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N° d’ordre NNT : 2017LYSE1115 THESE de DOCTORAT DE L’UNIVERSITE DE LYON opérée

N° d’ordre NNT : 2017LYSE1115 THESE de DOCTORAT DE L’UNIVERSITE DE LYON opérée au sein de L’Université Claude Bernard Lyon 1 Ecole Doctorale N° 341 Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation Spécialité de doctorat : Science Discipline : Microbiologie Soutenue publiquement le 6 Juillet 2017, par : Jason TASSE APPORT DE L’ANTIBIOFILMOGRAMME ET DE LA MESURE DE LA CAPACITE DE FORMATION DU BIOFILM DANS LA PRISE EN CHARGE DES INFECTIONS OSTEO-ARTICULAIRES A STAPHYLOCOQUES Devant le jury composé de : Docteur Jocelyne CAILLON – MCU-PH – CHU de Nantes / Faculté de médecine - Rapporteur Professeur Sophie GANGLOFF – PU – Faculté de Pharmacie de Reims - Rapporteur Docteur Paul VERHOEVEN – MCU-PH – CHU St-Etienne / Université Jean Monnet - Docteur Thierry BERNARDI– PDG – BioFilm Control – Co-directeur de thèse Professeur Frédéric LAURENT – PU – CHU de Lyon – Directeur de thèse Examinateur 1 UNIVERSITE CLAUDE BERNARD - LYON 1 Président de l’Université Président du Conseil Académique Vice-président du Conseil d’Administration Vice-président du Conseil Formation et Vie Universitaire Vice-président de la Commission Recherche Directrice Générale des Services M. le Professeur Frédéric FLEURY M. le Professeur Hamda BEN HADID M. le Professeur Didier REVEL M. le Professeur Philippe CHEVALIER M. Fabrice VALLÉE Mme Dominique MARCHAND COMPOSANTES SANTE Faculté de Médecine Lyon Est – Claude Bernard Faculté de Médecine et de Maïeutique Lyon Sud – Charles Mérieux Faculté d’Odontologie Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques Institut des Sciences et Techniques de la Réadaptation Département de formation et Centre de Recherche en Biologie Humaine Directeur : M. le Professeur G.RODE Directeur : Mme la Professeure C. BURILLON Directeur : M. le Professeur D. BOURGEOIS Directeur : Mme la Professeure C. VINCIGUERRA Directeur : M. X. PERROT Directeur : Mme la Professeure A-M. SCHOTT COMPOSANTES ET DEPARTEMENTS DE SCIENCES ET TECHNOLOGIE Faculté des Sciences et Technologies Département Biologie Département Chimie Biochimie Département GEP Département Informatique Département Mathématiques Département Mécanique Département Physique UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives Observatoire des Sciences de l’Univers de Lyon Polytech Lyon Ecole Supérieure de Chimie Physique Electronique Institut Universitaire de Technologie de Lyon 1 Ecole Supérieure du Professorat et de l’Education Institut de Science Financière et d'Assurances Directeur : M. F. DE MARCHI Directeur : M. le Professeur F. THEVENARD Directeur : Mme C. FELIX Directeur : M. Hassan HAMMOURI Directeur : M. le Professeur S. AKKOUCHE Directeur : M. le Professeur G. TOMANOV Directeur : M. le Professeur H. BEN HADID Directeur : M. le Professeur J-C PLENET Directeur : M. Y.VANPOULLE Directeur : M. B. GUIDERDONI Directeur : M. le Professeur E.PERRIN Directeur : M. G. PIGNAULT Directeur : M. le Professeur C. VITON Directeur : M. le Professeur A. MOUGNIOTTE Directeur : M. N. LEBOISNE 2 « Seul on va plus vite, ensemble on va plus loin » Proverbe africain 3 REMERCIEMENTS Au Professeur Sophie Gangloff et au Docteur Jocelyne Caillon, rapporteur Je tenais à vous exprimer ici mes plus vifs remerciements pour avoir pris le temps de lire et juger mon travail. Votre expertise dans le domaine et vos avis valorisent grandement ce projet. Veuillez trouver ici l’expression de ma sincère reconnaissance. Au docteur Paul Verhoeven, examinateur Je vous remercie d’avoir accepté de faire partie de mon jury. Je suis très honoré de pouvoir bénéficier de votre expertise dans le domaine des staphylocoques. Au Professeur Frédéric Laurent, directeur de thèse Je ne pourrais pas assez te remercier pour tout ce que tu as fait pour moi. Tu m’as redonné goût à la recherche à un moment où je pensais ne pas continuer. Tu as su me pousser, me soutenir et m’accompagner dans cette aventure. Je ne regrette rien. J’ai été très honoré et très content de suivre avec toi l’évolution de l’équipe ces 5 dernières années. Puissent nos façons de travailler et nos caractères continuer à collaborer ensemble. À monsieur le PDG Thierry Bernardi, co-directeur de thèse Merci de m’avoir donné ma chance de pouvoir réaliser cette thèse avec vous. Travailler à vos côtés et au sein de votre entreprise a toujours été un plaisir. Je garderai de très bons souvenirs de mes visites à Clermont, de vos visites à Lyon et surtout, de tous les congrès que vous m’avez permis de faire : Rome, Copenhague, Chicago, Paris, Gand et j’en passe. Au professeur François Vandenesch Merci de m’avoir ouvert les portes de votre laboratoire. Même si nos échanges étaient rares, je garderai en souvenir que vous avez toujours su répondre positivement à mes demandes. Au professeur Sylvestre Tigaud Je vous remercie de m’avoir accueilli dans votre service et de m’avoir transmis une partie de votre savoir. Je remercie également l’ensemble des techniciennes du laboratoire qui ont toujours fait en sorte que nous puissions travailler ensemble, et qui n’ont jamais hésité à m’aider quand cela était possible. Je garderai un très bon souvenir de mon passage dans ce service. 4 À Christian Provot et Stéphanie Badel-Berchoux Un grand merci à vous deux pour m’avoir guidé et soutenu tout au long des 3 années. Votre aide a été précieuse. Je n’oublierai pas tous ces bons moments passés ensemble au congrès, et j’espère bien en partager d’autres à l’avenir avec vous ! À mes collègues Tellement de personnes m’ont aidé pendant ces 3 années, un GRAND MERCI à tous. Grâce à vous, j‘ai foi en l’humanité, vous êtes ma preuve que l’homme peut être bon envers son prochain !! Tout d’abord, un grand merci à mes deux collègues CIFRE : Elodie Olivares, je suis vraiment content d’avoir pu apprendre à te connaitre, malgré nos caractères bien différents !! Quel plaisir de t’avoir comme copilote pendant les congrès ! Une caresse à Ti Filou Tube ! À Claire Marques. C’était chouette de collaborer avec toi. Merci de m’avoir accueilli, guidé (j’irai même jusqu’à dire bichonné !) à Clermont-Ferrand. J’en garderai un très bon souvenir ! Un grand merci à mes collègues Croix-Roussiens, et pour commencer, aux « anciens » que j’ai connu en premier : à Sophie Trouillet-Assant que j’ai vu la première fois enceinte, puis maman, tour à tour « refaite » puis « au bout de sa vie », c’était cool de t’avoir au quotidien, j’ai adoré nos conversations, et ton ÉNERGIE !!!! À Florent Valour, the MASTER of the BJIs, merci pour tout ton aide sur l’aspect clinique de ma thèse, pour ton optimisme, pour ton humour, pour tout quoi ! À Céline Dupieux, quelle idée nous avons eue de nous lancer dans nos thèses ! Merci d’avoir partagé cette aventure à côté de moi, et courage pour la fin ! On va y arriver ! Merci à Patricia Martin Simoes, plus qu’une collègue, mon amie, avec le plus beau sourire que je connaisse. Ton Chouchou te remercie pour ta joie de vivre, tes conseils, tes avis, et tes rappels pour ne pas louper le repas de midi (mais il n’est que 11 h 10 Patricia ???). À Marine Butin, je suis vraiment content d’avoir pu croiser ta route et qu’on ait pu vivre cette aventure en même temps. Que de chemin depuis notre premier gel d’électrophorèse ensemble ! Je te souhaite beaucoup de bonheur pour l’avenir. Un grand merci à Anaïs Sapin, avec qui j’ai débuté mon aventure dans le laboratoire. Quelle tristesse que tu sois partie. J’aurais tellement aimé t’avoir à mes côtés ! Je ne t’oublie pas, il faut qu’on se recroise !! À Jérémy Ranfaing, toi aussi tu es parti trop vite ! J’espère te recroiser bientôt autour d’un jeu ou à ta thèse (cifre power !). À Sacha Flammier, à qui je pense tous les midis !! Dommage que tu n’aies pas eu ta thèse chez nous… À Jean-Philippe Rasigade, merci pour ton aide et ton point de vue toujours pertinent ! À Yann Dumont, toujours prêt à m’aider même quand il n’avait pas le temps !! Merci mon 5 petit ! On reste en contact de toute façon ! À William Mouton, merci d’être arrivé à un moment où je me sentais seul lol ! C’est un plaisir de travailler avec toi (fais péter la zik) et d’avoir partagé tellement de café !! À Yousef Maali, courage mec pour ta thèse, tu es sur la bonne voie ! Merci pour ton smile au quotidien, et merci pour tes connaissances sur les staphylocoques à coagulase négative qui comme nous le savons font partie du genre Staphylococcus et qui sont responsables de nombreuses … À Virginie Tafani, la force tranquille, franchement tu gères trop, c’est rassurant de t’avoir comme collègue ! À Alexandre Jammot, pour ta bonne humeur et nos conversations où l’on refaisait le monde. À mon seigneur Régis Villet, je souris rien qu’en écrivant ton nom ! Merci pour tout, pour ton aide plus que précieuse lors de ma dernière année, pour ta façon de travailler, ton point de vue, ton optimisme… et ton humour !! C’était tellement agréable d’apprendre à tes côtés ! PS : Eugène va bien ! À André Carra, je remercie Régis de t’avoir trouvé et pris en stage ! Quel plaisir uploads/Science et Technologie/ tasse-these-pdf.pdf