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PROCEDURE DE PRESTATION DE CONSEIL A LA REALISATION DES ANALYSES DE GENETIQUE D

PROCEDURE DE PRESTATION DE CONSEIL A LA REALISATION DES ANALYSES DE GENETIQUE DES TUMEURS SOLIDES DANS UN LIQUIDE PLAN DU DOCUMENT Objet : 2 Domaine d’application 2 Textes de référence 2 Responsabilités 2 Définition/Abréviations 2 Description 3 1. Généralités 3 2. Documents de références 4 OBJET Cette procédure définit l’ensemble des dispositions prises par le LABM exécutant afin que - l’échantillon tumoral envoyé par les LABM ou LACP transmetteurs soit de qualité et de quantité suffisantes à la réalisation des analyses - le LACP transmetteur et/ou le LABP transmetteurs soient informés des résultats et des évolutions techniques d’analyse des anomalies génétiques de l’ADN, ainsi que des nouvelles analyses développées par le LABM exécutant - l’ensemble des intervenants soient informés des évolutions dans la prise en charge des patients dans le cadre des thérapeutiques ciblées. DOMAINE D’APPLICATION Cette procédure s’applique à l’ensemble du personnel médical du laboratoire habilité à l’analyse et validation biologiques dans le secteur de Biologie Moléculaire. TEXTES DE RÉFÉRENCE NF EN ISO 15189 SH REF 02 : recueil des exigences pour l’accréditation des laboratoires de biologie RESPONSABILITÉS Le Responsable de l’application de la procédure est le chef de structure. DEFINITION/ABREVIATIONS INCa : Institut National contre le Cancer PF : plate-forme DESCRIPTION 1. Généralités Le diagnostic moléculaire des tumeurs solides à visée thérapeutique a débuté en 2004 avec la recherche non systématique de mutation KRAS dans le cancer colorectal, comme marqueur de résistance à des molécules de la famille des anticorps dirigé contre le récepteur membranaire oncogénique EGFR. Mais, c’est en 2006 que le théranostic (thérapeutique-diagnostic) a été organisé sur le territoire français par l’INCa. Cet organisme a lancé un appel d’offre pour la constitution de plates-formes (PF) de pathologie-biologie pouvant réaliser la recherche d’anomalies génétiques dans des tumeurs fixées et incluses en paraffine. Vingt huit PF ont ainsi été labellisées sur le territoire afin que chaque français ait un accès équitable et gratuit à ce service. C’est en 2010, que les PF sont vraiment rentrées dans la phase de théranostic à grande échelle avec la mise sur le marché de la première molécule avec une autorisation conditionnée à la présence de la mutation activatrice du gène EGFR dans les adénocarcinomes pulmonaires non à petites cellules localement avancés ou métastatiques. Il s’agissait d’un anti-EGFR, géfitinib, pouvant être prescrit en première ligne de traitement uniquement aux patients dont la tumeur porte une anomalie dite activatrice dans la séquence des exons 18 à 21 du gène EGFR. Depuis, d’autres molécules ont été développées et d’autres types tumoraux sont testés, notamment - l’adénocarcinome pulmonaire métastatique (mutation de EGFR : inhibiteurs de tyrosine kinase de première génération : géfitinib, erlotinib ; seconde génération : afatinib et troisième génération (osimertinib) - l’adénocarcinome pulmonaire métastatique (translocation EML-ALK : crizotinib ; ROS1) - le cancer colorectal métastatique (mutations KRAS, NRAS, BRAF : cetuximab et panitumumab) - le mélanome métastatique (mutations de BRAF : verumafenib, dabrafenib) - l’adénocarcinome pulmonaire métastatique présentant une mutation (EGFR T790M) de résistance aux inhibiteurs de première et seconde génération, osimertinib) - Le cancer de l’ovaire type séreux présentant des anomalies de séquence des gènes BRCA et BRCA2 pour la prescription de la molécule anti-PARP (Olaparib) - Les tumeurs cérébrales primitives pour une sous-classification moléculaire permettant une meilleure prise en charge thérapeutique individualisée des patients. - L’ensemble des tumeurs peut bénéficier de la recherche de l’un des biomarqueurs ci-dessus dans différents programmes. - Les inhibiteurs de checkpoint (ex PD1/PDL1) L’obtention de matériel tissulaire de qualité et en quantité suffisante est souvent un obstacle pour les anatomopathologistes puisqu’en pratique, l’analyse moléculaire est non contributive dans 25% des cas. Ceci impliquant de fait des procédures supplémentaires impactant le délai de prise en charge et pouvant également conduire à la mise en route d’un traitement non approprié avec un impact négatif sur la prise en charge des patients. Aussi, la détection non invasive de l'ADN tumoral circulant sans cellule (ADNct) libéré par la tumeur primaire et la métastase dans le sang à l'aide d'un échantillon de plasma, communément appelé «biopsie liquide», apparaît comme un outil intéressant dans la prise en charge de ces patients. L'ADNct provient de l'apoptose et de la nécrose des cellules tumorales et est libéré dans le sang circulant où il est mélangé avec l'ADN de la lignée germinale provenant des cellules normales. La fraction d'ADNct est relativement petite et très variable. En tant que tel, la sensibilité analytique de la méthode de détection est importante pour la détection des mutations somatiques dans les biopsies liquides. Plusieurs études récentes ont démontré un taux de concordance élevé entre les profils mutagènes de gènes candidats dans des échantillons d'ADN tumoral et plasmatique appariés de patients atteints de cancer du poumon non à petites cellules et respectivement 63% et 62% de taux de réponse aux EGFR-TKI de troisième génération chez les patients selon que le diagnostic était réalisé sur biopsies liquides ou tissulaires (1). La faisabilité et la pertinence clinique des biopsies liquides dans la gestion des patients atteints d'un cancer du poumon avancé suspect est débattue (2,3). En effet, les biopsies liquides ne sont approuvées que dans le cadre du cancer du poumon, dans les centres de référence, pour la détection de mutation EGFR au moment du diagnostic lorsque le tissu est insuffisant ou pour la détection de la mutation T790M à la rechute tumorale, quel que soit le statut mutationnel la tumeur (1,4). L’utilisation de la biopsie liquide dans le théranostic d’autres types tumoraux suivra prochainement. La mise en place du diagnostic moléculaire sur l’ADNct a fait l’objet de plusieurs réunions au sein des plates-formes françaises regroupées par le GFCO (Groupement Français de Cytogénétique Oncologique) à la recherche de l’optimisation des conditions pré-analytiques et analytiques. Leur synthèse a fait l’objet d’une publication rassemblant le consensus des recommandations (5). 2. Conditions de prélèvement La recherche d’anomalies génétiques est prescrite par le clinicien généralement au cours d’une réunion de concertation multidisciplinaire. Le prélèvement sanguin est réalisé par le personnel infirmier au sein du service prescripteur ou dans un laboratoire d’analyses médicales. Il s’agit d’un prélèvement dans les conditions standard de la prise de sang veineux mais sur des tubes spéciaux selon les recommandations du laboratoire exécutant. Une information sur la procédure est donnée par courrier aux prescripteurs ainsi ; « Afin d’assurer une qualité indispensable à l’obtention d’un résultat juste, il est nécessaire que des précautions soit prises lors du prélèvement sanguin. En effet, il faut éviter que l’ADN circulant ne soit dégradé ou que les cellules nucléées normales ne libèrent le contenu. C’est pourquoi, la nature des tubes et le délai entre le prélèvement et l’analyse de l’échantillon au laboratoire sont essentiels. Le prélèvement consiste en une prise de sang de 7 à 10 mL par patient : - soit dans un ou deux tubes EDTA (bouchon violet, tube à numération sanguine), mais le prélèvement devra parvenir obligatoirement au laboratoire pour être centrifugé dans les 4 heures qui suivent. En cas d’impossibilité, l’échantillon pourra être centrifugé dans le laboratoire du site préleveur puis le plasma acheminé congelé au laboratoire de Paul Brousse. - Soit dans un tube spécialement conçu pour ce type de d’analyse génétique. Il contient un liquide permettant la stabilisation et la conservation des ADN circulant dans un délai de quelques jours. Il existe 3 types de tubes sur le marché actuellement (de la marque Roche, Streck et Qiagen). L’utilisation de chacun de ces tubes est validée pour l’analyse des ADN libres circulants. Nos recommandations sont o Un tube par patient o Une homogénéisation douce du sang dans le liquide du tube o Un délai d’acheminement au laboratoire d’oncogénétique le plus court possible, soit dans un délai maximal de 5 jours. o Un transport adapté (centre de tri, coursier, courrier médical adapté, …) o La feuille de prescription dûment remplie Nous pouvons vous fournir ces tubes spéciaux si vous en faites la demande. Au laboratoire, l’extraction de l’ADN est réalisée à partir de 3 mL de plasma et les techniques utilisées permettent une sensibilité de détection des mutations géniques de l’ordre de 0.1 à 1% (technologie Massarray, chimie iplex ou ultraseek puis analyse des produits d’amplification par spectrométrie de masse ; séquençage de nouvelle génération sur Miseq illumina). Les résultats vous parviendront dans un délai de 8 à 10 jours selon les anomalies génétiques prescrites. » Le prélèvement est transmis au laboratoire exécutant soit par le service de l’hôpital préleveur. Des liquides biologiques autres que le plasma peuvent bénéficier des mêmes conditions pré- analytiques et analytiques. Ils peuvent être transmis par le service préleveur ou provenir du laboratoire de pathologie (pleural, ascite, LCR….) pouvant contenir des cellules tumorales ou de l’ADN libre permettant l’analyse moléculaire. Des culots de cellules fixées en paraffine ou le liquide tel quel qui aura été placé dans un tube permettant la conservation de l’ADN libre pendant plusieurs jours (voir « procédure de conseil pour l’analyse de l’ADN libre dans un liquide ». L’évolution des technologies et le développement rapide de nouveaux médicaments ciblés nécessite que les différents intervenants se tiennent informés de façon suivie. Ceci est réalisé au uploads/Science et Technologie/ prestation-de-conseil-labm-biopsie-liquide-2017-1.pdf