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CLASSIFICATION DES BACTÉRIES D’INTERÉT MÉDICAL Les bacilles à Gram négatifs non

CLASSIFICATION DES BACTÉRIES D’INTERÉT MÉDICAL Les bacilles à Gram négatifs non exigeants Dr R. DALI YAHIA FACULTÉ DE MÉDECINE D’ORAN 1 I-Enterobacteriaceae 2 LES ENTEROBACTERIES • Famille d'une extrême importance médicale • Responsables de nombreuses manifestations pathologiques 3 • Famille des Enterobacteriaceae (> 200 espèces) • Commensaux du TD de l’homme et des animaux • Espèces pathogènes spécifiques : Salmonella - Shigella – Yersinia (infections digestives+peste) - pathovars de E. coli • Espèces pathogènes opportunistes : infections nosocomiales+++ Proteus, Klebsiella , Enterobacter, Serratia, Proteus, Providencia……. 1. Généralités • Bâtonnets Gram -, droits, 1 à 2µm • Poussent sur gélose ordinaire à 37° C • Mobiles ou immobiles •Si flagellés : péritriches • Aéro-anaérobies, • fermentent le glucose • Oxydase - • Nitratase + 2. Caractères bactériologiques : Définition Leifson Gram ESCHERICHIA COLI Theodor von Escherich 1857-1911 • Plusieurs pathovars : Entéro pathogènes: EPEC (12 sérotypes), ETEC, EHEC (O157), EIEC… Sérotype K1: Infections néonatales Uropathogènes (adhésines) 1. Caractères bactériologiques • Tube digestif : 108/g • Colimétrie : marqueur de contamination fécale de l’eau 2. Habitat Ensemble des souches d’une espèce ayant le même pouvoir pathogène Infections non enteriques diagnostic: Isolement Urine: Hémocultures Autres prélèvements Ascites, pus de péritonites etc… Isolement sur milieu selectif enterobactéries Identification Marqueurs biochimiques Infections entériques • 2ème cause de diarrhée derrière les Rotavirus chez l’enfant surtout dans les pays en développement • Risques de déshydratation aiguë • Pathovars d’E. coli entéro-virulents: EPEC, ETEC, EIEC, EHEC diarrhée acqueuse E. coli Entéro-pathogènes : EPEC Facteurs de pathogénicité : facteurs d’adhésion destruction des micro-villosités Signes cliniques : enfant de moins de 2 ans diarrhée aqueuse épidémie de crèche Diagnostic: Isolement sérotypage (12 sérotypes) E. coli Entéro-toxinogènes : ETEC Facteurs de pathogénicité : facteurs d’adhésion entéro-toxines LT et ST (proches cholera produites par des plasmides) Signes cliniques chez l’homme: diarrhée des voyageurs (turista) (syndrome cholériforme) Diagnostic Laboratoires spécialisés E. coli Entéro-invasifs : EIEC Facteurs de pathogénicité : Proche de shigella pénétration dans les entérocytes Envahissement de la muqueuse Réaction inflammatoire Signes cliniques : syndrome dysentérique sang et glaires dans les selles Fièvre Diagnostic Laboratoires spécialisés E. coli Entéro-hémorragiques : EHEC ou VTEC (O157) Facteurs de pathogénicité : attachement-effacement Cytotoxine: Shiga-like (SLT) ou Vero-toxine (VT) Action locale et à distance Signes cliniques : syndrome hémolytique et urémique (SHU) Diahrrée sanglante…puis anémie hémolytique insuffisance rénale Épidémiologie - Viande bovine contaminéeProlifération dans l’aliment restauration collective SALMONELLA • culturaux : colonies en 24 h sur gélose ordinaire à 37°C • antigéniques : plus de 2000 sérotypes tableau de Kauffman-White antigène O, H, Vi; Agglutination sur lame Caractères bactériologiques Habitat et épidémiologie • S. Typhi et Parathyphi : spécifique de l’homme Typhoïde = Septicémie lymphatique déclaration obligatoire • S. Typhimurium, S. Enteritidis = Salmonella « mineures » ou « ubiquistes » Aliments, œufs, charcuteries, coquillages rupture de la chaîne du froid T.I.A.C déclaration obligatoire • Formes bactériémiques fièvre typhoïde, septicémie à point de départ lymphatique SIDÉENS (salmonelles mineures) • Formes digestives pures: GE avec Incubation > 12 h • Formes rares : cholecystite, ostéo-myélites, méningites, infections urinaires Pouvoir pathogène • Hémocultures • Coproculture - Isolement milieux sélectifs - enrichissement (Muller Kaufmann) • Séro-diagnostic de Widal réservé à la typhoïde: tend à être abandonné 4. Diagnostic bactériologique Isolement SHIGELLA • 4 espèces plusieurs sérotypes (Antigène O) S. dysenteriae : 12 sérotypes (1 = bacille de Shiga) S. flexneri: 6 sérotypes S. boydii: 15 sérotypes S. sonnei: 1 sérotype Classification • Réservoir : TD de l’homme • Dissémination : eau, aliments, mains sales •Épidémies historiques • Risques épidémique majeur dans les populations en situation précaires Pays sous-développés Regroupement de populations précaires (prisonniers de guerre, exodes, camps de réfugiés, catastrophes naturelles) • Déclaration obligatoire Habitat et Epidémiologie • Incubation : 24 h - Épreintes et ténesme - colite • Selles muco-sanglantes • Perforation du TD (Abcès) • Syndrome infectieux sévère + troubles du SNC La dysenterie bacillaire : shigellose Diagnostic • Coproculture Sang et leucocytes pas de milieu d’enrichissement • Hémocultures négatives (sauf SIDA) • Identification biochimique + séro-agglutination Klebsiella Enterobacter Serratia (K.E.S.) Habitat •TD - Sélection par ATB • Ecosystème hospitalier •Souvent multirésistants aux antibiotiques. • Pneumonies • Infections en Réanimation et en Urologie ( mortalité élevée) • Infections urinaires compliquées • Suppurations biliaires ou génitales • Bactériémies. Prévention • Contrôle de la flore hospitalière, prescription AB • Hygiène des soins : lavage des mains • Isolement du patient. KES Proteus Providencia Morganella Habitat • Infections urinaires +++ (2éme après E. coli) Alcalinise les urines calculs • Infections de paroi, péritonites, brûlures • Bactériémies. Pathogènes opportunistes • TD, téguments, sol, eau YERSINIA pseudotuberculosis enterocolitica pestis Yersinia pseudotuberculosis Y. enterocolitica • TD, rongeurs et environnement • Contamination par viande mal cuite ( mouton, porc) • Porteurs sains. Habitat-épidémiologie Pouvoir pathogène • Adénite mésentérique aiguë : Syndrome pseudo-appendiculaire • Erythème noueux Y. pseudotuberculosis Y. enterocolitica • Entérocolites, syndrome abdominal pseudo-appendiculaire adénite Enfants, SIDA • Choc post-transfusionnel Croissance à +4°C • Bactériémie (immuno-déprimés, hémochromatoses). Yersinia pestis (bacille de la peste) Alexandre YERSIN 1863 - 1943 Découvert en1894 à Hong Kong Epidémiologie Maladie du rat Transmise par la puce DECLARATION OBLIGATOIRE La peste maladie encore actuelle Oran en 1940 et retour en 2003 Derniers cas français : 1945 en corse • Bubon : adénopathie inguinale ou axillaire • Bactériémie : foyer pulmonaire • Syndrome infectieux sévère 1. Peste bubonique (puce) 2. Peste pulmonaire (la plus grave) • Transmission inter-humaine • Rapidement mortelle Pouvoir pathogène Diagnostic Traitement • Culture •Pus •Expectorations •Hémocultures • Streptomycine, tétracycline, fluoroquinolones • Prévention: •Contrôle des rongeurs • Isolement des cas . II- Les Vibrionaceae 35 II- les Vibrionaceae • Espèce type: Vibrio cholerae agent du choléra ( toxi -infection grave avec diarrhées aqueuses et déshydratation sévère) •Vibrio para-haemolyticus: responsable de troubles digestifs suite à la consommation de fruits de mer. •Il n’ y avait plus de choléra en Algérie depuis 1976. •Retour en 2018!!!!! 36 Classification • La famille des Vibrionaceae comprend des : • -bacilles à Gram négatif parfois incurvés (en virgule). • Mobiles par ciliature polaire (avec un mouvement bien particulier) ou immobile, • Genre VIBRIO • Le genre vibrio comprend plusieurs espèces dont : - Espèce Vibrio cholerae. - Espèce Vibrio parahemolyticus. - Espèce Vibrio alginolyticus. - Espèce Vibrio metchnikovii 37 Espèce V. CHOLERAE • En fonction de leur structure antigénique, les germes de l’espèce Vibrio cholerae sont subdiviés en : - Vibrio cholerea O1 lui – même subdivisé en biotype cholerae appelé Vibrio cholérique classique et biotype eltor (agents du cholera) Le groupe O1 est subdivisé en 03 serovars : Ogawa – inaba et hikojima - Vibrio cholerae groupe non O1 dont le serovar O139 qui est également reconnu comme agent du cholera. 38 Classification Pouvoir pathogène • Les vibrions cholérique du groupe O1 et depuis 1993 le serovar O139 du groupe non O1 sont considérés comme les agents du choléra. • Le choléra : toxi – infection intestinale strictement humaine temps d’incubation de 1 à 4 jours diarrhée profuse avec émission de selles liquides ; riziformes vomissements. Apyréxie sauf les jeunes enfants. déshydratation aboutissant à des complications pouvant entrainer la mort souvent formes moins graves et surtout beaucoup de cas de porteurs de germes asymptomatiques. • Les vibrions des autres groupes non O1 sont responsables d’infections cholériformes et de toxi – infections alimentaires. 39 Mode de transmission • Le cholera est une infection à transmission hydrique • Cependant la transmission peut être manuportée ou par des aliments contaminées. • L’homme est le seul réservoir du germe (l’eau est donc contaminée par les excréments humains ) • Très souvent en milieu urbain, la contamination de l’eau de canalisation se fait par les eaux d’égouts en raison de cross connections (détérioration des 2 canalisations). • En milieu rural, l’eau de puits souvent utilisée pour la consommation est contaminée par l’infiltration d’eau des fosses septiques généralement creusées non loin des puits. • Les vibrions cholériques peuvent survivre plusieurs jours dans l’eau 40 Prophylaxie • Prophylaxie basée : 1- essentiellement sur l’hygiène individuelle et celle du milieu. En dehors des épidémies, un contrôle permanent de l’eau utilisée pour la consommation domestique doit être effectué (eau de canalisation ou eau de puits). Au cours des épidémies pour éviter l’extension de la maladie on doit d’une part effectuer des enquête pour déterminer la source de la contamination. Dépistage et traitement antibiotiques des porteurs sains.reçoivent alors une antibiothérapie. 2-Vaccination 41 Traitement • Basé essentiellement sur la réhydratation du malade. • L’antibiothérapie n’a qu’un intérêt épidémiologique. • Les antibiotiques utilisés sont les tétracyclines chez l’adulte et les furanes chez l’enfant. • Il est recommandé de tester la sensibilité aux antibiotiques des souches isolées vu que des souches multi résistantes aux antibiotiques ont été isolées. 42 III-BACILLES À GRAM- NÉGATIF NON FERMENTAIRES Généralités • Les bacilles à Gram négatif non fermentaires sont des bactéries aérobies strictes qui se développent habituellement sur milieu ordinaire et qui sont caractérisées par un mode de production énergétique ne faisant pas intervenir la fermentation. • Ces germes sont pour la plupart des pathogènes opportunistes dont l’habitat naturel est le milieu extérieur. • Pseudomonas - Burkholderia - Comamonas uploads/Sante/ 13-classification-des-bacteries-d-x27-interet-medical-les-bacilles-a-gram-non-exigeants.pdf