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Liste de sujets Virologie Cette liste de 66 questions est assez exhaustive. En

Liste de sujets Virologie Cette liste de 66 questions est assez exhaustive. En effet, il ne s'agit pas de restreindre les parties du cours à apprendre mais de vous guider dans vos révisions en vous indiquant les points qu'il me semble utile que vous ayez acquis et de mieux saisir l'esprit dans lequel il vous faut préparer cette partie de l'examen. Ces questions s'attachent plus aux concepts en virologie qu'aux données ponctuelles, même si pour la partie "rétrovirus" il faut nécessairement entrer un peu plus dans les données concrètes. Pour l'examen, je choisirai quelques questions parmi ces 67 (sans exclure quelques re-formulations de dernières minutes). Cela signifie que vous réponses seront forcément succinctes (3 à 6 minutes par question) et il ne s'agit pas de me rendre une dissertation avec luxe de détails pour chacune d'entre elles, mais de me montrer que vous avez assimilé les points importants en me les restituant en quelques lignes, et éventuellement un schéma. 1. Définissez les deux notions suivantes, en insistant sur les différences entre elles : virus, virion 2. Qu'entend-on par nature métastable des particules virales 3. Citer des ordres de grandeurs approximatifs des valeurs suivantes : tailles minimales et maximales des particules virales, tailles minimales et maximales des génomes viraux (en kb), nombre maximal et minimal de gènes contenus dans les génomes viraux. 4. Qu'est-ce qu'un virus satellite. 5. Quels sont les constituants minimaux d'une particule virale ? Citez deux types d'agent infectieux sub-cellulaires qui ne sont pas des virus. 6. Expliquez succinctement l'organisation de particules virales à symétrie hélicoïdale. Quelles en sont les conséquences en terme de morphologie de ces particules. 7. Expliquez succinctement l'organisation des particules virales à symétrie icosaèdrique. Citer les trois types d'axe de symétrie de ces particules, et à quoi ils correspondent dans la structure de la particule 8. Qu'est-ce que le nombre de triangulation (T) ? Dans quels types de particules virales peut-il être définit ? Pouvez-vous donner le nombre de triangulation du virus présenté à la figure suivante ? 9. Décrivez par un schéma la structure typique d'une bactériophage à ADN double-brin ? Quel est le rôle fonctionnel des différentes parties ? 10. Quels sont les différents niveaux taxonomiques définis dans la classification internationale des virus ? Donnez les règles de nomenclatures données pour chacun de ces niveaux et indiquez quels niveaux taxonomiques sont obligatoires ou facultatifs. 11. Décrivez le principe général et l'intérêt de la classification virale de Baltimore. Quelles sont les 6 classes définies ? 12. Qu'est-ce qu'un virus à ARN de polarité positive ? de polarité négative ? ambisens ? Citez une conséquence fonctionnelle importante de cette polarité. 13. Expliquez pourquoi lors de la pénétration virale, certains virus à ARN de polarité positive n'injectent que leur génome dans la cellule cible, alors que ce n'est jamais observé pour les virus à ARN de polarité négative. 14. Le génome de certains virus à ARN de polarité positive (par exemple les Picornaviridae) ne contient qu'une unique région codante (ORF). Expliquez par un schéma accompagné d'une courte explication leur cycle de réplication. 15. Le génome de certains virus à ARN eucaryotes de polarité positive (autres que les Retroviridae, par exemple les Togaviridae) contient plusieurs régions codantes (ORFs). Expliquez par un schéma accompagné d'une courte explication leur cycle de réplication, et comment sont traduites chacune des régions codantes. 16. Le cycle de réplication des virus à ARN négatifs non segmentés (Mononegavirales) fait intervenir deux activités distinctes de l'ARN-polymérase : activité transcriptase et activité réplicase. Quelles sont les différences entre ces deux activités ? Placez leur rôle dans un schéma du cycle de réplication du virus. 17. Quelles sont les différences en terme de taux de mutation entre virus à ARN et virus à ADN ? Expliquez les raisons de ces différences et leurs conséquences en terme évolutif. 18. Qu'est-ce qu'une quasi-espèce. Pour quels types de virus observe-t-on leur développement ? Quelles en sont les conséquences biologiques ? 19. Quelle est la structure des particules virales et du génome des Orthomyxovirus (virus de la grippe) ? Quelle modalité évolutive particulière découle de cette structure ? Expliquez son mécanisme. 20. Chez les virus virus de la grippe de type A, une classification en sous-types est couramment utilisée, par exemples les sous-types H1N1, H3N2 ou H5N1. Expliquez à quoi correspond cette nomenclature. 21. Les oiseaux et les porcs jouent fréquemment un rôle important dans la survenue de pandémies du virus de la grippe. Expliciter le rôle de chacun d'entre eux. 22. Expliquez ce que sont les mécanismes de « cassures » (shift) et de « glissement » (drift) au cours des mécanismes évolutifs du virus de la grippe et leurs conséquences fonctionnelles et épidémiologiques. 23. Donnez deux raisons pour lesquels il peut être difficile (voire impossible) d'étudier certains virus par des techniques de biologie moléculaire (par exemple en réalisant expérimentalement des altérations génétiques ciblées). Expliquer la nature des difficultés. 24. Expliquez le mécanisme d'entrée virale utilisé par les virus enveloppés 25. Expliquez ce qu'on entend par mécanismes d'entrée virale pH-dépendants ou pH-indépendants ? A quels types de virus ces notions s'appliquent-elles ? Quelles en sont les conséquences en terme d'effet cytopathogènes ? 26. Comment définit-on les phases précoce et tardive du cycle d'infection viral ? Pourquoi cette définition est-elle importante en ce qui concerne l'expression des protéines virale, pour beaucoup de virus ? 27. Définissez précisément ce qu'on entend en virologie par « protéine structurale » et une « protéine non-structurale ». En dehors de la propriété qui les définit, quelles sont les caractéristiques fréquemment rencontrées pour chacun de ces types de protéines virales. 28. Qu'est-ce que le « phénomène de shut-off » ? 29. Quelles peuvent être les conséquences physiologiques pour la cellule d'une infection virale ? 30. Qu'entend-on en virologie par « phénomène de neutralisation » ? 31. Expliquez succinctement quels rôles respectifs peuvent jouer l'immunité adaptative humorale et cellulaire dans la défense contre les virus. 32. Par quels grands mécanismes la réponse immunitaire peut-elle participer à la pathogénicité des virus ? 33. Comment définiriez-vous respectivement les infections virales aiguës et chroniques ? Quelles sont les grandes caractéristiques qui les différencient ? 34. Citez cinq mécanismes par lesquels les virus peuvent échapper aux défenses immunitaires de l'hôte. 35. L'étude le l'évolution au cours du temps du taux de réplication virale chez un individu infecté permet de définit plusieurs type de profils d'infection. Définissez chacun de ces profils par un schéma de cette évolution. 36. Qu'est-ce qu'une infection virale latente ? Citer les deux types de virus donnant ce type d'infection. 37. Décrivez succinctement « l'histoire naturelle de l'infection » dans le cas du virus de la rage. 38. Par quels grands mécanismes les virus peuvent-ils provoquer des effets pathogènes in vivo ? 39. L'adaptation à long terme d'un virus à son hôte tend à minimiser ces effets pathogènes. Expliquez pourquoi. 40. L'adaptation à long terme d'un virus à son hôte tend à minimiser ces effets pathogènes. Quels sont les mécanismes qui peuvent expliquer la présence d'effets pathogènes malgré cela ? 41. Citez trois virus liés à la survenue de cancers chez l'homme et les cancers correspondants, dont au moins un virus à ARN. 42. D'un point de vue médical, quels peuvent être les conséquences pratiques du fait qu'un cancer soit lié à une infection virale ? 43. Expliquez succinctement pourquoi l'utilisation les premiers traitements antiviraux du SIDA (l'AZT) étaient inefficaces contrairement à l'utilisation combinée de 3 antiviraux différents, utilisée à partir de 1996 ? 44. Tous les rétrovirus possèdent en commun huit protéines virales : de matrice (MA), de capside (CA), de nucléo-capside (NC), protéase (PR), reverse transcriptase (RT), intégrase (IN), de surface (SU), et trans-membranaire (TM). Faites le schéma d'une particule rétrovirale et d'un génome rétroviral, et placer dessus ces différentes protéines et les régions codantes correspondantes. 45. Les LTR de rétrovirus et les régions non-codantes qui les entourent présentent des motifs agissant en cis impliqués à différentes étapes du cycle viral. Faites un schéma représentant ces motifs, et indiquez pour chacun d'eux à quelles étapes du cycle viral ils interviennent. 46. Donnez la classification en sous-familles et familles des Retroviridae. Placez dans cette classification les virus sur lesquels vous avez travaillé en TP (Murine Leukemia Virus) et les virus HIV 47. Expliquez ce qu'est une rétrovirus endogène. Que savez-vous sur l'abondance et la diversité des rétrovirus endogènes humains ? 48. Quelle est la relation phylogénétique existant entre les virus HIV (HIV-1 et HIV-2) et les autres Lentivirus ? 49. Il est aujourd'hui considéré comme admis que les les virus HIV-1 et HIV-2 résultent d'évènements de transmission inter-espèce survenus au début du 20eme siècle. Quels arguments scientifiques viennent étayer cette théorie ? 50. Chez les eucaryotes, les mécanismes traductionnels ne permettent que l'expression d'un seul cistron (une seule ORF) à partir d'un ARN. Citez, dans le cas des rétrovirus, les différents mécanismes permettant l'expression de nombreuses protéines virales à partir de l'ARN génomique viral. 51. Chez les rétrovirus, où a lieu l'assemblage des particules virales ? Quels mécanismes permettent l'adressage des différents constituants des particules virales uploads/Management/ dsqfd.pdf