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REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUP

REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CONFERENCE REGIONALE DES ETABLISSEMENTS UNIVERSITAIRES DE LA REGION CENTRE OFFRE DE FORMATION DE TROISIEME CYCLE EN VUE DE L’OBTENTION DU DOCTORAT AU TITRE DE L’ANNEE UNIVERSITAIRE 2016/ 2017 (Selon l’arrêté n° 191 du 16 Juillet 2012 fixant l’organisation de la formation de troisième cycle en vue de l’obtention du diplôme de doctorat modifié et complété). Etablissement : Université Abderrahmane MIRA- Bejaia Le doctorat proposé DOMAINE1 FILIERE SPECIALITE SNV Sciences biologiques Microbiologie Appliquée التخصّص الفرع الميدان ي لوج ية م ي كروب ت ط ب ي ق ية عل وϡ بيولوجية علوϡ الطبيعة و الحياة 1 ST, SM, MI, SNV, STU, SEGC, SSH, DSP, LLE, LLA, ARTS, STAPS, TAMAZIGHT Responsable de la formation : Pr KECHA Mouloud 2 SOMMAIRE 1 Localisation 2 Responsable de la formation 3 Nombre de postes à ouvrir 4 Comité de la formation doctorale 5 Masters ouvrant droit à l’inscription au concours 6 Autres masters extérieurs de l’établissement 7 Epreuves écrites de concours 8 Les thèmes (sujets) constituants les travaux de recherche 9 Description de la formation (axes de recherche) 10 Opportunité, impact de la formation et situation post-doctorat 11 Programme de la formation 12 Personnes intervenants dans la formation 13 Equipe d’encadrement scientifique (Pr, MCA) 14 Partenaires : Accords et conventions nationaux et internationaux 15 Equipe d’encadrement scientifique (Pr, MCA) 16 Laboratoires et projets de recherche 17 Annexe 18 Avis et Visas des organes administratifs et scientifiques 19 Visa de la Conférence Régionale des Universités 4 5-Master(s) en cours dans l’établissement justifiant la demande d’habilitation ou de reconduction de la formation Intitulé Master Prévision du nombre de diplômés de l’année universitaire en cours Microbiologie alimentaire et santé 33 Biotechnologies Microbiennes 28 6-Autres Masters (au moins 3) extérieurs à l’établissement ouvrant droit à l’inscription au concours Intitulé master Microbiologie Appliquée Biotechnologies Microbiennes Microbiologie Alimentaire Important : Les masters issus de la même filière ouvrent droit à la présélection des candidats au concours. 7-Epreuves écrites de concours (2 épreuves maximum) 7-1. Les matières Matière 1 : Microbiologie Appliquée, Coefficient: 2 et durée : 1h30. Matière 2 : Développement de problématique de recherche, Coefficient : 1 et durée : 1h30. Les conditions pédagogiques d’accès au concours sont fixées par arrêté. 8-Les thèmes (sujets) constituants les travaux de recherche. (selon le nombre de postes demandés) - Etude du potentiel probiotique de souches de lactobacilles et de levures d’origine vaginale. - Etude de l’effet anti-biofilms et du potentiel probiotique de diverses souches bactériennes. - Isolement et identification de souches d’actinomycètes de milieux pollués. - Isolement et caractérisation de bactéries productrices de kératinases thermostables. - Purification et caractérisation de peroxydases d’origine bactérienne. 5 9-Description de la formation (axes de recherche) Les biotechnologies microbiennes ont connu de grands progrès dans différents domaines dont ceux de l’environnement, de la santé et de l’industrie. Tout développement passe en premier lieu par des recherches conduites en laboratoires, ce qui offre à l’Homme une source de savoirs et de savoir-faire novateurs adaptés à l’évolution des exigences indispensables à la préservation de sa santé et de son environnement. Vu la grande concurrence mondiale dans ce domaine, la formation doctorale en Algérie est obligée de suivre les évolutions qu’a connu cette discipline et doit se mettre au même rang des autres formations à l’échelle internationale afin de confirmer que notre pays est une source inépuisable de microorganismes d’intérêt non encore bien explorés et rivalisant avec ceux déjà exploités industriellement aussi bien dans le domaine médical qu’agroalimentaire ou autre. Le laboratoire de Microbiologie Appliquée (LMA) est voué à la recherche appliquée et fondamentale et à la formation dans les domaines de la Microbiologie Appliquée et des biotechnologies microbiennes. Son rôle premier est de catalyser l’innovation et de stimuler l’émergence de nouvelles initiatives de développement favorisant ainsi la compétitivité des laboratoires et centres de recherche. Il appuie le développement des petites et moyennes entreprises de transformation par la recherche appliquée, le développement de nouveaux produits et procédés, la valorisation des matières premières agricoles et de la pêche et des analyses chimiques, microbiologiques et sensorielles. Les activités du LMA s’article autour de cinq axes de recherche : AXE 1 : Microorganismes d’intérêt Industriel Cet axe s’intéresse aux microorganismes producteurs de métabolites et qui peuvent être exploités à l’échelle industrielle. Les microorganismes ciblés sont les microorganismes mycéliens (champignons Asco et basidiomycètes et actinobactéries, Streptomyces) Les métabolites ciblés sont d’une part : 1) Les enzymes du complexe lignocellulosique pour la valorisation de cette biomasse; dans ce thème sont développés les aspects suivants : - Screening des souches cellulolytiques : 6 - Production à partir de différents déchets lignocellulosques (paille, écorce, grignon, son etc…) - Production en milieu liquide agité et par fermentation sur substrats solides - Extraction purification par différentes méthodes chromatographiques - Caractérisation des enzymes : - Possibilité d’exploitation à l’échelle semi industriel (pilote) puis en industriel 2) Les halocines produites par des microorganismes hyperhalophiles : dans ce thème, on s’intéresse à la flore Archeae halophile et hyper halophile prélevées à partir des salines de sites de la région de Bejaia avec 2 aspects la biodiversité et la production d’halocines. AXE 2 : Métabolites bioactifs d`actinomycètes Actuellement, beaucoup de travaux s’intéressent à l’étude des microorganismes “extrêmophiles” provenant d’échantillons de sols prélevés dans des endroits très hostiles, comme les profondeurs des mers, les régions glacières, les sols des déserts, les sols salés et alcalins, etc. En effet, l’adaptation écologique et la survie des microorganismes aux conditions environnementales hostiles impliquent souvent des voies métaboliques non communes et particulières, ce qui favorise l’obtention de nouveaux métabolites secondaires dont les antifongiques. De plus, les recherches sont orientées davantage sur les genres, d’actinomycètes, dits “rares” et qui ont été souvent peu étudiés dans le passé. Cet axe se défini en :  l’étude taxonomique d’actinomycètes isolés localement  la mise en évidence des activités antibiotiques des isolats d’actinomycètes,  l’extraction de ces activités et leur purification ; AXE 3. Interactions microbiennes, biofilms et probiotiques Les écosystèmes microbiens sont très complexes, renfermant aussi bien une flore nuisible et parfois pathogène qu’une flore d’intérêt. Aussi bien sur surfaces biotiques (muqueuses humaines et animales, végétaux) que sur surfaces abiotiques (milieu industriel, milieu hospitalier…), ces écosystèmes s’établissent et les communautés microbiennes les formant s’interagissent. L’objectif final est le maintien d’une niche écologique favorable au développement microbien. L’Homme a su exploiter ces différentes interactions (symbiose et antagonisme) pour mettre au point divers produits alimentaires (classiques fermentés aussi 7 bien qu’innovateurs probiotiques). Depuis que l’Homme a appris à déchiffrer ces différentes interactions, la microbiologie appliquée a connu de nombreuses avancées dans la maitrise du développement microbien. Ce troisième axe de recherche développé au sein du LMA vise:  L’étude des interactions (symbiose, antagonisme…) microbiennes dans un écosystème naturel (alimentaire ou environnemental) ou artificiel.  l’étude des communautés microbiennes en biofilms, compréhension et exploitations des biofilms positifs et moyens de lutte contre les biofilms négatifs aussi bien dans le secteur industriel que médical (plaque dentaire, implants médicaux),  La production de métabolites microbiens d’intérêt (bactériocines, exopolysaccharides, biosurfactants),  La mise au point de produits laitiers probiotiques et synbiotiques en exploitant les souches et les matrices végétales locales. Axe 4 : Etude de la biodiversité des Pectobacterium et Dickya isolées sur cultures de pommes de terre L’étude des interactions plantes-microorganismes et la recherche de moyens de lutte contre les agents phytopathogènes, en particulier les agents anti- pourriture molle de la pomme de terre est d’un grand intérêt en Algérie. Cet axe traite de la biodiversité des bactéries des genres Pectobacterium et Dickya et étude de leur arsenal enzymatique (asparaginases et autres). Axe. 5 : Les enzymes microbiennes Cet axe de recherche s’intéresse aux enzymes produites par les microorganismes notamment les enzymes d’origine bactérienne en mettant l’accent sur les cellulases, les xylanases, les peroxydases qui hydrolysent La lignocellulose, dont la structure est essentiellement représentée par une interaction physico-chimique de la cellulose avec l’hémicellulose et la lignine, la dégradation de ce complexe nécessite l’intervention de ces enzymes. Les peroxydases sont des oxydoréductases qui catalysent l’oxydation d’un substrat (donneur de protons) en présence du peroxyde d’hydrogène (H2O2), elles utilisent ce dernier comme accepteur d'électrons pour catalyser diverses réactions d'oxydation. Les peroxydases de lignine catalysent la dépolymérisation oxydante, dépendante de H2O2, de composés de lignine non phénoliques (diarylpropane), et 8 de nombreux composés phénoliques. Les kératinases feront également l’objet de travaux ultérieurs. La démarche globale consiste à produire ces enzymes à partir de bactéries identifiées, ensuite la production de ces enzymes sera optimisée en utilisant des méthodes statistiques (Box Benken, plaquette Burman…), les enzymes seront purifiées selon des méthodes chromatographiques et non chromatographiques. Enfin, elles feront l’objet d’une caractérisation physicochimique, moléculaire et cinétique. 10-Opportunité, impact de la formation et situation post- doctorat Objectifs : Les objectifs de formation visés par le projet de thèse accompagné sont les suivants : - Rigueur de la démarche scientifique expérimentale; - Degré de technicité permettant d’obtenir des résultats exploitables ; - Qualité des résultats obtenus ; - Traitement pertinent des données brutes et présentation synthétique ; - Analyse critique des uploads/Science et Technologie/ canevas-dlmd-2016-2017-microbiologie-appliquee.pdf