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Chapitre 1 - Prise en main du logiciel R Thibault LAURENT 30 Septembre 2019 Con

Chapitre 1 - Prise en main du logiciel R Thibault LAURENT 30 Septembre 2019 Contents 1 Présentation de R 1 1.1 Généralités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1.1 Les auteurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 Le CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.3 Le point fort de R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.4 La communauté R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 2 La philosophie des logiciels libres : le projet GNU 4 2.1 Le projet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 2.2 La philosophie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3 Installation du logiciel 6 3.1 Systèmes d’exploitations et R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.2 Obtention de R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.3 Installation de R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.3.1 Sous Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.3.2 Sous Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 3.3.3 Sous macOS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 3.4 Modules supplémentaires et manipulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 3.4.1 Les modules supplémentaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 4 Environnement de travail 9 4.1 Notions élémentaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 4.2 Gestion du répertoire de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.3 L’aide en ligne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 4.4 Editeurs de textes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 4.4.1 L’incontournable RStudio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 4.4.2 Alternatives à RStudio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 4.5 R Commander . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 5 La table diamants 15 Ce document a été généré directement depuis RStudio en utilisant l’outil Markdown. La version .pdf se trouve ici. 1 Présentation de R 1.1 Généralités R est un système qui est communément appelé langage et logiciel. Il permet, entre autres, de réaliser des analyses statistiques. Plus particulièrement, il comporte des moyens qui rendent possibles la manipulation des données, les calculs et les représentations graphiques. R a aussi la possibilité d’exécuter des programmes stockés dans des ﬁchiers textes. En eﬀet R possède : 1 • un système eﬃcace de manipulation et de stockage des données, • diﬀérents opérateurs pour le calcul sur tableaux (et spécialement les matrices), • un grand nombre d’outils pour l’analyse des données et les méthodes statistiques, • des moyens graphiques pour visualiser les analyses, • un langage de programmation simple et performant comportant : conditions, boucles, moyens d’entrées sorties, possibilité de déﬁnir des fonctions récursives. La conception de R a été fortement inﬂuencée par deux langages : • S qui est un langage développé par les AT&T Bell Laboratories et plus particulièrement par Rick Becker, John Chambers et Allan Wilks. S est un langage de haut niveau et est un environnement pour l’analyse des données et les représentations graphiques. S est utilisable à travers le logiciel SPlus qui est commercialisé par la société TIBCO depuis 2008 (voir lien suivant). SPlus a été un des logiciels de statistiques les plus populaires et s’est imposé comme une référence dans le milieu statistique jusqu’à ce que R le détrône depuis quelques années déjà. • Scheme de Sussman est un langage fonctionnel, le principe fondamental de ce langage est la récursivité. L’exécution et la sémantique de R sont dérivées de Scheme. Le noyau de R est écrit en langage machine interprété qui a une syntaxe similaire au langage C, mais qui est réellement un langage de programmation avec des capacités identique au langage Scheme. La plupart des fonctions accessibles par l’utilisateur dans R, sont écrites en R (le système est lui-même écrit en R). Pour les tâches intensives, les langages C, C++ et Fortran ont été utilisés et liés pour une meilleure eﬃcacité. R permet aux utilisateurs d’accroître les possibilités du logiciel en créant de nouvelles fonctions. Les utilisateurs expérimentés peuvent écrire du code en C ou C++ pour manipuler directement des objets R. R comporte un grand nombre de procédures statistiques. Parmi elles, nous avons : les modèles linéaires, les modèles linéaires généralisés, la régression non-linéaire, les séries chronologiques, les tests paramétriques et non paramétriques classiques, etc. Il y a également un grand nombre de fonctions fournissant un environnement graphique ﬂexible aﬁn de visualiser et créer divers genres de présentations de données. Les utilisateurs pensent souvent que R est un système de statistique. Les concepteurs et développeurs préfèrent uploads/Philosophie/ ch1-introduction 1 .pdf