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1 REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE MINISTERE DE L4ENSEIGNEMENT S

1 REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE MINISTERE DE L4ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE Université Mentouri Constantine Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie Département des Sciences Vétérinaires N° d’ordre…………. N° de série………. … THESE En vue de l’obtention du diplôme de Doctorat en Sciences Vétérinaires Option : Biologie Animale THEME Contaminations du poulet de chair par les salmonelles non typhiques en élevages et abattoirs de la wilaya de Constantine : Caractérisations phénotypiques et génotypiques par ERIC-PCR, IS-PCR et PFGE. Présentée par Présentée par Présentée par Présentée par : M. ELGROUD RACHID : M. ELGROUD RACHID : M. ELGROUD RACHID : M. ELGROUD RACHID Directeur de thèse Directeur de thèse Directeur de thèse Directeur de thèse : : : : Prof. F. SMATI Prof. F. SMATI Prof. F. SMATI Prof. F. SMATI Co Co Co Co- - - -Directeur de thèse Directeur de thèse Directeur de thèse Directeur de thèse : : : : Dr. Y. Millemann Dr. Y. Millemann Dr. Y. Millemann Dr. Y. Millemann Devant le jury Devant le jury Devant le jury Devant le jury : : : : Président : R. OUZROUT Prof. Centre Universitaire d’ELTARF Rapporteurs : F. SMATI Prof. C.H.Universitaire de CONSTANTINE Y. MILLEMANN M. C. E. N. V. Alfort, FRANCE Examinateurs : D. ZOUGHAILECH Prof. C.H.Universitaire de CONSTANTINE A. H. BENSOUILAH Prof. Université d’ANNABA A. G. DJAHOUDI M. C. Université d’ANNABA Année Universitaire Année Universitaire Année Universitaire Année Universitaire 2008-2009 2 Remerciements Je remercie particulièrement mes co-directeurs de thèse, le professeur F. SMATI et Y. MILLEMANN pour avoir dirigé mes travaux et m’avoir guidé tout au long de cette période de recherche, j’aimerais souligner le support exceptionnel, le respect immense qu’ils portent à leur entourage, la confiance qu’ils m’ont accordée et les compétences qu’ils ont montrées. Leur dévouement est un exemple à suivre. Je tiens à remercier le professeur CARLIER de l’école nationale vétérinaire d’Alfort de m’avoir accueilli dans son service, conseillé, soutenu et offert les conditions à la réalisation de ce travail. Je remercie le professeur R. OUZROUT, le professeur D. ZOUGHAILECH, le professeur A. H. BENSOUILAH et le maître de Conférences A.G. DJAHOUDI qui m’ont fait l’honneur de constituer le jury. Je les remercie très sincèrement, et apprécie l’attention et le temps qu’ils ont consacré à l’évaluation de ce travail malgré leurs lourdes obligations. Je remercie infiniment le docteur A. BRISABOIS, Mme A. KEROUANTAN, Mme S. GRANIER, Mme M. MARAULT, Mme S. FREMY et tous les membres du laboratoire de Caractérisation et Epidémiologie Bactérienne, de l’AFSSA, Maisons Alfort, ainsi que Mme BOUZITOUNA- BENTCHOUALA et les membres du laboratoire de microbiologie du C.H.U. IBN BADIS de Constantine, le Professeur D. SATTA, du département de Biologie Animale, qui ont contribué, avec beaucoup de compétence et de gentillesse, à l’élaboration technique de ce travail. Je remercie également le Professeur J. C. AUGUSTIN et les techniciennes : S. OPICCI et N. CHERGUI, du laboratoire de recherche en Microbiologie Alimentaire, Sécurité et Qualité des Aliments de l’école vétérinaire d’Alfort, pour la précieuse aide qu’ils m’ont apportée. Je remercie aussi les collègues du département des sciences vétérinaires, de la direction des sciences vétérinaires, du C.H.U. IBN BADIS, ainsi que tous les éleveurs et abatteurs de volaille, ayant étés impliqués de près ou de loin, dans toutes les étapes de cette thèse. Mes remerciements vont enfin, à mes collègues et ami(e)s Mme Z. CHARI, Mme H. KENANA, M. F. ZERDOUMI et R. CHAOUAOU, ainsi que mes étudiants qui se reconnaitront, sans qui le travail n’aurait jamais abouti. Que ma femme (Hanna) et mes enfants (Karim, Zinou et Nourhane), trouvent ici le témoignage de mon profond amour et de mon affection. Ce travail leur est dédié. Que mes parents (Que dieu me les garde), frères, sœurs, oncles, tantes, cousins et cousines trouvent ici un témoignage d’affection.Que mes beaux parents, beaux frères et belles sœurs soient remerciés pour leur aide et leur gentillesse. Je tiens aussi à rendre un vibrant hommage à la famille Caussy (Ramesh et Rahima), à toute la famille Bencheikh lehocine et particulièrement à mustapha et sa femme, Yamina, Ouarda, Nejla et Riad, pour leur soutien et leur gentillesse. Que les princesses Myriam et Memmouna soient le bonheur et la fierté de leurs familles, autant qu’elles m’ont donné de sourire et de joie. 3 Table des matières Pages Liste des tableaux et figures Lexique Introduction………………………………………………………………………….. 1 Partie bibliographique: Chapitre 1: LES SALMONELLES. 1: Historique……………………………………………………………………………..... 3 2: Taxonomie et nomenclature ……………………………………………………………. 4 3: Bactériologie:……………………………………………………………………………. 6 3.1: Caractères microbiologique……………………………………………………………. 6 3.2: Caractères antigéniques………………………………………………………………. 9 3.2.1: Antigène O………………………………………………………………………….. 9 3.2.2: Antigène H………………………………………………………………………….. 10 3.2.3: Antigène Vi …………………………………………………………………….. 10 3.2.4: Antigènes R et M. ……………………………………………………………… 11 3.2.5: Fimbriae………………………………………………………………………… 11 3. 3: Schéma de Kaufmann-White……………………………………………………. 11 4: Habitat et spécificité de l'hôte:…………………………………………………….. 12 4.1. Habitat:…………………………………………………………………………… 13 4.2. Spécificité de l'hôte………………………………………………………………. 13 5: Résistance et sensibilité aux agents physiques et chimique. ……………………… 13 6: Pouvoir pathogène. ……………………………………………………………….... 14 6.1: Pouvoir invasif. …………………………………………………………………... 15 6.2: Pouvoir toxique…………………………………………………………………… 15 7: Pouvoir immunogène………………………………………………………………. 16 8: Résistance aux antibiotiques: ……………………………………………………… 16 8.1: Support de l'antibiorésistance……………………………………………………. 17 8.2: Modalités d'acquisition et de diffusion…………………………………………... 17 8.3: Mesure de l'antibiorésistance et antibiogrammes………………………………… 18 Chapitre 2: LES SALMONELLOSES. 1: Généralités. ……………………………………………………………………….. 19 2: Clinique……………………………………………………………………………. 19 2.1: Chez l'homme……………………………………………………………………. 19 2.1.1: Les formes septicémiques……………………………………………………… 20 2.1.2: Les formes extra-digestives……………………………………………………. 20 2.1.3: Les formes purement digestives……………………………………………….. 20 2.1.3.1: Gastro-entérites du nourrisson……………………………………………….. 21 2.1.3.2: Toxi-infections alimentaires de l'adulte et de l'enfant……………………….. 21 2.1.4: Les porteurs de germes. ……………………………………………………….. 23 2.2: Chez la volaille…………………………………………………………………... 23 2.2.1: Symptômes…………………………………………………………………….. 24 2.2.2: Lésions………………………………………………………………………… 24 3: Epidémiologie. ……………………………………………………………………. 25 3.1: Chez les humains………………………………………………………………... 25 3.2: Chez la volaille…………………………………………………………………. 27 4 3.3: Sur les carcasses de poulet de chair……………………………………………. 32 4: Sources et transmission des salmonelles. ………………………………………... 34 4.1: Sources de contamination………………………………………………………. 34 4.1.1: Au niveau du couvoir………………………………………………………… 34 4.1.2: Au niveau des élevages………………………………………………………. 34 4.1.3: Au niveau de l'abattoir………………………………………………………... 35 4.2: Voies de transmission…………………………………………………………... 37 4.2.1: Transmission verticale………………………………………………………... 37 4.2.2: Transmission horizontale……………………………………………………... 37 5: Détection des salmonelles……………………………………………………… 39 5.1: Méthodes principales en bactériologie des aliments…………………………… 39 5.2: Méthodes rapides validées AFNOR …………………………………………… 41 6: Moyens de lutte. …………………………………………………………………. 42 6.1: Lutte thérapeutique…………………………………………………………….. 42 6.2: Prophylaxie…………………………………………………………………….. 42 6.2.1: Prophylaxie sanitaire………………………………………………………… 42 6.2.1.1: Mesures générales d'hygiène………………………………………………. 43 6.2.1.2: Approvisionnements……………………………………………………….. 43 6.2.1.3: Nettoyage et désinfection………………………………………………….. 43 6.2.1.4: Mesures spécifiques………………………………………………………... 44 6.2.2: Prophylaxie médicale………………………………………………………… 44 6.2.2.1: Les additifs alimentaires…………………………………………………… 44 6.2.2.2: Les flores de barrière………………………………………………………. 45 6.2.2.3: L'antibio-prévention……………………………………………………….. 45 6.2.2.4: La vaccination…………………………………………………………… 45 7: Systèmes de surveillance en Algérie. ………………………………………….. 46 Chapitre 3: LES MARQUEURS EPIDEMIOLOGIQUES: 1. Les qualités d'un marqueur épidémiologique: ………………………………… 48 1.1: La capacité de typage…………………………………………………………. 48 1.2: La reproductibilité…………………………………………………………….. 48 1.3: La stabilité…………………………………………………………………….. 49 1.4: Le pouvoir discriminant………………………………………………………. 49 2. Les marqueurs phénotypiques …………………………………………………. 50 2. 1: La sérotypie ………………………………………………………………….. 50 2. 2: La lysotypie…………………………………………………………………… 50 2. 3: La biotypie……………………………………………………………………. 51 2. 4: La bactériocinotypie………………………………………………………….. 51 2. 5: L'antibiotypie:………………………………………………………………… 52 2. 6: Electrophorèse d'iso-enzymes……………………………………………… .. 52 3. Les marqueurs génotypiques. …………………………………………………… 53 3. 1: Marqueurs liés à l'ADN plasmidique………………………………….. …….. 53 3. 2: Marqueurs liés à l'ADN chromosomique……………………………………… 54 3.2.1: Profils de restriction de l'ADN génomique:(Restriction Fragment Lenght Polymorphism:RFLP)………………………………………………………………. 54 3.2.1.1: Restriction classique:………………………………………………………. 54 3.2.1.2: Restriction modifiée par diminution du nombre de fragments de restriction…………………………………………………………………………… 54 3.2.1.2.1: Macrorestriction et PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) ou Pulsotypage…………………………………………………….. …………………….54 5 3.2.1.2.2:Macrorestriction et hybridation sélective (utilisation de sondes)…….... . 55 a : La ribotypie:………………………………………………………….. 55 b : L'IS- Typie:…………………………………………………………… 56 c : Autres sondes…………………………………………………………. 56 3.2.1.2.3: Amplification sélective de fragment de restriction (Selective Restriction Fragment Amplification: SRFA)…………………………………………………. 57 3.2.2: Profils d'amplification de l'ADN génomique………………………………... 57 3.2.2.1: Polymorphisme de l'ADN amplifié au hasard ou RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)…………………………………………… 57 3.2.2.2:Amplification spécifique de séquences répétées (REP-PCR et ERIC -PCR)…58 3. 3: Marqueurs liés aux gènes:……………………………………………………. 58 3.3.1: Polymorphisme de restriction (RFLP). …………………………………….. 58 3.3.2: Polymorphisme par amplification- Exemple de la ribotypie par PCR. ……. 58 4. Interprétation et analyse des résultats du typage moléculaire. ………………… . 59 5. Applications. …………………………………………………………………… 60 Partie expérimentale : Introduction ……………………………………………………………………… 62 Chapitre1. Matériels et méthodes ……………………………………………… 63 1.1. Echantillonnage ……………………………………………………………… 63 1.2. Questionnaires ……………………………………………………………….. 63 1.3. Prélèvements ……………………………………………………………….. 65 1.3.1 : 1ere campagne…………………………………………………………….. 65 1.3.1.1 En élevages……………………………………………………………….. 65 1.3.1.2. En abattoirs………………………………………………………………. 65 1.3.2 : Deuxième campagne……………………………………………………… 66 1.3.2.1 : En élevages……………………………………………………………... 66 1.3.2.2 : En abattoirs……………………………………………………………... 66 1.4. Méthodes d’analyses. ……………………………………………………….. 68 1.4.1. Analyses bactériologiques ………………………………………………… 68 1.4.2. Sérotypage…………………………………………………………………. 69 1.4.3. Antibiogrammes……………………………………………………………. 71 1.4.4. Polymérase Chain Reaction (PCR)………………………………………… 72 1.4.5. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)…………………………………. 73 1.5. Salmonelles humaines ………………………………………………………. 76 1.6. Analyses statistiques ………………………………………………………… 76 Chapitre 2 : Résultats ………………………………………………………….. 77 2.1. Etude des questionnaires …………………………………………………… 77 2.1. 1. Caractérisation des élevages de poulet de chair………………………… 77 2.1. 2. Caractérisation des abattoirs de volailles ……………………………… 79 2.2. Prévalence de contamination des élevages et des abattoirs ………………… 80 2.3 Distribution des sérotypes de salmonelles …………………………………. 82 2.4. Résistance aux antibiotiques ……………………………………………….. 83 2.4.1 : Profils de résistance aux antibiotiques…………………………………… 84 2.4.2 : Sources et profils de résistance aux antibiotiques……………………….. 85 2.5. Facteurs de risques potentiels liés à la contamination ……………………… 86 2.6. Salmonelles humaines ……………………………………………………… 86 2.6.1 : Distribution des sérotypes humains du C.H.U………………………….. 87 2.6.2 : Résistance aux antibiotiques des sérotypes humains uploads/Science et Technologie/ contaminations-du-poulet-de-chair.pdf