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Guide pratique de l’informatique scientifique avec des logiciels libres sous GN

Guide pratique de l’informatique scientifique avec des logiciels libres sous GNU/Linux Version française du Scientific Computing with Free software on GNU/Linux HOWTO Manoj Warrier <m_war CHEZ users POINT sourceforge POINT net> Shishir Deshpande <shishir CHEZ ipr POINT res POINT in> V. S. Ashoka <ashok CHEZ rri POINT res POINT in> Adaptation française: Philippe Wautelet Relecture de la traduction française: Denis Berhaut Version : 1.2.fr.1.0 2005-04-28 Historique des versions Version 1.2.fr.1.0 2005-04-28 PW, DB Première traduction française. Version 1.2 2004-10-19 MW 1 correction et de nouveaux liens (1 Correction and new additional links). Version 1.1 2004-06-21 MW Mises à jour et évaluation de distributions (Updates and evaluated distros). Version 1.0 2003-11-18 JP Document revu par le LDP (Document Reviewed by LDP). Version 0.0 2003-10-01 MW Premier brouillon (first draft proposed). Résumé 1 Le but de ce document est de montrer comment un PC tournant sous GNU/Linux peut être utilisé pour le calcul scientifique. Il dresse une liste des nombreux logiciels libres disponibles et donne des liens internet vers des didacticiels permettant de commencer à travailler avec ces outils. Table des matières 1. Préambule [p 2] 1.1. Droits d’utilisation et licence [p 2] 1.2. Copyright and License [p 3] 1.3. Limitations de responsabilité [p 3] 1.4. Disclaimer [p 4] 1.5. Motivations [p 4] 1.6. Remerciements / Contributeurs [p 4] 1.7. Commentaires et corrections [p 5] 1.8. Traductions [p 5] 2. Introduction [p 5] 3. Outils de développement de logiciels [p 6] 3.1. Langages de programmation [p 6] 3.2. Outils de débogage [p 7] 3.3. Outils de contrôle de version [p 8] 3.4. Environnements intégrés de développement [p 9] 4. Outils mathématiques [p 9] 5. Sous-routines et bibliothèques numériques [p 11] 5.1. Entrepôts de logiciels [p 11] 5.2. Autres bibliothèques numériques spécialisées [p 12] 6. Graphiques et visualisation [p 13] 7. Systèmes de programmation pour GNU/Linux [p 14] 7.1. La station de travail GNU/Linux [p 14] 7.2. 7.2. Traitement symétrique parallèle multi-processeurs : introduction aux super-calculateurs [p 15] 8. Traitements de texte et outils de présentation sous Linux [p 16] 8.1. Traitements de texte [p 16] 8.2. Outils de présentation [p 17] 9. Systèmes libres de gestion de bases de données pour Linux [p 17] 10. Linux au laboratoire [p 18] 1. Préambule 1.1. Droits d’utilisation et licence Important Le texte ci-dessous est la version française des droits d’utilisation et de la licence de ce document. Seule la version originale de cette licence, présentée dans la section suivante, fait foi. Ce document, appelé Scientific Computing with free software on GNU/Linux HOWTO dans sa version originale en anglais, est protégée par copyright © 2002 par Manoj Warrier. Ce document peut être copié, distribué et/ou modifié selon les termes de la GNU Free Documentation License, version 1.1 ou 2 plus publiée par la Free Software Foundation; sans section invariante, ni texte de première de couver- ture, ni texte de quatrième de couverture. Une copie de cette licence en anglais est disponible ici. La version française de ce document a été réalisée par Philippe Wautelet et relue par Denis Berhaut et est protégée par copyright © 2004-2005 Philippe Wautelet. La version française de ce guide pratique est publiée en accord avec les termes de la licence de documentation libre GNU (GFDL), qui est ci-incluse par référence. 1.2. Copyright and License Important Le texte ci-dessous est la licence de ce document. Ce texte fait foi. Il est composé de la licence en anglais du document orignal, suivi de la licence en français de sa traduction. This document, Scientific Computing with free software on GNU/Linux HOWTO, is copyrighted (c) 2002 by Manoj Warrier. Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document under the terms of the GNU Free Documentation License, Version 1.1 or any later version published by the Free Software Foundation; with no Invariant Sections, with no Front-Cover Texts, and with no Back-Cover Texts. A copy of the license is available here La version française de document a été réalisée par Philippe Wautelet et relue par Denis Berhaut et est protégée par copyright © 2004-2005 Philippe Wautelet. La version française de ce guide pratique est publiée en accord avec les termes de la licence de documentation libre GNU (GFDL), qui est ci-incluse par référence. 1.3. Limitations de responsabilité Important Le texte ci-dessous est la version française des limitations de responsabilité de ce docu- ment. Seule la version originale de cette licence, présentée dans la section suivante, fait foi. Aucune responsabilité pour le contenu de ces documents ne pourra être acceptée. Utilisez les concepts, exemples, liens et autres informations à vos propres risques. Il peut y avoir des erreurs et des impréci- sions, qui peuvent endommager votre système, vous faire perdre du temps,… Procédez avec précau- tion, et bien que ce soit hautement improbable, l’auteur n’en acceptera aucune responsabilité. Tous les droits d’auteur sont détenus par leurs propriétaires respectifs, sauf mention contraire expresse. L’utilisation d’un terme dans ce document ne doit pas être vue comme affectant la valeur d’une marque de fabrique ou d’une marque de service. Le fait de citer un produit particulier, un logiciel ou une marque ne doit pas être perçu comme une approbation. Je n’ai pas utilisé toutes les applications logicielles vers lesquelles des liens sont fournis. Il y a simple- ment tellement d’applications faisant la même chose qu’on ne peut pas s’attendre à toutes les avoir utilisées. Dans un livre sur le calcul scientifique sous GNU/Linux, on mentionnerait l’outil favori pour réaliser une tâche et on le décrirait en détails. Cependant, ceci est un guide pratique fournissant des liens vers des outils libres et variés pour faire du calcul scientifique et peut contenir des liens vers des logiciels qui promettent beaucoup mais fournissent peu et vice versa. 3 1.4. Disclaimer Important Le texte ci-dessous contient les limitations de responsabilité de ce document. Ce texte fait foi. No liability for the contents of this document is accepted. Use of the concepts, examples, links and information is entirely at your own risk. There may be errors and inaccuracies, that could damage your system, waste your time, etc... Proceed with caution, and although this is unlikely, the author takes no responsibility whatsoever. All copyrights are held by their respective owners, unless specifically noted otherwise. Use of a term in this document should not be regarded as affecting the validity of any trademark or service mark. Naming of particular products, software or brands should not be seen as endorsements I have not used many of the software applications to which links are provided. There are simply too many applications that do the same thing, that one cannot be expected to have used all of them. In a book on Scientific Computing using GNU/Linux, one would mention ones favorite tool to carry out a task and describe it in detail. However this is a howto providing links to various available free tools for scientific computing and may contain links to some software that promises much but delivers little and vice versa. 1.5. Motivations Ce guide consiste principalement en une collection de liens qui étaient fournis sur le site http://Scili- nux.sourceforge.net et qui a dû être démantelé à cause d’un conflit de nom. La meilleure alternative semblait être d’en faire un document Linux et de l’héberger sur le site LDP. Une autre raison est qu’il y a souvent de nombreux logiciels libres faisant les mêmes choses. Nous espérons fournir des liens vers les logiciels existant afin de rendre plus facile pour la communauté scientifique de faire un choix sans perdre trop de temps. 1.6. Remerciements / Contributeurs Dans ce document, j’ai le plaisir de remercier : Linus Torvalds, Richard M. Stallman et ses joyeux lurons pour Linux, GNU et aussi pour avoir élargi indirectement différentes perspectives qui n’étaient pas si évidentes. Mes collègues et amis de l’Institut pour la recherche du plasma en Inde pour de nombreuses discussions. Marcel Bose, Ivan Lamouret, K. Scott Hunziker, Livine Christin, W. Herbert, Simon Pinches et de nombreux autres pour avoir suggérés de nombreux liens mentionnés dans ce document. Vasudha, ma femme, pour m’avoir laissé faire ce que je voulais et m’avoir encouragé avec des phrases comme « espérons que tu finiras au moins ce projet ». 4 Shishir et Ashoka sont les co-auteurs de ce document parce qu’une telle collection de liens était l’idée de Shishir et qu’Ashoka contribue toujours en fournissant des liens, des suggestions et un second point de vue. Ils m’aident également à maintenir ce guide pratique. 1.7. Commentaires et corrections Merci de faire parvenir en anglais à l’auteur vos questions, commentaires et additions relatifs à la version originale de ce document à l’adresse <m_war CHEZ users POINT sourceforge POINT net>. N’hésitez pas à faire parvenir tout commentaire relatif à la version française de ce document à <commentaires CHEZ traduc POINT org> en précisant son titre, sa date et sa version. 1.8. Traductions Ce guide pratique est la traduction française du document original Scientific Computing with Free soft- ware on GNU/Linux HOWTO. Il n’y a, à ma connaissance, pas encore d’autres traductions. 2. Introduction GNU/Linux est probablement uploads/Litterature/ scientific-computing-with-gnu-linux.pdf