbes. En Europe, des mortalités massives associées à Batrachochytrium dendrobatidis ont été observées en Espagne et en France, mais nos connaissances sur la prévalence de Batrachochytrium dendrobatidis en Europe ne sont encore que fragmentaires. Les causes exactes de l’émergence récente de la Chytridiomycose sont encore mal connues. Néanmoins, les scientifiques s’accordent aujourd’hui à penser que ce champignon aurait été récemment disséminé à travers le monde par l’intermédiaire de matériel ayant été au contact avec Batrachochytrium dendrobatidis, d’eau contenant des zoospores ou d’amphibiens infectés (notamment lors de l’introduction d’espèces exotiques). Les activités humaines, dans ou à proximité de sites aquatiques, participent donc fortement à la dissémination du champignon et représentent un risque majeur pour les populations d’amphibiens. Si un individu infecté peut être efficacement traité avec un fongicide, le champignon ne peut pas être contrôlé, à ce jour, dans le milieu naturel. Néanmoins, quelques procédures simples de désinfection permettent de décontaminer les équipements, ce qui réduit notablement le risque que le champignon soit passivement transféré lors des déplacements. L’objectif de ce document est de fournir aux personnes travaillant sur les amphibiens, ou plus largement en milieu aquatique, un ensemble de mesures de précaution à mettre en oeuvre lors de leurs campagnes de terrain. Bien que ciblées sur la Chytridiomycose, ces précautions permettront également de limiter la dissémination d’autres maladies ou d’espèces végétales ou animales envahissantes. Voir PDF : Protocole d'hygiène 5. Liste rouge et espèces protégées Liste rouge des reptiles et amphibiens de France métropolitaine https://inpn.mnhn.fr/docs/LR_FCE/UICN-LR-Reptile-Fascicule-m5-1.pdf Arrêté du 8 janvier 2021 fixant la liste des amphibiens et des reptiles représentés sur le territoire métropolitain protégés sur l'ensemble du territoire national et les modalités de leur protection https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000043113964 Questionnaire : uploads/Geographie/ 5-5-5-expertise-amphibiens-i.pdf