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Adn markov ANALYSE STATISTIQUE DE L'ADN MODELISATION PROBABILISTE PAR LES CHAINES DE MARKOV PUIS SIMULATION ET DETECTION DE BIAIS Une nouvelle utilisation du logiciel ANAGENE INRP Guy RUMELHARD Résumé L ? analyse des séquences d ? ADN comprenant plusieurs

ANALYSE STATISTIQUE DE L'ADN MODELISATION PROBABILISTE PAR LES CHAINES DE MARKOV PUIS SIMULATION ET DETECTION DE BIAIS Une nouvelle utilisation du logiciel ANAGENE INRP Guy RUMELHARD Résumé L ? analyse des séquences d ? ADN comprenant plusieurs milliers ou plusieurs centaines de millions de nucléotides librement accessibles dans les banques de données ne relève pas comme on a pu le croire de la simple lecture ? Les mathématiques jouent un rôle fondamental pour repérer les plages ? homogènes ou les mots ? ayant un rôle que le biologiste doit ensuite con ?rmer au laboratoire Nous proposons ici une approche de la modélisation à l ? aide des cha? nes de Markov accessible aux élèves de lycées L'analyse fonctionnelle indirecte de l'ADN a longtemps commencé par la recherche des protéines synthétisées enzymes hormones constituants des membranes hémoglobines globulines ? et des ARN On détermine la ou les cellules qui les fabriquent et on recherche alors l'ARN messager présent dans la cellule au moment de la synthèse A partir de celui-ci il est possible de remonter ? à l'ADN du chromosome par l'intermédiaire d'un ADNc copié mais chez les eucaryotes une grande partie de l ? ADN n ? est pas transcrit ou transcrit mais pas traduit L'analyse structurale directe de l'ADN dont le rôle est inconnu est devenue indispensable depuis que l'analyse complète des séquences de l'ADN d'un organisme est possible La suite des opérations s'est nécessairement renversée sans rendre pour autant l'analyse fonctionnelle obsolète mais en la complétant et en guidant la recherche des séquences fonctionnelles En e ?et le chercheur se trouve devant plusieurs milliers pour le moindre virus plusieurs millions pour les bactéries et plusieurs centaines de millions de nucléotides pour les eucaryotes dont la signi ?cation lui échappe De plus on commence à savoir que si chez les bactéries de cet ADN correspond à des protéines chez l'homme de cet ADN n'a pas de signi ?cation actuellement connue Par ailleurs les gènes sont constitués d'introns qui ne sont pas transcrits en m ARN certains m ARN ne sont pas traduits en protéines et une partie de l'ADN correspond à des virus intégrés L ? espoir de pouvoir lire ? directement l ? ADN et de comprendre son rôle s ? est évanoui Cet espoir na? f correspondait à l ? attitude naturaliste pour laquelle comprendre c ? est voir ? Pour aborder ces questions les chercheurs font appel depuis ans environ à des modèles mathématiques mis au point récemment et qui donnent lieu actuellement à des thèses en mathématiques Ils ont été mis en ?uvre gr? ce à des ordinateurs puissants qui demandent parfois plusieurs heures de calcul Cette analyse in silico n'est pas un pis aller temporaire Les mathématiques jouent désormais un rôle créateur incontournable dans la recherche dans l ? ADN de plages homogènes ? qui correspondent à des séquences fonctionnelles ? et des petits mots ? de l'ADN ayant une fonction connue On peut se demander si ce travail est dé ?nitivement inaccessible aux