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: Acides nucléiques, contrôle 2012 -- Acides nucléiques, contrôle 2008 - - Contrôle 1 du module 'Biochimie structurale, partie acides nucléiques, 2012, Filère 'sciences de la vie', Faculté des Sciences, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, durée 30 minutes) ---- Réponses brèves Un fragment de restriction 'X' est obtenu après hydrolyse complète d'un génome viral par endonucléase de restriction EcoRI. La taille de ce fragment a été estimée par électrophorèse à 210 paires de bases (pb). Dans le but de l'étudier, le fragment 'X' a été isolé et purifié du reste du génome viral. Par la suite, ce fragment a été soumis à son tour à deux types d'hydrolyse par une nouvelle endonucléase de restriction appelée BamHI: - Une hydrolyse complète (les conditions sont telles que tous les sites de restriction BamHI sont coupés). - Une hydrolyse partielle (les conditions sont telles que le nombre de sites coupés par BamHI varie entre zéro à plusieurs coupures par molécules). Le diagramme ci contre représente les résultats obtenus après analyse électrophorétique de: - (a): L'ADN 'X' natif (non coupé par BamHI. - (b): L'ADN 'X' après hydrolyse complète parBamHI. - (c): L'ADN 'X' après hydrolyse partielle parBamHI. Les chiffres de 30 à 210 indiquent la taille en pb correspondant aux différentes bandes observées. Question 1:Question 1: Question 1: Pour l'ADN 'X', représenter la carte de restriction en précisant l'emplacement des sites de coupures par EcoRI et BamHI. D'après la carte établie, quelle est la caractéristique particulière de l'ADN 'X'? (c'est à dire: comment est-il organisé?) Question 3:Question 3: Question 3: Si les produits de l'hydrolyse complète par BamHI (fragments de 30 pb de longueur) sont analysés par la méthode de séquençage Sanger, combien de séquences primaires différentes peut-ton trouver? Justifier votre réponse. Question 4:Question 4: Question 4: L'analyse de la composition de l'ADN 'X' montre un rapport (A+T)/(G+C) = 2. a) En déduire les pourcentages en A, T, C et G de cet ADN. b) Quelle sera sa Tm, sachant que: Tm en °C = 69,3 + 0,41 % (G + C). c) Représenter la courbe de dénaturation thermique de l'ADN 'X' en partant d'une solution d'ADN natif à 50 µg/ml. La courbe doit être correctement légendée. d) Compte tenu de son organisation particulière, à quoi doit-on s'attendre si l'ADN 'X' est lentement renaturé?. Réponses brèves--Réponses brèves -- Réponses brèves -- Revenir au contrôle 2012Revenir au contrôle 2012Revenir au contrôle 2012 Avertissement: Les éléments d'information ci joints ne peuvent constituer les réponses complètes aux questions posées, considérant d'éventuels manques de précisions que le responsable de l'épreuve pourrait fournir suite à la demande des étudiants. En attente Contrôle 1 du module 'Biochimie structurale, partie acides Contrôle 1 du module 'Biochimie structurale, partie acides Contrôle 1 du module 'Biochimie structurale, partie acides nucléiques,2008,Filère 'sciences de la vie', Faculté des Sciences, nucléiques, 2008, Filère 'sciences de la vie', Faculté des Sciences, nucléiques, 2008, Filère 'sciences de la vie', Faculté des Sciences, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, durée 60 minutes) ----Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, durée 60 minutes) ----Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc, durée 60 minutes) ---- Réponses brèvesRéponses brèvesRéponses brèves Un fragment de DNA X a été séquencé par la méthode de Sanger. Le résultat obtenu est représenté par la figure ci dessous. Le sens de la migration électrophorétique est signalé par la flèche orientée vers le bas : Que représentent les Question 1Question 1Question 1 bandes visibles sur l'autoradiogramme ? : Où se situe la différence Question 2Question 2Question 2 entre le ddATP et le dATP ? : Dans la réaction Question 3Question 3Question 3 contenant du ddATP, quels sont les points communs (identiques) entre les différents produits de la réaction ? : Mise à part la Question 4Question 4Question 4 complémentarité avec le brin matrice, quels sont les points communs entre l'ensemble des produits obtenus au niveau des quatre réactions ? : Déduire à partir de cette Question 5Question 5Question 5 figure la séquence nucléotidique du brin matrice correspondant au DNA X. Question 6: Quel est le pourcentage en G + C du DNA X ? Le DNA X analysé ci dessus, provient d'un organisme eucaryote. Il représente une seule unité de répétition en série formant un DNA nettement plus long: c'est le DNA L (ou 'Ladder'). Le DNA L est un DNA hautement répété où les unités de DNA X se retrouvent répétées plusieurs milliers de fois. Le DNA L a été isolé par ultracentrifugation isopycnique. L'étude de la variation de l'absorbance à 260 nm est menée en fonction de la température (entre 20°C et 100°C). Cette étude fait apparaître une augmentation brutale de l'absorbance suivie d'une stabilisation. : Que représente l'augmentation de l'absorbance ?. Question 7Question 7Question 7 Cette augmentation révèle-t-elle une modification structurale du DNA ? Laquelle ? : Connaissant la Tm du poly-dAT (63,3°C) et du poly-Question 8Question 8Question 8 dGC (110°C), pouvez- vous prédire (déterminer) la Tm du DNA L ?. Justifier votre réponse. : Que représente la valeur Tm du DNA L au niveau Question 9Question 9Question 9 structural ? : A partir des résultats obtenus, serait-il possible de Question 10Question 10Question 10 déterminer la densité en g/cm3 du DNA L ?. Justifier votre réponse. : Le DNA X et le DNA L sont dénaturés séparément et Question 11Question 11Question 11 renaturés par chauffage puis refroidissement lent. Lequel des deux DNA reformera le plus souvent la molécule d'origine ?. Justifiez votre réponse. Réponses brèves -- Revenir au contrôle 2008 Avertissement: Les éléments d'information ci joints ne peuvent constituer les réponses complètes aux questions posées, considérant d'éventuels manques de précisions que le responsable de l'épreuve pourrait fournir suite à la demande des étudiants. : Les bandes visibles sur l'autoradiogramme Question 1Question 1Question 1 représentent l'emplacement des fragments d'ADN complémentaires à l'ADN matrice et synthétisés par la DNA polymérase en présence de quatre désoxyribonucléotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) auxquels sont ajoutés de faibles concentrations de l'un des quatre didésoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP). Le marquage radioactif (32P) porte sur le phosphore de l'amorce Le principe du séquençage de l'ADN par la méthode de Sanger, consiste à initier la polymérisation de l’ADN à l'aide d'un petit oligonucléotide (amorce) complémentaire à une partie du fragment d’ADN à séquence (matrice)r. L’élongation de l’amorce est réalisée par le fragment de Klenow (une ADN polymérase I dépourvue d’activité exonucléase 5’->3’) ou une ADN polymérase thermostable utilisée pour la PCR. Les quatre désoxyribonucléotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) sont ajoutés, ainsi qu’une faible concentration de l'un des quatre didésoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP) : La différence entre le ddATP et le dATP se situe au Question 2Question 2Question 2 niveau d'un manque de OH sur le carbone 3' du désoxyribose du ddATP ('faux nucléotide' non reconnu par la DNA polymérase, la polymérisation s'arrête dès qh'elle bute contre le didésoxyribonucléotide). : Dans la réaction contenant du ddATP, les points Question 3Question 3Question 3 communs (identiques) entre les différents produits de la réaction sont le port d'une extrémité à ddATP non reconnu par la DNA polymérase. : Les points communs entre l'ensemble des produits Question 4Question 4Question 4 obtenus au niveau des quatre réactions, mise à part la complémentarité avec le brin matrice, sont: 1/ la terminaison des fragments d'ADN synthétisé par l'un des quatre didésoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP), 2/ Tous les produitd sont prteurs de la radioactivité 32P. : La séquence nucléotidique du brin matrice Question 5Question 5Question 5 correspondant au DNA X est: - Séquence néosynthétiséé: lecture du bas du gel (extrémité 5') vers le haut (extrémité 3'): 5'TAGCGATGCTTCAATGCTATCCGTCAGCC3' - Séquence recherchée: 3'ATCGCTACGAAGTTACGATAGGCAGTCGG5' soit: 5' GGCTGACGGATAGCATTGAAGCATCGCTA3' : Pourcentage en G + C du DNA X: 51,7% Question 6Question 6Question 6 Question 7: L'augmentation de l'absorbance à 260 nm en présence du chaffage représente l'effet hyperchrome ou hyperchromicité et correspond à la dénaturation de l'ADN par altération de la structure secondaire (les liaisons hydrogène entre les bases sont coupées, ...). La température correspondante à l'augmentation de la densité optique à 260 nm est la température de fusion (Tm) de l'ADN : Connaissant la Tm du poly-dAT (63,3°C) et du poly-Question 8Question 8Question 8 dGC (110°C), pouvez- Prédiction de la Tm du DNA L: environ 87,5°C : La valeur Tm du DNA L représente au niveau structural Question 9Question 9Question 9 la richesse en CG. Plus un ADN est riche en CG, plus sa Tm est élevée. En effet, il y'a 3 liaisons hydrogène en C et G et uniquement 2 liaisons hydrogène entre A et T. uploads/Finance/ controle-acides-nucleiques-pdf.pdf