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HAL Id: tel-01828072 https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01828072 Submitted on 3 Jul 2018 HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers. L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés. CARACTERISATION BIOCHIMIQUE ET STRUCTURALE DE BACTERIOCINES CIBLANT LE METABOLISME DU PEPTIDOGLYCANE BACTERIEN, ALTERNATIVE POTENTIELLE AUX ANTIBIOTIQUES. Dimitri Cherier To cite this version: Dimitri Cherier. CARACTERISATION BIOCHIMIQUE ET STRUCTURALE DE BACTERI- OCINES CIBLANT LE METABOLISME DU PEPTIDOGLYCANE BACTERIEN, ALTERNATIVE POTENTIELLE AUX ANTIBIOTIQUES.. Biochimie, Biologie Moléculaire. Université Paris-Saclay, 2017. Français. NNT : 2017SACLS529. tel-01828072 NNT : 2017SACLS529 Caractérisation biochimique et structurale de bactériocines ciblant le métabolisme du peptidoglycane bactérien, alternative potentielle aux antibiotiques. Thèse de doctorat de l'Université Paris-Saclay Préparée à l’Université Paris-Sud École doctorale n°569 : Innovation thérapeutique : du fondamental à l'appliqué (ITFA) Spécialité de doctorat : Biochimie et Biologie structurale Thèse présentée et soutenue à Orsay, le 14 Décembre 2017, par Dimitri Chérier Composition du Jury : Nicolas Bayan Professeur, Université Paris-Sud (–UMR9198-I2BC) Président Ivo Gomperts Boneca Directeur de recherche INSERM, Institut Pasteur Rapporteur Jean-Emmanuel Hugonnet Maître de conférences, Université Pierre et Marie Curie (–UMRS 1138) Rapporteur Didier Hilaire Expert confirmé en biologie, Direction Générale de l’Armement (–DGA Maîtrise NRBC) Examinateur Sylvie Rebuffat Professeur, Muséum National d’Histoire Naturelle (– UMR 7245 CNRS-MNHN) Examinatrice Hélène Barreteau Maître de conférences, Université Paris-Sud (– UMR9198-I2BC) Directrice de thèse Dominique Mengin-Lecreulx Directeur de recherche CNRS (– UMR9198-I2BC) Invité 2 REMERCIEMENTS Je tiens tout d’abord à remercier Monsieur Ivo Gomperts Boneca et Monsieur Jean-Emmanuel Hugonnet d’avoir accepté d’être rapporteur de ce travail. Je remercie également Madame Sylvie Rebuffat et Messieurs Nicolas Bayan et Didier Hilaire d’avoir accepté de faire partie de mon jury de thèse et d’avoir accepté d’évaluer ce travail. Je tiens également à adresser ces remerciements à la Direction Générale de l’Armement, qui m’a permis de réaliser ce doctorat en m’accordant un financement de 3 ans. Je tiens ensuite à remercier vivement le Dr. Dominique Mengin-Lecreulx de m’avoir accueilli au sein de son équipe de recherche Enveloppes Bactériennes et Antibiotiques. « Merci Chef » comme j’ai eu si souvent l’occasion de te le dire au cours de ma thèse. Merci pour l’ensemble des conseils que tu as pu me prodiguer, que ce soit au niveau scientifique ou autre (en mécanique notamment !). Merci pour ta disponibilité et pour le soutien que tu m’as pu m’apporter, plus particulièrement durant cette longue période qu’a constitué la rédaction de ce manuscrit. J’espère que nos chemins se recroiseront à l’avenir, pourquoi pas à La ferme du bout des prés autour d’un cochon grillé pour commencer ? Ou bien encore au bord d’un terrain de rugby ? Je tiens également à remercier le Dr. Hélène Barreteau. Hélène, un immense merci pour tout ! Sans toi la réalisation de cette thèse n’aurait pas été possible. C’est à toi qu’est revenue la lourde tâche de m’encadrer, de m’aiguiller et de me conseiller durant ces trois années, ce que tu as fait à la perfection ! Merci de m’avoir offert la possibilité de réaliser cette expérience qu’est la thèse ! Merci pour tous les moments partagés (pizzas, sushis, bières, concours de sudoku… Tu veux un moshi ?). Merci de ne m’avoir jamais fait de remarques le lundi matin quand j’arrivais un peu trop fatigué suite à victoire sur le pré et la troisième mi-temps qui l’avait accompagnée. Merci pour ta joie de vive et ta bonne humeur permanentes ! Merci pour tout ! Le petit scarabée, comme tu m’as surnommé, te remercie du fond du cœur. Je tiens également à remercier tous les autres membres de l’équipe. Merci mon Rodolpho pour les moments de franche rigolade, merci pour ta gentillesse et ta bienveillance. Ton caractère de cochon va me manquer, mais je suis sûr que nous nous reverrons très prochainement autour d’une bière avec Kanello ! Je tiens également à remercier Delphine Patin, ma voisine de bureau. Merci pour l’aide que tu as pu m’apporter, pour tes conseils et pour les manips que tu as réalisées pour moi. Tes « ça me gave, ça me gave, ça me gave » resteront gravé dans ma mémoire ! Je remercie également Thierry Touzé. Merci pour tes suggestions, tes idées de manips qui m’ont permis d’avancer dans ce travail. Merci également pour nos débats enflammés qui ont animés de nombreuses pauses café ! Je tiens également à remercier Xudong Tian. Merci Xudong pour ta gentillesse, ta sympathie et tout le reste, parce qu’avec toi « y’a pas de problème ». Cette chambrée commune au Portugal nous aura permis de mieux nous connaître ! Ne change pas ! Je te souhaite le meilleur pour la fin de ta thèse ; J’assisterai avec un vif plaisir à ta soutenance ! Je tiens également à remercier le Dr. Didier Blanot. Tes passages hebdomadaires au laboratoire ont toujours été très enrichissants. Merci pour ton expertise et ta gentillesse. Merci pour la relecture que tu as faite de ce manuscrit et pour les corrections que tu as pu y apporter. Je tiens également à saluer Victorien Decoin avec qui j’ai partagé de très bons moments lors son passage au laboratoire en tant que « post-doc ». Merci d’être venu me voir à Marcoussis lors des Championnats de France de 7 malgré une chaleur accablante et une absence totale d’endroits ombragés ! Je tiens également à remercier particulièrement Inès Gallay ainsi que Stéphane Plancqueel pour leur gentillesse et leur disponibilité lors de la réalisation des expériences de cristallographie. Merci à vous deux, maintenant nous n’avons plus qu’à croiser les doigts pour avoir une structure exploitable prochainement. Je tiens également à remercier Magalie Aumont-Nicaise pour son aide, ses conseils et par-dessus tout sa bonne humeur ! Merci de m’avoir permis de réaliser les tests d’interactions sur cette belle plateforme ! Je remercie tout particulièrement Marie-Hélène Sarda et Martine Denis pour leur gentillesse et le travail formidable qu’elles effectuent. Je tiens également à remercier mes collègues enseignants, Moussa, Fred, Boris, Marianne… Je tiens à également à remercier toutes les personnes avec qui j’ai pu échanger au sein de l’institut : Agathe, Marielle, Agnès, Dominique, Michel (merci pour le dépannage !), Olivier, Corentin, Sébastien, Jean, Ahmed, Herman, Sylvie, Noureddine… Merci à Simon Bossi pour les pauses que l’on a partagées pendant la rédaction du manuscrit ! Change pas beau gosse ! 3 Je tiens à remercier chaleureusement Margarida Gomes et Adeline Pichard-Kostuch. Un immense merci à vous deux ! Merci de me supporter depuis le Master, ça ne doit pas être facile tous les jours ! Merci d’avoir été là pour moi dans les bons comme dans les mauvais moments ! Merci pour ces nombreux jeudis soirs que l’on a passé ensemble, en compagnie de Clément Madru, que je salue également. Merci ma petite Maggie, Beijinhos ! Merci Petit Faron, merci de m’avoir épaulé dans la dernière ligne droite de la rédaction, notamment de m’avoir évité de perdre un temps fou dans les méandres d’ADUM ! Petit faron « you’re eating my food’s food and i don’t appreciate that ». Je tiens à adresser un hommage tout particulier à Monsieur Thomas Ducrocq aka « Sustanon » qui figure dans ces remerciements en partie grâce à un « pour combien » mais également parce que t’es un chic type ! Ce défi de te faire apparaître dans mes remerciements, tu me l’as lancé pendant une de nos fameuses séances de bibis avec Bruno et je tenais à le coucher sur le papier pour me le remémorer dans quelques années ! Merci également à la famille du CA.ORSAY.RC. J’ai passé des saisons formidables à vos côtés et jouer en votre compagnie m’a permis de garder un certain équilibre essentiel pour pouvoir mener à bien ce travail de thèse. Je tiens également à remercier Romaric Jumetz, mon copain de toujours. Je n’ai pas besoin d’en dire beaucoup plus. Merci pour ton soutien, et dans quelques semaines, je pourrai de nouveau servir de co-pilote et rattraper le temps perdu ! Par la même occasion, je tiens à remercier Ludovic Sotoca, qui m’a encouragé depuis l’autre bout du globe, en Nouvelle-Zélande. Merci mon Lulu et ne t’en fais pas pour ta calvitie, la science progresse à grands pas ! Merci à mes nouveaux colocs : Léo, La Bapt, Alexis et Alexis ! Merci de m’avoir fait à manger quand je rentrais tard le soir après une longue journée de rédaction. Merci de m’avoir accepté aux Lulus ! Je tiens également à remercier mes parents du fond du cœur ! Merci de m’avoir toujours poussé à continuer mes études. Je crois que je ne peux pas aller beaucoup plus loin maintenant ! Merci Maman, merci papa, merci Garf ! Enfin, je tiens à remercier Charlène Devilleger d’avoir eu la uploads/Geographie/ cherier-2017-archivage-pdf.pdf