BIOCHIMIE TOUT LE COURS EN FICHES Licence • PACES-UE⁄ • CAPES Sous la direction

BIOCHIMIE TOUT LE COURS EN FICHES Licence • PACES-UE⁄ • CAPES Sous la direction de Norbert Latruffe Professeur à l’université de Bourgogne (Dijon) Françoise Bleicher-Bardeletti Professeur à l’université Claude Bernard Lyon 1 Bertrand Duclos Professeur à l’université Claude Bernard Lyon 1 Joseph Vamecq Docteur en médecine, agrégé de l’enseignement supérieur, chargé de recherche Inserm, chargé de cours à l’université de Mons © Dunod, 2014 5 rue Laromiguière, 75005 Paris www.dunod.com ISBN 978-2-10-059988-2 Illustration de couverture : Droséra © yodm24-Fotolia.com Drosera capensis est une plante carnivore. Elle illustre un maillon inverse de la chaîne alimentaire, mais où les fondamentaux de la biochimie sont conservés, telle que la sécrétion d’enzymes protéolytiques. © Dunod. Toute reproduction non autorisée est un délit. III Table des matières Comment utiliser cet ouvrage ? X Avant-propos  XII Remerciements  XIV Partie 1 – Biomolécules de base (Norbert Latruffe) Chapitre 1 Propriétés des constituants chimiques de la cellule  1 Fiche 1 Organisation unitaire du monde vivant  2 Fiche 2 Propriétés de la matière vivante  4 Fiche 3 Caractéristiques du fonctionnement cellulaire  6 Fiche 4 Liaisons chimiques covalentes et non covalentes  8 Fiche 5 Groupements fonctionnels chimiques des biomolécules  10 Fiche 6 Types de mécanismes chimiques utilisés dans les réactions biochimiques  12 Fiche 7 Isomérie moléculaire  14 Fiche 8 Des biomolécules aux macromolécules  16 Fiche 9 Biochimie inorganique  18 Focus Le vivant se caractérise aussi par des grandeurs physiques  20 QCM  21 Chapitre 2 Structure et propriétés des principaux glucides 23 Fiche 10 Propriétés des glucides  24 Fiche 11 Le glucose et les monoholosides  26 Fiche 12 Les diholosides  28 Fiche 13 Les polyholosides  30 Fiche 14 Les polyholosides complexes  32 Fiche 15 Techniques d’analyse  34 Focus Les édulcorants non glucidiques  36 QCM  37 Chapitre 3 Les lipides  39 Fiche 16 Propriétés des lipides  40 Fiche 17 Les acides gras  42 Fiche 18 Les triglycérides  44 Fiche 19 Les glycérophospholipides  46 Fiche 20 Les sphingolipides  48 Fiche 21 Le cholestérol  50 Fiche 22 Techniques d’étude des lipides  52 Focus Les lipides dans les conditions extrêmes  54 QCM  55 Chapitre 4 Structure et propriétés des acides aminés  57 Fiche 23 Propriétés générales des acides aminés  58 Fiche 24 Structure des acides aminés naturels  60 Fiche 25 Propriétés physiques et physico-chimiques des acides aminés  62 IV Fiche 26 Propriétés chimiques des acides aminés  64 Fiche 27 Propriétés ioniques des acides aminés  66 Fiche 28 Techniques de séparation des acides aminés  68 Fiche 29 Séquençage des acides aminés : méthodes chimiques  70 Fiche 30 Séquençage des acides aminés : méthodes enzymatiques et génétiques  72 Focus Rôle des acides aminés non protéiques  74 QCM  75 Chapitre 5 Les bases azotées et les nucléotides  77 Fiche 31 Structure des bases et des nucléotides  78 Fiche 32 Propriétés chimiques des bases azotées  80 Fiche 33 Bases nucléiques inhabituelles  82 Fiche 34 Techniques d’analyse et propriétés spectrales des nucléotides  84 Focus Le marquage isotopique  86 QCM  87 Partie 2 – Protéines et biocatalyse enzymatique (Norbert Latruffe) Chapitre 6 Polypeptides et protéines  89 Fiche 35 La structure primaire des protéines  90 Fiche 36 La structure secondaire des protéines  92 Fiche 37 La structure tertiaire des protéines  94 Fiche 38 La structure quaternaire des protéines  96 Fiche 39 Propriétés biologiques des protéines  98 Fiche 40 Méthodes de séparation des protéines : la chromatographie  100 Fiche 41 Méthodes de séparation des protéines : électrophorèse  102 Focus La protéomique  104 QCM  105 Chapitre 7 Enzymes et catalyse enzymatique  107 Fiche 42 Propriétés des enzymes  108 Fiche 43 Mesures des activités enzymatiques  110 Fiche 44 Le complexe enzyme-substrat  112 Fiche 45 La cinétique enzymatique  114 Fiche 46 Représentations graphiques de la cinétique enzymatique  116 Fiche 47 Effets de la température et du pH sur l’activité enzymatique  118 Fiche 48 L’inhibition enzymatique  120 Fiche 49 L’activation enzymatique  122 Fiche 50 Régulation allostérique : mise en évidence et mécanisme  124 Fiche 51 Régulation allostérique : théories et rôle dans l’homéostasie cellulaire 126 Fiche 52 La régulation par phosphorylation/déphosphorylation  128 Fiche 53 La régulation par activation protéolytique  130 Fiche 54 Co-enzymes, co-facteurs et vitamines  132 Fiche 55 Co-facteurs d’oxydoréduction  134 Fiche 56 Co-enzymes de transfert chimique ou d’activation  136 Fiche 57 Groupements prosthétiques  138 Fiche 58 Classification des enzymes et nouvelles enzymes  140 Focus Histoire des sciences : exemples puisés en enzymologie  142 QCM  143 © Dunod. Toute reproduction non autorisée est un délit. V Partie 3 – Structure et expression du génome Chapitre 8 Structure des acides nucléiques  145 (Françoise Bleicher et Bertrand Duclos) Fiche 59 La structure générale des acides nucléiques  146 Fiche 60 La structure spatiale de l’ADN  148 Fiche 61 Les propriétés physico-chimiques de l’ADN  150 Fiche 62 Les superstructures de l’ADN  152 Fiche 63 Structure de la chromatine eucaryote et du nucléoïde bactérien  154 Fiche 64 Structure de l’ADN mitochondrial et de l’ADN des chloroplastes  156 Fiche 65 Techniques de séquençage de l’ADN  158 Fiche 66 Structure du génome et génomique  160 Fiche 67 Les séquences répétées  162 Fiche 68 Gènes en copie unique et copies multiples  164 Fiche 69 Famille de gènes  166 Fiche 70 Structure et rôle des différents types d’ARN  168 Fiche 71 Les propriétés des ARN  170 Focus Analyse bio-informatique des séquences  172 QCM  173 Chapitre 9 La réplication de l’ADN (de l’ADN à l’ADN)  175 (Françoise Bleicher et Bertrand Duclos) Fiche 72 La réplication et le cycle cellulaire  176 Fiche 73 La réplication de l’ADN  178 Fiche 74 L’ADN polymérase III  180 Fiche 75 La biosynthèse de l’ADN chez les bactéries  182 Fiche 76 La PCR (Polymerase Chain Reaction) : amplification in vitro de l’ADN  184 Fiche 77 La réplication de l’ADN chez les eucaryotes  186 Fiche 78 Fidélité de la réplication, détection et correction des erreurs  188 Fiche 79 Réplication du génome ARN des rétrovirus  190 Focus Flux de l’information génétique chez les Archées  192 QCM  193 Chapitre 10 L’expression des gènes : la transcription (de l’ADN à l’ARN)  195 (Françoise Bleicher et Bertrand Duclos) Fiche 80 La transcription chez les bactéries  196 Fiche 81 La transcriptase des bactéries et les sites promoteurs  198 Fiche 82 Les étapes de la transcription chez les bactéries  200 Fiche 83 Modifications chimiques des ARNr et ARNt chez les bactéries  202 Fiche 84 La transcription chez les eucaryotes  204 Fiche 85 Structure des promoteurs eucaryotes de classe 2  206 Fiche 86 Les facteurs de transcription  208 Fiche 87 Mode d’action de l’ARN polymérase II  210 Fiche 88 La maturation post-transcriptionnelle des pré ARNm  212 Fiche 89 L’épissage  214 Fiche 90 L’exportation des ARN  216 Focus Transcriptomique et cancer  218 QCM  219 VI Chapitre 1 1 Biosynthèse des protéines : la traduction du code génétique  221 (Françoise Bleicher et Bertrand Duclos) Fiche 91 Élucidation et mise en œuvre du code génétique  222 Fiche 92 La traduction chez les bactéries  224 Fiche 93 Structure des ARN de transfert (ARNt). Reconnaissance du codon par l’anticodon ARNt  226 Fiche 94 Activation des acides aminés par les ARNt et les synthétases spécifiques  228 Fiche 95 Structure des ribosomes  230 Fiche 96 La traduction chez les eucaryotes  232 Fiche 97 La régulation traductionnelle  234 Fiche 98 Modifications post-traductionnelles  236 Focus La traduction, cible de nombreux antibiotiques  238 QCM  239 Chapitre 12 Le contrôle de l’expression des gènes chez les procaryotes  241 (Françoise Bleicher et Bertrand Duclos) Fiche 99 Structure des opérons  242 Fiche 100 Contrôle de la transcription d’opérons cataboliques ou anaboliques  244 Fiche 101 Régulation des gènes du bactériophage λ  246 Fiche 102 Les protéines de régulation du type « protéines de liaison à l’ADN »  248 Focus Régulation de la transcription des gènes chez les bactéries par les systèmes à deux composants  250 QCM  251 Chapitre 13 La régulation de l’expression des gènes chez les eucaryotes  253 (Françoise Bleicher et Bertrand Duclos) Fiche 103 La régulation transcriptionnelle (1)  254 Fiche 104 La régulation transcriptionnelle (2)  256 Fiche 105 Les méthodes d’étude des promoteurs  258 Fiche 106 L’épissage alternatif  260 Fiche 107 Les promoteurs et les sites de polyadénylation alternatifs  262 Fiche 108 L’édition des ARN  264 Fiche 109 Stabilité des ARN messagers  266 Fiche 110 L’analyse de l’expression des gènes  268 Fiche 111 La régulation post-transcriptionnelle par les ARNmi  270 Focus Nutriments et régulation uploads/Ingenierie_Lourd/ biochimie-2 1 .pdf

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