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Methodes d x27 identification des microorganismes

Dr Adel Aouiche Module Microbiologie alimentaire - eme année Ecole supérieure des Sciences de l ? Aliment et des Industries Agroalimentaires ESSAIA - Alger CPlan général du chapitre - Connaissances fondamentales sur les approches taxonomiques - Etude bactériologique de quatre groupes bactériens entérobactéries Pseudomonas Staphylococcus Streptococcus - Plan général d ? identi ?cation des bactéries - Tests d ? orientation - Galerie classique tests biochimiques physiologiques et sérologiques - Galerie Api ou galerie rapide API E API NE API Stph API Strep - Identi ?cation phylogénétique étude moléculaire - Identi ?cation par Maldi-Tof technique phénotypique moléculaire ultra précise CEvolution Intérêts de la taxonomie Approche phénotypique Approche numérique Approche polyphasique Approche métagénomique Approche phylogénétique CNotion d ? évolution L ? évolution est dé ?nie comme un phénomène naturel ou les espèces vivantes subissent des modi ?cations au cours du temps conduisant à l ? apparition de nouvelles espèces Modi ?cations Visibles génotypique et phénotypique ou pas génotypique seulement C ? est pour cela que deux individus peuvent se ressembler phénotypiquement mais appartiennent à deux espèces di ?érentes CNotion d ? évolution L ? évolution est donc toujours une histoire de modi ?cation génotypique mutation génétique au cours du temps sous l ? in uence de certains facteurs A T TTTCG ATTCG T A G C AATCG AATCC Ressemblance Ressemblance Mutation génétique Modi ?cation du génome Evolution du génome Evolution des espèces vivantes Apparition d ? espèces nouvelles CEvolution des génomes ?? Mutations et transferts des gènes Une mutation est un changement spontané ou induit par certains facteurs mutagènes ex Ultraviolet agents chimiques mutagènes ? qui modi ?e une séquence nucléotidique au niveau du génome Les mutations se font par Délétions de nucléotides mutations délétères Insertions de nucléotides Substitution de nucléotides Répétitions à très haute fréquence Transfert des gènes CExemple de répétitions Le gène FbsA chez Streptococcus agalactiae Souches Région constante Région hypervariable Région constante signal peptide Repetition LPKTG S O H A O R SS CEvolution par transfert de gènes Transduction Conjugaison Transformation CEvolution des génomes Les mécanismes des mutations génétiques Conséquences Mutation silencieuse Mutation neutre Ex Perte de fonction Ex Codon stop Ala protéine Val tronquée Site actif non a ?ecté Mutation d ? un AA catalytique Structure D modi ?ée Gain de fonction Ex Changement de substrat pour un transporteur Ressemblance ne signi ?e pas forcément fonction identique CEvolution par transfert des gènes Impact négatif Gènes de résistance aux antibiotiques Gènes de virulence Impact positif Production d ? exopolysaccharides agent texturant Gènes du métabolisme acidi ?cation arômes Gènes de biopréservation bactériocines CImportance de la taxonomie Taxonomie classi ?cation des organismes dans un système de taxons permettant de révéler les relations phylogénétiques entre organismes Gr? ce aux techniques taxonomiques il est possible de -Détecter et identi ?er les bactéries pathogènes -Inférer déduire les propriétés d ? intérêt ex une souche de L lactis levain d ? acidi ?cation -Di ?érencier des ferments souches entre eux - Etablir un lien entre une souche et une propriété industrielle CNotion de rangs taxonomiques