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db 1 pdf 1 Banques de données biologiques I ? Introduction II ? Les banques de séquences généralistes III ? Les banques bases spécialisées IV ? Interrogation des banques de données Rôle des banques bases de données ? ? Collecter Traiter Filtrer les inform

Banques de données biologiques I ? Introduction II ? Les banques de séquences généralistes III ? Les banques bases spécialisées IV ? Interrogation des banques de données Rôle des banques bases de données ? ? Collecter Traiter Filtrer les informations ?? ? séquences cartographie physique génétique ? ?? ? données génomiques structurales relationnelles ? ?? ? images ? ?? Auprès de biologistes littérature autres bases de données ? ? ? Stocker Organiser de façon logique et cohérente ? ? Di ?usion libre large de l ? information ? ? Faciliter l ? exploitation des données ?? ? interface web conviviale ?? ? possibilité de comparaison de données ?? ? dé ?nition de nombreux critères de recherche Centre de ressources ? ? PASTEUR http www pasteur fr recherche banques ? ? NAR http www oup co uk nar database c ? ? EBI http www ebi ac uk Databases ? ? NCBI http www ncbi nlm nih gov Database index html ? ? NIH http nihlibrary nih gov ResearchTools Pages molbioDatabases aspx ? ? ISB Expasy http www expasy org links html ? ? Genome Net http www genome jp Repères historiques ? ? ére séquence de protéine insuline F Sanger ? ? ère compilation de protéines Atlas of protein Sequences ? ? PDB Protein Data Bank structure D ? ? Création du Modèle de données relationnelles ? ? er pas d ? internet TCP Transmission Control Protocol ? ? Microsoft ? ? er SGBD Oracle ? ? ? Constitution des banques de données EMBL et Genbank ? ? er PC par IBM ? ? er génome complet bactériophage Lambda ? ? er Mac par Apple Repères historiques ? ? ere revue de bioinformatique CABIOS ? ? Banque Swiss-Prot A Bairoch au SIB ? ? Genbank EMBL et DDBJ s ? échangent leur contenu et adoptent un système de conventions communes ? ? Processus de double publication Dépôt des séquence dans une banque avant soumission de l ? article associé aux revues scienti ?ques ? ? Début du WWW au CERN à Genève ? ? er navigateur web Netscape ? ? er génome eucaryote levure ? ? Uniprot ? ? EMBL nouveaux nommage des IDenti ?ants Qu ? est-ce qu ? une banque de données ? ? Collection de données séquence format structure en ?chier texte ? - organisation séquentielle - information indépendante - information souvent redondante ? ? Format standard simple et lisible par l ? être humain ? ? Di ?cilement interrogeable utilisable maintenable gros ?chier - lecture ligne par ligne - indexation nécessaire ? ? Données texte portables dans di ?érents environnements informatiques ? ? Facilement utilisables par certains programmes de bioinformatique blast clustalw hmmer Qu ? est-ce qu ? une banque de données Mon ?chier Mon ?chier Mon ?chier Mabanque Mabanque Ma banque Elem Elem Elem Qu ? est-ce qu ? une banque de données ? Index Index Index Elem Ligne E M L C E M L C E M L C Elem Ligne E M