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Manuel WHONET SYSTÈME MONDIAL DE SURVEILLANCE DE LA RÉSISTANCE AUX ANTIMICROBIE

Manuel WHONET SYSTÈME MONDIAL DE SURVEILLANCE DE LA RÉSISTANCE AUX ANTIMICROBIENS John Stelling Brigham and Women’s Hospital WHO Collaborating Centre for Surveillance of Antimicrobial Resistance Boston, Massachusetts Novembre 2016 Abréviations CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute CMI Concentration minimale inhibitrice EUCAST European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing GLASS Système mondial de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (Global Antimicrobial Resistance Surveillance System) ID Identifiant OMS Organisation mondiale de la Santé Table des matières 1. Introduction...............................................................................................................................1 2. Installer WHONET......................................................................................................................3 3. Configurer un laboratoire..........................................................................................................4 3.1 Créer une nouvelle configuration de laboratoire........................................................................4 3.2 Copier une configuration de laboratoire existante.....................................................................7 3.3 Modifier une configuration de laboratoire.................................................................................8 4. Saisir des données dans WHONET pour le système GLASS.......................................................9 4.1 Généralités.................................................................................................................................9 4.2 Remarques concernant les champs de la configuration GLASS minimale..................................11 4.3 Afficher la base de données......................................................................................................14 5. Collecter des données au niveau national ..............................................................................15 6. Exporter des fichiers WHONET vers le format d’échange de GLASS.......................................16 6.1 Regrouper des fichiers WHONET..............................................................................................16 6.2 Agréger des fichiers WHONET...................................................................................................17 6.3 Règle de WHONET concernant la suppression des isolats en double dans le format d’échange de GLASS...................................................................................................................................20 7. Vérification des données et rapport de vérification du système GLASS.................................21 8. Télécharger le fichier de données au format GLASS sur la plateforme informatique du système GLASS.........................................................................................................................23 Annexe 1 – Modifier une configuration de laboratoire.....................................................................24 1. Informations générales sur le laboratoire.................................................................................24 2. Antibiotiques............................................................................................................................25 3. Seuils des Antibiotiques............................................................................................................26 4. Lieux..........................................................................................................................................29 5. Modifier la configuration d’un champ de données...................................................................29 Annexe 2 – Présentation de BacLink..................................................................................................31 1. Introduction Le présent manuel a été essentiellement rédigé à l’intention des personnes qui gèrent les données du système GLASS au niveau national. Il peut également être utilisé par les gestionnaires de données des laboratoires qui desservent les sites de surveillance participant au système GLASS. Il décrit comment utiliser WHONET afin de traiter des données pour le système. WHONET prend en charge la sortie de données vers le format d’échange de GLASS en vue de leur téléchargement sur la plateforme informatique du système. Il ne s’agit pas de la version intégrale du manuel WHONET, qui décrit l’ensemble de ses fonctionnalités et caractéristiques. La version intégrale (y compris les tutoriels BacLink) peut être téléchargée sur la page d’accueil de WHONET à l’adresse : www.whonet.org. WHONET facilite la participation au système GLASS car :  c’est un logiciel libre de droits, que l’on peut télécharger sur la page d’accueil de WHONET à l’adresse : www.whonet.org ;  il prend en charge la sortie de données vers le format d’échange de GLASS. WHONET comprend des rapports de vérification de données :  il fournit des informations directes sur certains aspects de microbiologie concernant les isolats (par exemple : une alerte concernant le staphylocoque doré résistant à la méticilline, ou le pneumocoque insensible à la pénicilline, afin de permettre des interventions sur place) ;  il vérifie la validité et le degré d’exhaustivité des données agrégées du système GLASS, et génère des rapports de vérification indiquant s’il est nécessaire de corriger des données ou de les compléter avant de les télécharger sur la plateforme informatique du système. La section 2 « Installer WHONET » s’adresse aux utilisateurs nationaux et locaux du logiciel WHONET. Les sections 3 « Configurer un laboratoire » et 4 « Saisir des données dans WHONET pour le système GLASS » s’adressent aux utilisateurs qui saisiront des données dans WHONET. La saisie des données peut être réalisée au niveau national par le personnel technique de l’organisme qui coordonne le réseau auquel les établissements participants transmettent les données via des formulaires papier. Si la saisie des données dans WHONET se fait au niveau des établissements participants, les fichiers de données électroniques WHONET sont transmis au niveau national ; au niveau national, les fichiers de données WHONET des différents établissements sont regroupés et agrégés au format d’échange de GLASS. Note : Si les établissements participants disposent déjà de systèmes d'information de laboratoire ou d’outils permettant de tester la sensibilité, ainsi que des données de surveillance souhaitées, il est généralement possible d’éviter la saisie manuelle des données en utilisant BacLink – le module d’importation de données de WHONET – afin de saisir et de normaliser les données issues des ressources d’information existantes. Une annexe du manuel donne d’autres informations sur BacLink, que l’on trouve également dans le tutoriel BacLink 1 – Getting started à l’adresse http ://www.whonet.org/documentation.html . 1 Les sections 5 à 8 s’adressent aux coordinateurs des systèmes nationaux de surveillance chargés de réunir, d’analyser, de valider et de transmettre les données de surveillance vers la plateforme informatique du système GLASS. Pour toute observation et question concernant l’utilisation de WHONET, veuillez écrire à l’adresse : help@whonet.org. 2 2. Installer WHONET Le logiciel est disponible sur la page d’accueil de WHONET à l’adresse : www.whonet.org. Cliquez sur « Software » pour télécharger WHONET 2016 (version pour ordinateur de bureau). WHONET nécessite un ordinateur qui exécute une version XP ou une version ultérieure de Microsoft Windows, et requiert l’installation de la version 4.0 de Windows .NET. Après avoir téléchargé le logiciel, double-cliquez sur le fichier téléchargé et suivez les instructions qui apparaissent à l’écran (« Run », « OK », etc.). Si vous recevez un message indiquant que les droits d’administrateur sont insuffisants pour installer le logiciel, (« insufficient administrative rights »), vous devrez contacter l’administrateur du système de votre établissement pour qu’il vous installe le logiciel, ou vous accorde provisoirement les droits d’administrateur locaux nécessaires. Par défaut, l’emplacement d’installation de WHONET est C:\WHONET\. Il est possible de le modifier si on le souhaite. Par exemple, si vous souhaitez utiliser WHONET sur un lecteur réseau pour permettre un usage partagé par plusieurs membres du personnel, vous pouvez installer le logiciel sur un lecteur commun tel que T:\WHONET\. Si vous disposez déjà d’une version plus ancienne de WHONET (antérieure à « WHONET 2016 ») sur votre PC, vous pouvez installer parallèlement les applications WHONET à jour dans différents dossiers et copier vos fichiers de données et de configuration dans les nouveaux dossiers. En procédant ainsi, vous conserverez votre capacité à utiliser la version plus ancienne du logiciel. Sinon, vous pouvez utiliser la fonction d’exploration pour localiser les fichiers de configuration sans les copier. Une fois le programme installé, les icônes WHONET et BacLink apparaîtront sur le bureau de votre ordinateur. Note : Si un antivirus ou un logiciel de protection du système est installé, tel que Microsoft SmartScreen, Norton Antivirus, Symantec Antivirus, etc., il est possible qu’un message d’avertissement semblable à celui-ci s’affiche : Ce message apparaît parce que le logiciel est nouveau et qu’il n’est pas installé sur de nombreux systèmes : l’antivirus indique qu’il faut être particulièrement prudent. Il ne signale pas un problème lié au pack d’installation. Pour continuer, vous devez suivre les instructions de votre système vous invitant à poursuivre l’installation. Il peut être nécessaire d’ouvrir le dossier des téléchargements de votre ordinateur afin de localiser le pack d’installation. En outre, vous souhaiterez peut-être scanner le fichier au moyen de votre antivirus avant d’installer l’application. Il faudrait également vérifier que le programme d’installation provient du « Brigham and Women’s Hospital », l’éditeur vérifié. Cela permet de s’assurer que le pack d’installation est authentique et qu’il n’a pas été modifié depuis sa création. 3 3. Configurer un laboratoire 3.1 Créer une nouvelle configuration de laboratoire Les gestionnaires de données nationaux qui reçoivent des formulaires papier provenant des sites de surveillance participants doivent saisir des données au niveau national. La première étape consiste à créer un laboratoire compatible avec le format de données du système GLASS. Vous souhaiterez peut-être créer un laboratoire pour chaque site de surveillance participant (voir la section 3.2 « Copier une configuration de laboratoire existante »), ou un laboratoire « national » unique, qui peut être utilisé pour analyser et gérer les données provenant de n’importe quel établissement participant du pays. Si les sites de surveillance participants transmettent des fichiers de données électroniques WHONET au niveau national, le gestionnaire de données devra peut-être commencer par créer un laboratoire GLASS pour regrouper les données dans un fichier WHONET (données de niveau de ligne), puis les agréger ultérieurement au format d’échange de GLASS (voir la section 6 « Exporter des fichiers WHONET vers le format d’échange de GLASS »). Pour configurer un laboratoire GLASS :  Démarrez WHONET, la fenêtre ci-dessous apparaît, cliquez sur« Cancel » 4 La fenêtre principale WHONET apparaît alors.  Cliquez sur « File », sélectionnez « GLASS » et cliquez sur « New laboratory », la fenêtre suivante apparaît :  Indiquez votre pays, le nom et le code du laboratoire, puis cliquez sur « OK ». La fenêtre ci-dessous apparaît :  Sélectionnez votre type de configuration. Quelle que soit la méthode employée pour saisir les données, elles seront utilisables pour l’exportation vers GLASS. En effet, quelle que soit la méthode utilisée pour créer des fichiers WHONET, ces derniers peuvent être exportés vers les formats de GLASS. La configuration minimale du système GLASS (configuration GLASS minimale) tient compte des normes du système qui figurent dans le Manuel de mise en œuvre initiale du système GLASS de l’Organisation uploads/Science et Technologie/ whonet-for-glass-french.pdf