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Introduction au diagnostic des infections bactériennes «approche syndromique» T

Introduction au diagnostic des infections bactériennes «approche syndromique» Travaux dirigés 4ème année pharmacie – Année universitaire 2018 / 2019 D. MOHAMMEDI – S. MAHRANE – H. TALI MAAMAR 1 Introduction L'analyse microbiologique (et biologique) d'un prélèvement est un acte médical, sous la responsabilité d'un professionnel de la santé médecin ou pharmacien microbiologiste (NORME ISO 15189). Intérêts: • Diagnostic mise en évidence de l'agent causal: diagnostic de certitude • Pronostic quantification de l`agent responsable, suivi des patients • Thérapeutique réalisation de tests de sensibilité, 2 Objectifs: Etablir le lien entre les étiologies, le(s) site(s) infectieux et les prélèvements pour faire un diagnostic au laboratoire. Autrement dit : devant un syndrome infectieux il faut connaitre …. • Quels sont les prélèvements à réaliser? • Quels sont les tests à utiliser? • Quels sont les germes à rechercher? 3 Plan I- Les étapes de l'analyse microbiologique: I.1- Etape pré-analytique I.2- Etape analytique I.3- Etape post-analytique II- Les approches du diagnostic microbiologique II.1- Diagnostic direct a- Culture b- Mise en évidence de l'ADN c- Antigènes solubles II.2- Diagnostic indirect III- Principaux syndromes infectieux: 1- Méningites 2- Septicémies 3- Infections urinaires 4- Infections respiratoires 5- Infections gastro-entériques 6- Infections génitales 7-Suppurations 4 Plan I- Les étapes de l'analyse microbiologique: I.1- Etape pré-analytique I.2- Etape analytique I.3- Etape post-analytique II- Les approches du diagnostic microbiologique II.1- Diagnostic direct a- Culture b- Mise en évidence de l'ADN c- Antigènes solubles II.2- Diagnostic indirect III- Principaux syndromes infectieux: 1- Méningites 2- Septicémies 3- Infections urinaires 4- Infections respiratoires 5- Infections gastro-entériques 6- Infections génitales 7-Suppurations 5 I- Les étapes de l'analyse microbiologique I.1- Etape pré-analytique • Cette étape comporte 5 phases: 1- Prescription 2- Recueil des renseignements cliniques 3- Réalisation du prélèvement 4- Transport et conservation de l'échantillon 5- Enregistrement de l'échantillon 6 Fiche de renseignement Réalisation du prélèvement Prescription médicale Enregistrement au laboratoire Conservation Transport 7 I- Les étapes de l'analyse microbiologique: I.1- Etape pré-analytique Phase Outil Intervenant Intérêt 1- Prescription Ordonnance Médecin traitant Aspect médico-légal 2- Recueil des renseignements cliniques Fiche de renseignements Médecin traitant Microbiologiste -Conditionnent la qualité des résultats de l'analyse. -Respect des normes de soins et d'hygiène 3- Réalisation du prélèvement Ecouvillon Tube stérile Seringue …. Médecin traitant Infirmier Microbiologiste 4- Transport et conservation de l'échantillon Milieu de transport +/- Température Infirmier Coursier / convoyeur 5- Enregistrement de l'échantillon Registre Microbiologiste Archivage et la traçabilité au laboratoire 8 I- Les étapes de l'analyse microbiologique: I.1- Etape pré-analytique Type de prélèvement Conditions de transport et de conservation Observation LCR Eviter le froid et la dessication, 37C ou Temp. ambiante Pour la PCR la conservation peut se faire á +4C Hémoculture 37°C Nécessite une incubation avant repiquage Urine +4C, acheminement dans les 2heures qui suivent le prélèvement Possibilité d’utiliser un milieu de transport Selles (coproculture) +4C, acheminement dans les 2heures qui suivent le prélèvement Suppurations Conditions variables selon le type de suppuration (pus superficiel ou profond) 9 I- Les étapes de l'analyse microbiologique I.2- Etape analytique • C'est l'analyse proprement dite de l'échantillon, qui comprend plusieurs étapes, dont certaines sont communes a tous les prélèvements. C'est une: Etude cytobactériologique de l'échantillon Par exemple: • ECBU • ECB crachat • ECB de Liquide céphalo-rachidien …. Etude bactériologique de l'échantillon Par exemple: • Coproculture • Prélèvement de gorge …. 10 I- Les étapes de l'analyse microbiologique I.3- Etape post-analytique • Interprétation des résultats de l'analyse. Ceci correspond a la lecture des différents tests (identification des bactéries, lecture des numérations, antibiogrammes, …) • Validation et transmission des résultats au prescripteur. Le microbiologiste doit valider les résultats en les signant et en y apposant sa griffe. Par la suite les transmettre au demandeur en cas d'urgence. • Archivage du résultat. Les doubles des résultats d`analyses, sont classés et archivés dans des classeurs ou boites à archives. 11 Prescription médicale Fiche de renseignement Réalisation du prélèvement Analyse microbiologique La qualité des prélèvements!! Compte rendu de résultat 12 Plan I- Les étapes de l'analyse microbiologique: I.1- Etape pré-analytique I.2- Etape analytique I.3- Etape post-analytique II- Les approches du diagnostic microbiologique II.1- Diagnostic direct a- Culture b- Mise en évidence de l'ADN c- Antigènes solubles II.2- Diagnostic indirect III- Principaux syndromes infectieux: 1- Méningites 2- Septicémies 3- Infections urinaires 4- Infections respiratoires 5- Infections gastro-entériques 6- Infections génitales 7-Suppurations 13 II- Les approches du diagnostic microbiologique II.1- Diagnostic direct • But: mise en évidence du germe vivant, de ses constituants ou bien de son génome (ADN) Examens microscopiques à partir des prélèvements: - Etat frais. Il se fait entre lame et lamelle ou bien sur hématimètre. Il permet de faire une numération des bactéries et des cellules. - Après coloration. Coloration de Gram (affinité morpho-tinctoriale des bactéries), coloration au bleu de méthylène (type de cellules). - Cas particulier de la coloration de Ziehl Neelsen pour le diagnostic BAAR (tuberculose). - Autre: immunofluorescence direct (Chlamydia trachomatis) 14 II- Les approches du diagnostic microbiologique II.1- Diagnostic direct Culture - Les milieux et les conditions d'incubation doivent être adaptés aux exigences du germe recherché. - Permet de faire des tests de sensibilité aux antibiotiques Antigènes solubles - pallier aux délais d'incubation, en donnant un résultat rapide. - Permettre le diagnostic des infections décapitées Génome - Permet de pallier aux délais d'incubation, en donnant un résultat rapide. 15 Méthodes du diagnostic direct Avantages Limites Examen microscopique Rapide Facile Examen d’orientation de diagnostic Subjectif Faible valeur prédictive(positive ou négative) Culture Identification de l’espèce Réalisation des tests de sensibilité aux antibiotiques Génotypage des souches -Lenteur du diagnostic -Germes à croissances lentes ou difficiles -Germes non cultivables -Faux négatifs (infections décapitées) Antigènes solubles -Tests rapides -Diagnostic des infections décapitées -Peuvent être effectués au lit du malade -Technicité basique -Problèmes de sensibilité et spécificité -Ne permettent pas de faire les tests de sensibilité Le génome -Techniques relativement rapides -Recherche plusieurs cibles à la fois (PCR multiplex) -Diagnostic des infections décapitées -Locaux et équipements spécifiques -Personnel qualifié -Techniques onéreuses 16 II- Les approches du diagnostic microbiologique II.2- Diagnostic indirect • But: mise en évidence des anticorps antimicrobiens dans le sang. Fait partie du diagnostic sérologique. • Indications: • lorsque l'agent causal n'est pas cultivable, le prélèvement inaccessible ou trop invasif, ou bien encore pour un diagnostic rétrospectif. • Evaluation du statut vaccinal (sujet sain). • Inconvénients: • n'est réalisable qu'à partir de 8 à 10 jours après le début de l'infection, en raison de la réaction immunitaire. • Interprétation difficile parfois, en raison des réactions croisées. 17 Sérologies utiles au diagnostic Sérologies discutées selon le contexte clinique Sérologies ayant peu d'intérêt ou inutiles pour le diagnostic Brucella Chlamydia trachomatis Bordetella pertussis Francisella Corynebacterium diphteriae Haemophilus spp. Helicobacter pylori (enfant) Helicobacter pylori (adulte) Klebsiella spp. Leptospira Mycoplasma pneumoniae Listeria spp. Treponema pallidum Salmonella Mycoplasmes génitaux Bartonella Yersinia Streptocoques Coxiella burnetii Neisseria gonorrhoeae 18 Plan I- Les étapes de l'analyse microbiologique: I.1- Etape pré-analytique I.2- Etape analytique I.3- Etape post-analytique II- Les approches du diagnostic microbiologique II.1- Diagnostic direct a- Culture b- Mise en évidence de l'ADN c- Antigènes solubles II.2- Diagnostic indirect III- Principaux syndromes infectieux: 1- Méningites 2- Septicémies 3- Infections urinaires 4- Infections respiratoires 5- Infections gastro-entériques 6- Infections génitales 7-Suppurations 19 III- Principaux syndromes infectieux 1- Méningites • Définition: La méningite infectieuse est une atteinte des méninges, membranes recouvrant le cerveau et la moelle épinière. • Rappel clinico-épidémiologique: • maux de tête, fièvre, raideur de la nuque, photophobie, nausées, vomissements, somnolence et confusion. • facteurs de risque: déficits immunitaires, asplénique, … • touche les enfants, les adolescents et les jeunes adultes. • caractère épidémique de certaines espèces. 20 III- Principaux syndromes infectieux 1- Méningites Etiologies bactériennes • Etiologies virales: Enterovirus, Herpesvirus, virus des oreillons, virus varicelle-zona, ….. • Etiologies fongiques: Cryptococcus neoformans…. Méningites communautaires Adultes et enfants Nouveau né Streptococcus pneumoniae Neisseria meningitidis Haemophilus influenzae b Streptococcus agalactiae (B) E. coli K1 Listeria monocytogenes Méningites nosocomiales Entérobactéries, Pseudomonas, Acinetobacter, Staphylocoques, Entérocoques………. 21 • Diagnostic bactériologique: • Prélèvement  Liquide céphalo- rachidien (ponction lombaire) • Analyse  ECB de LCR III- Principaux syndromes infectieux 1- Méningites 22 Démarche d’un ECB de LCR III- Principaux syndromes infectieux 1- Méningites 23 III- Principaux syndromes infectieux 2- Septicémies • Définition: c'est le passage de la bactérie dans la circulation sanguine avec syndrome infectieux. • Rappel clinico-épidémiologique: • fièvre persistante d'origine indéterminée, frissons, pouvant donner un choc septique (choc endotoxinique). • Secondaires à une infection (notion porte d'entrée) 24 III- Principaux syndromes infectieux 2- Septicémies • Etiologies: Bactéries pathogènes spécifiques Bactéries opportunistes Bactéries commensales Neisseria meningitidis Streptococcus pneumoniae Salmonelle Typhi , Paratyphi Streptococques des groupes A et B Haemophilus infleunzae Brucella spp. Listeria monocytogenes Staphylococcus aureus Escherichia coli Pseudomonas aeruginosa Acinetobacter baumannii Campylobacter sp Staphylocoque à coagulase négative Bacillus spp. Corynebactrium spp. Propionibacterium spp. Micrococcus spp. 25 III- Principaux syndromes infectieux 2- Septicémies • Diagnostic bactériologique: • Prélèvement Sang • Analyse Hémoculture 26 III- Principaux syndromes infectieux 2- Septicémies Diagnostic bactériologique Incubation Incubation des flacons à l’étuve à 35°C Surveillance quotidienne des flacons à la recherche de signes de positivité : hémolyse, trouble, pains de mie Ou présence de culture au niveau de la uploads/Sante/ approche-syndromique.pdf