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1 Usages vétérinaires des antibiotiques, résistance bactérienne et conséquences

1 Usages vétérinaires des antibiotiques, résistance bactérienne et conséquences pour la santé humaine Janvier 2006 2 Coordination Mme Corinne Danan (Afssa – DERNS) Secrétariat administratif (Afssa – DERNS) Mme Aurore Petit 3 Composition du Groupe de travail - Président M. Didier GUILLEMOT (Institut Pasteur - Paris) - Membres du comité d'experts spécialisé Microbiologie : Mme Anne BRISABOIS M. Hubert BRUGERE M. Roland LECLERCQ M. Francis MEGRAUD - Membres du comité d'experts spécialisé Alimentation animale : M. Jean François GUILLOT - Membres du comité d'experts spécialisé Santé animale : Mme Arlette LAVAL M. Yves MILLEMANN M. Pascal SANDERS - Autres experts : Mme Anne BOUCHARDON (Afssa - Ploufragan) Mme Elisabeth CHASLUS-DANCLA (INRA – Nouzilly) Mme Claire CHAUVIN (Afssa - Ploufragan) M. Pierre COLIN (Afssa – Brest) M. Henri DABERNAT (Centre Hospitalier Universitaire Purpan - Toulouse) Mme Isabelle KEMPF (Afssa - Ploufragan) Mme Danièle MEUNIER (Afssa - Lyon) M. Gérard MOULIN (Agence Nationale du Médicament Vétérinaire) Mme Isabelle PELLANNE (Afssaps) M. Benoît SCHLEMMER (Hôpital Saint-Louis – Paris ; Président du Comité national de suivi du Plan pour préserver l'efficacité des antibiotiques) M. Pierre-Louis TOUTAIN (Ecole Nationale Vétérinaire - Toulouse) - Agence française de sécurité sanitaire des aliments Mme Hélène Aubry-Damon (Derns-UERB) Mme Corinne Danan (Derns-UERB) Mme Muriel Eliaszewicz (Derns) Répartition des contributions - Section I. Usage des antibiotiques chez l’animal C. Chauvin (coordinateur), P. Colin (coordinateur), J.F. Guillot, A. Laval, Y. Millemann, G. Moulin, I. Pellanne - Section II. Impact de l’usage des antibiotiques sur la résistance chez l’animal (incluant la surveillance de la résistance bactérienne chez l’animal A. Brisabois, I. Kempf, D. Meunier, Y. Millemann, P. Sanders (coordinateur), P.L. Toutain - Section III. Diffusion de la résistance à l'Homme et conséquences pour la santé publique A. Bouchardon, A. Brisabois, E. Chaslus-Dancla (coordinateur), P. Colin, H. Dabernat, D. Guillemot (coordinateur), R. Leclercq, F. Mégraud, B. Schlemmer, P.L. Toutain 4 Relecteurs : Experts des Comités spécialisés placés auprès de l’Afssa - « Microbiologie » : Mmes Marie-Laure De Buyser et Christine Vernozy-Rozand, M. Hubert Brugère, - « Alimentation animale » : MM. Michel Etienne, Hervé Pouliquen et Philippe Schmidely, - « Santé animale » : MM. Bertrand Faroult, Alain Milon et Jacques Poirier. Comité extérieur de lecture NOM Affiliation Jacques Acar Hôpital Saint-Joseph, Paris Jean-Pierre Alno Syndicat National des Groupements Techniques Vétérinaires Véronique Vaillant Institut de Veille sanitaire Geneviève Benard Ecole nationale vétérinaire, Toulouse Claude Danglot Centre de recherche et de contrôle des eaux de Paris Patrick Dehaumont Agence nationale du médicament vétérinaire Dominique De Furst, Jean-Michel Azanowsky Direction générale de la santé Vincent Jarlier Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris François L’hériteau Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales, Paris Nord Yves Levi Faculté de Pharmacie, Chatenay-Malabry Philippe Maugendre Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé Antoine Monteil Société anonyme de gestion des eaux de Paris Jean-Pierre Orand Direction générale de l’alimentation Frédérique Touffet Agence française de sécurité sanitaire environnementale Organismes extérieurs consultés: Assemblée permanente des chambres d'agriculture, Association des fabricants d’aliments du bétail, Association française des directeurs et cadres de laboratoires vétérinaires publics d'analyses, Association française des vétérinaires pour animaux de compagnie, Association des vétérinaires salariés de l'ouest, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement, Centre national de référence des antibiotiques, Centre national de référence des Salmonella, Chambre Régionale d’Agriculture de Normandie, Conseil de l'ordre des pharmaciens, Conseil Supérieur de l'Ordre des Vétérinaires Français, Fédération nationale des syndicats exploitants agricoles, Groupe de défense sanitaire d'Indre-et-Loire, Groupe français de l’association mondiale des vétérinaires de l’aviculture, Service de microbiologie de l’hôpital européen Georges-Pompidou, Institut technique de l'aviculture, Institut de l'élevage, Institut technique du porc, Les entreprises du médicament, Office national interprofessionnel des viandes de l'élevage et de l'agriculture, Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques, Service des maladies infectieuses du centre hospitalier régional universitaire de Tours, Service des maladies infectieuses et tropicales du centre hospitalier universitaire de Dijon, Société française de buiatrie, Société française de microbiologie, Syndicat de l'industrie du médicament vétérinaire et réactif, Syndicat national des groupements techniques vétérinaires, Syndicat national des producteurs d'additifs et d'ingrédients de la chaîne alimentaire, Syndicat national des vétérinaires d’exercice libéral, Union fédérale des consommateurs - Que Choisir, Union des groupements de producteurs de viande bovine. Suite à la consultation nationale organisée en novembre 2005 sur le projet de rapport du groupe de travail, les principaux commentaires ayant appelé une réponse du groupe de travail, sans modification du rapport, sont rassemblés en annexe 17. 5 Sommaire général Introduction générale 7 Section 1 : Usage des antibiotiques 9 I. Contexte réglementaire et conditions d’utilisation des antibiotiques chez l’animal 10 II. Les antibiotiques concernés 19 III. Les méthodes et outils de suivi des utilisations des antibiotiques 21 IV Les quantités d’antibiotiques utilisées 28 V. Analyse des points critiques 37 VI. Résumé et recommandations 39 VII. Bibliographie 44 Section 2 : Impact de l’usage des antibiotiques sur la résistance bactérienne chez l’animal 46 I. Définitions de la résistance bactérienne aux antibiotiques 47 II. Suivi de la résistance aux antibiotiques en filière de production animale 66 III. Analyse de l’impact de l’usage des antibiotiques sur la résistance bactérienne chez l’animal 82 IV. Résumé et recommandations 106 V. Bibliographie 115 Section 3 : Diffusion de la résistance à l’homme et conséquences pour la santé publique 125 I. Y a t-il des conséquences de la résistance bactérienne aux antibiotiques en termes de Santé Publique ? 126 II. A-t-on la preuve que des gènes de résistance ont été acquis par les bactéries humaines à partir de bactéries animales ? 128 III. Dispose t-on d’études épidémiologiques démonstratives de la transmission de bactéries résistantes de l’animal à l’homme ? 148 IV. Faut-il définir, pour l’homme ou pour l’animal, des antibiotiques « critiques » ? 156 V. Résumé et recommandations 157 VI. Bibliographie 160 Conclusion générale 175 Recommandations générales 179 Annexes 186 Abréviations 227 Remerciements 228 Glossaire 229 Liste des annexes 231 Liste des tableaux 232 Liste des figures 6 7 Introduction générale Contexte national L'Afssa a été saisie en février 2003 par l’association « UFC-Que choisir » sur les risques pour le consommateur, liés à l'apparition de bactéries résistantes aux antibiotiques, générées par les usages d'antibiotiques en médecine vétérinaire et en alimentation animale. Cette saisine entre dans le champ des travaux de surveillance de la résistance aux antibiotiques des bactéries d’origine animale, conduits à l’Afssa depuis plus de 5 ans avec le soutien de la Direction générale de l’alimentation. En juillet 2003, l'Afssa a mis en place un groupe de travail (groupe « Antibiorésistance ») pour conduire cette expertise, qui s'articulera notamment avec la réflexion menée, par le Ministère chargé de la santé, dans le cadre du plan "Antibiotique" (2001-2005). L’organisation du groupe de travail de l’Afssa a permis de rassembler les compétences d’experts de plusieurs disciplines, principalement dans les domaines de la santé animale, du médicament vétérinaire, de la microbiologie, de l’épidémiologie et de l’alimentation animale, afin de prendre en compte différents aspects liés à cette problématique de santé publique et de santé animale. Contexte international La résistance aux antibiotiques est affichée au niveau européen comme un problème majeur en termes de santé humaine et animale. Les premières recommandations européennes dans ce domaine ont été émises à l’issue d’une conférence européenne, organisée en 1998 à Copenhague, qui avait réuni des représentants de la recherche, des ministères chargés de la santé, de l’agriculture, du corps médical et vétérinaire, des industriels du secteur pharmaceutique, et de l’Union européenne. Plus récemment, une commission tripartite, rassemblant des représentants de l’Organisation des nations unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), l’organisation mondiale pour la santé (OMS) et l’office international des épizooties (OIE), a été constituée afin de faire le point, à partir des connaissances actuelles de l'utilisation des antibiotiques hors domaine humain, et sur les conséquences de l'utilisation des antibiotiques dans l'agriculture et l'élevage. Cette consultation a conduit, lors d’une conférence organisée à Oslo, en mars 2004, à élaborer des stratégies pour lutter contre le développement des résistances bactériennes d'origine non humaines destinées à être discutées dans le cadre du Codex Alimentarius. Méthode et objectifs de travail du groupe de l’Afssa Le groupe de travail de l’Afssa a procédé à un état des lieux concernant les risques de l'utilisation des antibiotiques en élevage sur la santé humaine. Le groupe a été constitué en juillet 2003 ; sa première réunion s’est tenue à l’automne 2003. L’expertise a été scindée en 3 parties : 1- Usage des antibiotiques chez l’animal, 2- Impact de l’usage des antibiotiques sur la résistance chez l’animal (incluant la surveillance de la résistance bactérienne chez l’animal), 3- Diffusion de la résistance à l'Homme et conséquences pour la santé publique. 8 Compte tenu de l’ampleur et de la diversité des questions scientifiques pouvant être soulevées par le problème de la résistance bactérienne aux antibiotiques, ainsi que des enjeux possibles de sécurité alimentaire, il a été choisi: - de focaliser principalement l’expertise sur les animaux de rente aux dépens des animaux de compagnie. Les études portant sur la transmission de l’antibiorésistance des animaux de compagnie à l’homme sont actuellement peu nombreuses et les uploads/Sante/ usages-veterinaires-des-antibiotiques-resistance-bacterienne-et-consequences-pour-la-sante-humaine.pdf