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Tutoriel Projet ANR Génomique MétaQTL BioMercatorV Olivier Sosnowski Johann Joets Tutoriel version novembre Novembre CSommaire Projet ANR Génomique MétaQTL Introduction Ouverture des ?chiers de données Visualisation des cartes Représentation d'une carte c

Projet ANR Génomique MétaQTL BioMercatorV Olivier Sosnowski Johann Joets Tutoriel version novembre Novembre CSommaire Projet ANR Génomique MétaQTL Introduction Ouverture des ?chiers de données Visualisation des cartes Représentation d'une carte complète Zoom individuel Représentation par chromosome Analyses BioMercator v Compilation de cartes Méta analyses de Qtls Analyses MetaQTL Véri ?cation des connexions entre les cartes InfoMap Comparaison de cartes MMapView Création de la carte consensus ConsMap Projection de Qtls QTLProj Méta analyse de Qtls QTLClust QTLTree Méta analyses Visualisation des modèles Export en ?chiers images CIntroduction Ce tutoriel va vous guider pas à pas dans toutes les fonctionnalités de BioMercator V a ?n que vous puissiez vous familiariser avec ce logiciel Les ?chiers de données utilisées par ce tutoriel se trouvent dans le dossier 'sample' Voici une liste de ces ?chiers Fichiers au format BioMercatorV ? Fichier de carte sample Format standard BioMercatorV txt ? Fichier de Qtls sample Format standard BioMercatorV txt Fichiers au format BioMercatorV ? Fichier de carte sample Format BioMercatorV txt ? Fichier de Qtls sample Format BioMercatorV txt Fichiers au format XML d'échange BioMercatorV ? Fichiers de carte sample Format standard BioMercatorV map txt ? Fichier de Qtls sample Format standard BioMercatorV qtl txt Fichiers au format XML MetaQTL ? Fichiers de carte Qtls inclus sample Format MetaQTL XML data ? Fichier d'ontologie tutoriel MetaQTL Format MetaQTL XML ontology xml Ouverture des ?chiers de données Lors de la première ouverture du logiciel l'espace de travail ou Workspace est complètement vide Fig Logiciel au démarrage Nous allons commencer par charger les ?chiers de cartes génétique au format MetaQTL L'assistant est accessible dans le menu 'Fichier' 'Ouvrir' sélectionner 'Nouveau Projet' et le nommer 'data' Le format standard de ce logiciel est le format texte tabulé BioMercatorV Pour le moment le tutoriel est basé au départ sur format XML de MetaQTL mais la version suivante le sera sur le format standard CFig Chargement de ?chier ?? Étape La fenêtre suivante permet de parcourir le disque dur pour chercher les ?chiers de données L'assistant peut charger di ?érents types de ?chiers et chacun est présent en di ?érents exemplaires dans le répertoire du tutoriel ? Le format standard BioMercatorV tabulé de carte ? Le format standard BioMercatorV tabulé de qtls ? Le format XML BioMercatorV d'échange ? Le format BioMercatorV tabulé de cartes ? Le format BioMercatorV tabulé de qtls Cliquer sur 'Parcourir' sélectionner tous les ?chiers XML fournis maintenir 'shift' ou 'Control' appuyé pour sélectionner plusieurs ?chiers Fig Chargement de ?chier ?? Étape CFig Chargement de ?chier ?? Étape Après validation une description de toutes les cartes chargées s'a ?che Fig Chargement de ?chier ?? Étape Une fois cette fenêtre fermée cliquer sur 'Terminer' le projet 'data' contenant les cartes est maintenant disponible dans l'espace de travail Fig Chargement de ?chier ?? Étape CA ?n de montrer le fonctionnement de l'assistant l'étape suivante sera de charger plusieurs cartes provenant de plusieurs formats de ?chiers di ?érents Ouvrir l'assistant de la même façon que précédemment choisir un nouveau projet