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Préface Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi-Thabet Réalisé par: Zai

Préface Ecole Nationale de Médecine Vétérinaire de Sidi-Thabet Réalisé par: Zaidi Riadh Hôpital Régional de Sidi Bouzid Rapport de Stage au Service de Bactériologie-Parasitologie de L'Hôpital Régional de Sidi Bouzid Les Travaux de stage en 3ième année d'études vétérinaires portent sur l'approfondissement des connaissances sur un module de poids lourd; c'est la microbiologie, faisant appel à plusieurs branches médicales : Bactériologie, Immunologie, Parasitologie, à l'Hôpital régional de Sidi-Bouzid - où a été effectué mon stage- il était prévu qu'on aborde de façon pratique la bactériologie médicale et ses méthodes diagnostiques pendant 2 semaines. Pendant cette période, l'équipe du labo va me familiariser avec plusieurs notions importantes: Analyses bactériologiques de prélèvements divers, antibiogramme, coprologie parasitaire, Stage en Microbiologie PV2 2 Stage en Microbiologie PV2 3 Sommaire I. PRÉSENTATION DE L'ÉTABLISSEMENT 3 1) L'HÔPITAL RÉGIONAL DE SIDI BOUZID 3 2) LE LABORATOIRE DES ANALYSES BACTÉRIOLOGIQUES ET DE PARASITOLOGIE CLINIQUE 4 II. SERVICE DE BACTÉRIOLOGIE MÉDICALE 4 3) PRÉSENTATION 4 4) LES ÉTAPES DE RECHERCHE BACTÉRIOLOGIQUES 5 A) ECBU 12 B) HÉMOCULTURE 16 C) COPROCULTURE 18 D) EXAMEN BACTÉRIOLOGIQUE DES PRÉLÈVEMENTS GÉNITAUX ET URÉTRAUX : 20 E) EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DU LIQUIDE CÉPHALORACHIDIEN : 21 F) EXAMEN BACTÉRIOLOGIQUE DE L’ASCITE 21 G) EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DU PUS 22 III. SERVICE DE PARASITOLOGIE 23 A) VITESSE DE SÉDIMENTATION 23 B) LABSTIX 23 C) COPROLOGIE PARASITAIRE 24 D) PROTÉINE 24H 27 E) TEST DE GROSSESSE 27 IV. CONCLUSION 28 Stage en Microbiologie PV2 4 I. L'Hôpital régional de Sidi Bouzid L'Hôpital régional de Sidi Bouzid est un établissement sanitaire sous la direction de la ministère de santé publique qui est construit en 1970 et qui offre le service médical pour n habitants Adresse Route de Gafsa 9100 SIDI BOUZID Téléphone: 76632500 Fax: 76634368 II. le Laboratoire des analyses Bactériologiques et de Parasitologie clinique Le laboratoire de microbiologie à l'hôpital régional de Sidi Bouzid est un salle unique bien équipée ou sont réalisés plusieurs tests d'analyses et de diagnostic médicaux dans le but d'établir un diagnostic de certitude pour des patients I. Présentation de l'établissement Stage en Microbiologie PV2 5 III. IV. Présentation le service de bactériologie se compose d'une seule salle ou sont réalisés plusieurs tests diagnostiques Matériels utilisé: Une étuve : C’est un appareil de chauffage permettant de maintenir une température de 37°C 1 hotte 1 microscope 1 réfrigérateurs 1 bouteille à gaz 1 becs bunsen Les différents milieux de géloses utilisés : Les géloses et les autres milieux de galerie biochimique sont préparés dans une salle voisine il y en a plusieurs types Gélose ordinaire Gélose au sang Gélose au chocolat Gélose Chapman Gélose SS = gélose Salmonella- Shigella V. Les étapes de recherche bactériologiques les échantillons sont prélevés avec des instruments stériles dans un récipient stérile. Chaque prélèvement est accompagné d’une fiche de renseignements concernant le patient. Le matériel a-Les tubes à visser Il existe des pots stériles à bouchon à visser pour l’ensemble des prélèvements y compris les urines, les selles... b-Les tubes sous vide Les tubes sous vide sont essentiellement utilisés pour les prélèvements de sang, de liquides pleuraux c-les seringues utilisées pour une ponction de pus d’abcès et/ou d’une collection de liquide… d- les écouvillons Les différents prélèvements 1- L’urine L’urine sera recueillie dans des facons stériles, Un prélèvement d’urines est à acheminer dans les plus brefs délais ou à réfrigérer. II. Service de Bactériologie Médicale III. les prélèvements Stage en Microbiologie PV2 6 2- Le sang Le sang devrait être prélevé dans des tubes à EDTA (éventuellement au citrate) et envoyé rapidement au laboratoire. Cependant, la meilleure technique consiste à acheter des flacons spéciaux pour hémocultures. 3- Les pus Tout prélévement de pus sera fait dans un pot stérile ou à la seringue. Alternativement, un écouvillon de pus pourra être envoyé au laboratoire. Cependant, dans ce dernier cas, il faut veiller à ce qu’une quantité suffisante de matériel soit prélevée. 4- Les crachats les crachats seront également prélevés dans des pots stériles. Pour les jetages, un moyen facile et usuel est l’écouvillon. 5- Les matières fécales En ce qui concerne les matières fécales, on les prélève dans un pot hermétiques 6- Les poils, les prélèvements cutanés Les prélèvements cutanés secs et les poils seront effectués par grattage avec un instrument stérile et recueillis dans des pots stériles ou une boîte de Pétri stérile. Les prélèvements cutanés humides sont faits à l’écouvillon. 7- Le liquide céphalo-rachidien, les liquides pleuraux ou péritonéaux. Le LCR et les liquides internes, prélevés à la seringue seront ensuite transvasés stérilement dans des tubes étanches. la technique se fait en suivant ces étapes: Réaliser un frottis et le fixer. Recouvrir la lame de violet de gentiane phéniqué durant une minute. Toutes les bactéries prennent ce colorant et sont donc colorées en violet. Jeter l’excédent, rincer à l’eau du robinet et recouvrir la lame de réactif de Lugol Laisser agir 1 minute. Rejeter l’excédent et rincer à l’eau Recouvrir d’alcool pendant quelques secondes puis rincer à l’eau du robinet immédiatement Recouvrir de Fuschine diluée au 1/20ème pendant une minute Rincer à l’eau du robinet et sécher entre deux feuilles de papier absorbant. Observer à l’objectif 100 à immersion , à pleine lumière. La coloration de Giemsa D'abords Réaliser un frottis et le fixer Recouvrir de solution de Giemsa (diluée) et laisser colorer 30 minutes. On peut également utiliser une cuve à coloration. Eliminer le colorant et rincer à l’eau tamponnée. Rincer ensuite à l’eau du robinet. Sécher entre deux feuilles de papier absorbant et observer à l’objectif 100 à immersion. La coloration de Ziehl Technique Réaliser un frottis et le fixer. Ce frottis ne doit être ni trop fin, ni trop épais. IV. observation au microscope Stage en Microbiologie PV2 7 Recouvrir complètement la lame de fuschine de Ziehl concentrée et chauffer la lame. Ce chauffage se fait à l’aide d’un bec Bunsen en faisant un mouvement de va et vient jusqu'à émission de vapeurs blanches. Eliminer le surplus de colorant, laisser refroidir un peu la lame et rincer à l’eau du robinet. Recouvrir la préparation d’une solution d’acide sulfurique au 1/4 (ou d’acide nitrique au 1/3) pendant 40 secondes à 1 minute. Rincer à l’eau du robinet Recouvrir de bleu de méthylène pendant 1 minute. Rincer à l’eau du robinet et sécher entre feuilles de papier absorbant. Observer à l’objectif 100 à l’immersion. Les bactéries acido-resistantes apparaissent roses, les autres apparaissent bleus. afin de pouvoir identifier une espèce bactérienne de façon convenable, , on multiplie la souche en réalisant des ensemencements sur une gélose ou dans un milieu liquide adapté. La technique d’ensemencement d’un bouillon: - Stériliser l’instrument servant à prendre la souche bactérienne d’origine (pipette dans le cas de bouillon, anse dans le cas d’une colonie) - Prélever la souche à ensemencer - Stériliser l’ouverture du flacon de bouillon stérile - Ensemencer le bouillon à l’aide du prélèvement effectué précédemment - Re-stériliser l’ouverture du flacon de bouillon - Stériliser l’instrument Il ne reste plus qu’à incuber dans les conditions optimales dans une étuve à 37°C pendant 24h Isolement bactérien C’est le type de base des ensemencements. En effet, il permet d’obtenir des colonies isolées, donc d’obtenir des cultures pures d’une espèce bactérienne. Le principe de ce type d’ensemencement est d’épuiser un dépôt initial en faisant des étalements successifs dans différentes directions "épuisement": 4 ou 5 étalements successifs après incubation, la boîte doit présenter des colonies isolées en son centre : Ensemencements pour numération bactérienne - S'il est nécessaire de connaître la charge bactérienne d’un prélèvement. On réalise pour cela des numérations. Cette technique très utilisée pour l’analyse des urines est l’utilisation d’une anse calibrée (5 ou 10 µl en plastique et à usage unique). V. ensemensement Stage en Microbiologie PV2 8 Après chargement de l’anse, on effectue un trait d’ensemencement selon un diamètre (environ 2/3 de celui-ci) afin de décharger l’anse. Ensuite, on effectue des stries perpendiculaires afin de l’étaler. Après incubation, une comparaison du résultat obtenu avec des abaques de lecture donne une bonne estimation de la densité bactérienne : L’ensemencement pour antibiogramme Avec ce dernier type d’ensemencement, En effet, il permet de réaliser une analyse fort importante pour le praticien : l’antibiogramme A l’aide de cette technique, on obtient après incubation un tapis bactérien, - On réalise dans un premier temps une dilution appropriée de la souche à tester - On inonde ensuite la boîte de gélose avec cette dilution. On laisse reposer quelques minutes. - On aspire ensuite tout le liquide présent à l’aide d’une pipette Pasteur. - On laisse sécher 15 minutes à l’étuve ou près du bec de gaz, boîte légèrement ouverte. - Ensuite, on dépose les disques d’antibiotique (antibiogramme) Stage en Microbiologie PV2 9 La forme: Bombée et plate, en oeuf sur le plat Le contour: bords réguliers (= nets) et celles à bords irréguliers La taille: Colonies ponctiformes : Colonies à peine visibles, dont la taille est inférieure au millimètre Petites colonies : Colonies dont le diamètre est compris entre 1 et 2 mm Colonies moyennes : Colonies dont le diamètre est compris entre 3 et 5 mm Grosses uploads/Sante/ rapport-de-stage-preface.pdf