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«Une étude comparative entre la galerie API20 E et la galerie classique selon le coût et l’efficacité dans l’identification biochimique des ‘Entérobactériacaes’. ELOCHCHI AHMED MED AMINE AMRANI HANCHI Mr. ZDAA HASSAN 2021 Recherche réalisée au laboratoire RIHABFES qui traite : RESUME Pour une identification précise des germes appartenant à la famille des Entérobactériacaes et qui sont responsables d’un nombre important des infections humaines, celle-ci est essentiellement biochimique et peut se faire par différentes méthodes. L'orientation vers la famille des Entérobactériacaes se base sur plusieurs caractères l’aspect morphologique des colonies bactériennes, la morphologie des bactéries après coloration, leurs caractéristiques de croissance et leur pigmentation, etc. Néanmoins, l’identification précise des espèces bactériennes font appel à des galeries d’identification biochimique manuelle ou pouvant être lues sur des automates. Ce thème traitera deux méthodes d’identification bactérienne :  La galerie classique.  La galerie api20E. Nous comparerons les résultats d'identification obtenus par la galerie classique par rapport à ceux obtenues par la galerie API20E selon l'efficacité et le coût de chaque galerie. Avant tout, nous tenons à remercier DIEU le tout puissant, pour nous avoir donné la force et la patience. Mes vifs remerciements s’adressent : directeurs de l’institut de formation paramédicale Masterschool MR. ABDESSAMAD NFISSI et DR. ABDEJLIL MARMOUCHE Tous NOS ENSEIGNANTS pour leurs dévouement leurs conscience professionnelle et d’avoir nous transmet le métier notre encadrant Mr HASSAN ZDAA pour tous ses aides et son soutient tout au long de la réalisation de notre recherche Mr AMIACH RACHID pour ses efforts, sa générosité et sa patience de nous accepter malgré les difficultés et les obstacles… l’ensemble du laboratoire de RIHABFES, pour leurs gentillesse, soutient et leurs conseils pour ses qui ont enrichi notre mémoire Mr EL BOUKILI YASSINE pour ses efforts, son esprit professionnel et sa capacité de nous trouver des stages DR. ABOUDI HASSAN d’être généreux, patient et nous le remercions pour ses efforts dans l’objectif d’améliorer ce domaine nos familles qui nous ont encouragé pendant toute notre formation et qui nous ont soutenu sans cesse, sur tous les plans jusqu’à la fin. Nous remercions toutes les personnes qui ont contribué de loin ou de près à notre recherche TABLES DE MATIERES Résumé ………………………………………………………………………….. 2 Dédicace……………………………………………………………………...…… 3 Tables de matières……………………………………………………………...... 5 Liste des tableaux…………………………………………………………...……. 6 Liste des graphes…………………………………………………………………. 7 Liste des abréviations…………………………………………………………...... 8 Introduction………………………………………………………………………. 10 Première partie : PHASE CONCEPTUELLE I. Problématique II. Recension des écrits III. Cadre de référence IV. Question de recherche V. But de recherche Deuxième partie : PHASE METHODOLOGIQUE I. Devis de recherche 1. Milieu de l’étude 1.1 Présentation du laboratoire 1.2 Présentation du service de bactériologie 1.2.1 Matériels 1.2.2 Milieux 1.2.3 Réactifs et factures 2. Statistiques 3. Échantillonnage 4. Méthodes de collectes de données 5. Méthodes d’analyses II. Taxonomie bactérienne 1. Définition de la taxonomie 2. Classification 3. Principes et méthodes de la taxonomie bactérienne 3.1 Supports de la classification phénotypique 3.2 Supports de la classification génotypique 4. Nomenclature des bactéries: III. La famille des Enterobactericeae 1. Définition et caractéristiques principales 2. Position taxonomique 3. Habitat 4. Pouvoir pathogène naturel 4.1 Bactéries pathogènes spécifiques (BPS) : 4.2 Bactéries pathogènes opportunistes (BPO) 5. Caractères bactériologiques 5.1 Morphologie 5.2 Caractères culturaux 5.3 Caractères antigéniques 5.3.1 Méthodes d’identification biochimique VI. Déroulement Troisième partie : PHASE EMPIRIQUE I. Présentations et interprétation des résultats 1. Selon l’efficacité 2. Selon le coût 3. Selon le temps de manipulation II. Discussion des résultats III. Conclusion IV. Références bibliographiques V. Annexes LISTE DES TABLEAUX  Tableau I : Les différents genres appartenant aux Enterobacteriaceae. (p27)  Tableau II : Les caractères d'identification des genres le plus fréquemment rencontrés. (p31)  Tableau III: lecture de la galerie classique. (p32)  Tableau IV: L’interprétation des tests ODC, LDC et ADH. (p37)  Tableau V : lecture de la galerie API20 E. (p39)  Tableau VI : les résultats d’identification. (p43)  Tableau VII : Taux d’identification en prenant le système API20 E comme référence. (p48) LISTE DES GRAPHES  Figure (01): Exemple d’une nomenclature (page26)  Figure (2) : Résultats de l'incubation du milieu de Kligler-Hajna. (p33)  Figure(3) : Comparaison de deux milieux ensemencés avec une bactérie Citrate de Simmons - et une + (Entérobactéries). (p34)  Figure(4) : les resultats possibles du milieu MMN. (p35)  Figure(5) : Résultats de test ONPG négatif et positif. (p36)  Figure(6) : l’interprétation des résultats possible au milieu CLARCK ET LUBS. (p36)  Figure (7) : résultats possibles des tests urée, indole et TDA. (p37)  La figure (08) : La galerie API20E après incubation 24h à 37°C. (p38)  Figure (9) : une image qui présente les tests négatifs et les tests positifs de la galerie API20E. (p40)  Figure (10) : La fiche du résultat de la galerie API20E.  Figure (11) : la courbe cumulative de l'identification biochimique par les deux techniques (API20 E est la référence. (p48)  Figure (12) : Diagramme comparant le prix de la galerie API20E et la galerie classique. (p49)  Figure (13) : Diagramme comparant le temps de manipulation entre les deux galeries (p50) LISTE DES ABREVIATIONS  ADN : Acide.  ADH : arginine dihydrolase.  AMY : amygdaline.  ARA : arabinose.  BHIB : milieu cœur- cerveau (Brain Heart Infusion).  GEL : gélatinase  GLU : glucose.  H2S : thiosulfate de sodium.  IND : indole.  INO : inositol.  LDC : lysine décarboxylase.  MAN : mannitol.  MEL: mélibiose.  NR: nitrate réductase.  ODC: ornithine décarboxylase.  ONPG: ortho-nitro-phéyl-galacto-pyranoside.  RHA : rhamnose.  RM : réaction rouge de méthyle.  SAC : saccharose.  SOR : sorbitol.  TDA : activité tryptophane désaminase.  URE : urée.  VP : réaction de Voges-Proskauer. INTRODUCTION Les Entérobactéries constituent une part importante des bactéries isolées lors du diagnostic bactériologique des infections humaines, on les rencontre dans des prélèvements très divers, mais particulièrement dans les urines et les prélèvements sanguins, qui constituent une part importante de l'activité du laboratoire de bactériologie. La famille des Entérobactericeaes compte actuellement plus de 100 espèces bactériennes. Seulement une vingtaine est responsable des infections humaines et qui doit être identifiées correctement pour un bon diagnostic (éviction des récidives) qui conditionne le choix d’antibiothérapie adéquate (prendre en compte la résistance naturelle) et la surveillance épidémiologique (salmonelle typhi). L'orientation vers la famille des Entérobactériacaes se base sur plusieurs caractères : l’aspect morphologique des colonies bactériennes, la morphologie des bactéries après coloration, leurs caractéristiques de croissance et leur pigmentation, etc. Néanmoins, l’identification précise des espèces bactériennes font appel à des galeries d’identification biochimique manuelle ou pouvant être lues sur des automates. Les galeries les plus fréquemment utilisées sont :  Les galeries classiques avec un nombre de caractères plus au moins limités.  La galerie API20E qui comporte 20 caractères biochimiques différents. Nous avons comparé les résultats d'identification obtenus par la galerie classique par rapport à ceux obtenues par la galerie API20E selon l'efficacité et le coût de chaque galerie.  Notre mémoire comprend trois parties :  Une partie théorique ou on a abordé :  La taxonomie bactérienne et les différents critères de classification des bactéries.  La famille des Entérobactériacaes qui est l'échantillon de notre étude.  Une partie pratique qui comprend la méthodologie de la recherche (étude comparative) ; moyens et méthodes ; présentation des résultats obtenus  On terminera par l'analyse générale et la conclusion.  Finalement : Nous estimons bien que notre recherche apportera bénéfice et la satisfaction à l'ensemble du personnel du laboratoire. PROBLEMATIQUE Au cours de notre stage au laboratoire d’analyse médical RIHAB FES, nous avons constaté que l’identification biochimique des Entérobactériacae est faite par deux galeries, la galerie classique et la galerie API 20 E. Les techniciens de laboratoire argumentent cette attitude comme suit : " on a un nombre limité des galeries API20E et la stratégie du laboratoire vise à réduire le coût (le prix de API20 E est plus chère) et on la garde uniquement en cas de difficulté d’identification par la galerie classique ". Cette situation conduit à perdre 24 heures supplémentaires (temps nécessaire à la réalisation et la lecture de la galerie API 20). La stratégie de laboratoire nous oblige à faire le choix entre les différentes marques de réactifs existantes sur le marché dans l’objectif de réduire les dépenses en gardant toujours l’efficacité et la même fiabilité des résultats obtenus. L’identification biochimique des Entérobactériacaes a pour but la détermination précise du germe causale de l’infection qui permet d’établir un diagnostic, surveillance épidémiologique et le bon choix d’antibiothérapie adéquate. Dans cette perspective, nous avons choisi d’étudier ce thème : « Etude comparative selon le coût et l’efficacité entre la galerie API20E et la galerie classique dans l’identification biochimique des Entérobactériacaes ». Dans l’objectif d’effectuer une étude coût/efficacité qui permet de faire le choix entre les deux galeries de façons objectives. RECENSION DES ECRITS  Etude : " nom féminin " ; apprentissage ; travail pour approfondir des savoirs.  Comparative : " Adjectif " qui sert à comparer ; qui met en comparaison ; se dit des uploads/Science et Technologie/ recherche-realisee-au-laboratoire-rihabfes-qui-traite.pdf