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See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.net/publication/291573129 Techniques des prélèvements microbiologiques Article in EMC - Pneumologie · January 2008 DOI: 10.1016/S1155-195X(08)46372-7 CITATIONS 0 READS 4,483 3 authors, including: Some of the authors of this publication are also working on these related projects: Diagnostic and therapeutic management of atrial fibrillation View project Christophe Faisy 98 PUBLICATIONS 2,387 CITATIONS SEE PROFILE All content following this page was uploaded by Christophe Faisy on 15 September 2017. The user has requested enhancement of the downloaded file. Techniques des prélèvements microbiologiques C. Faisy, J.-L. Mainardi, J.-Y. Fagon Les infections respiratoires sont la première cause de mortalité par maladie infectieuse dans le monde, et le coût économique et social qu’elles induisent justiﬁe de disposer des méthodes de diagnostic les plus efficientes. La gamme des techniques de mise en évidence directe ou indirecte des agents pathogènes est vaste et couvre l’ensemble des bactéries, virus, parasites et champignons. Le choix d’une méthode de prélèvement dépend du terrain du patient et du contexte de survenue de l’infection. L’existence d’une ﬂore commensale dans les voies aériennes proximales, la colonisation éventuelle de l’arbre trachéobronchique par des agents pathogènes et une antibiothérapie préalable sont des éléments qui perturbent souvent l’analyse nécessaire à l’évaluation rigoureuse des méthodes de diagnostic des infections respiratoires. Les problèmes posés par le diagnostic des pneumonies acquises sous ventilation artiﬁcielle illustrent bien ces difficultés. Par ailleurs, malgré l’essor des techniques moléculaires, des progrès considérables demeurent à faire dans l’intégration et l’évaluation de toutes ces méthodes au sein de stratégies de prise en charge efficientes. En effet, une technique diagnostique n’a de sens que si elle est intégrée dans une stratégie globale de prise en charge diagnostique et thérapeutique des infections communautaires et nosocomiales, et la collaboration entre cliniciens et microbiologistes est un élément essentiel pour traiter rapidement et de façon appropriée les patients infectés, et pour contrôler l’utilisation des antibiotiques pour éviter l’émergence et le développement des résistances. © 2008 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés. Mots clés : Infections respiratoires ; Pneumonies communautaires et nosocomiales ; Prélèvements microbiologiques ; Fibroscopie bronchique ; Lavage bronchoalvéolaire Plan ¶ Introduction 1 ¶ Principes généraux 2 ¶ Prélèvements respiratoires 2 Sécrétions nasopharyngées 2 Expectoration 3 Ponction trachéale transcutanée (ponction transtrachéale) 4 Aspiration trachéale ou bronchique 4 Techniques ﬁbroscopiques 5 Techniques dites « aveugles » 7 Ponction pulmonaire transthoracique 8 Biopsie pulmonaire chirurgicale 8 ¶ Prélèvements non directement respiratoires 8 Plèvre 8 Urines 9 Hémocultures 9 Sérologies et antigénémies 9 Techniques d’ampliﬁcation génique 10 Méthodes non microbiologiques 10 ¶ Stratégie diagnostique microbiologique 10 Pneumonies acquises sous ventilation artiﬁcielle 11 Bronchopneumopathie chronique obstructive 11 Mucoviscidose, dilatation des bronches 12 Patients immunodéprimés 13 ¶ Conclusion 13 ■Introduction Les infections bronchopulmonaires ont une incidence proche de 40 pour 1 000 habitants adultes dans les pays occidentaux [1] et, d’après un rapport de l’OMS publié en 2004, elles consti- tuent la première cause de mortalité par maladie infectieuse dans le monde : 7,5 millions de décès annuels dont au moins 1,5 million pour la tuberculose. En France, on estime que les infections bronchopulmonaires génèrent environ 30 % de la consommation globale des antibiotiques [2]. Une étude euro- péenne montre que plus de 50 % des antibiotiques administrés dans les services de réanimation sont prescrits pour traiter une infection respiratoire basse qu’elle soit documentée ou non [3], notamment chez les malades intubés et ventilés chez qui la mortalité par pneumonie nosocomiale varie de 24 à 76 % [4]. Ces chiffres illustrent l’ampleur du coût social et économique induit par les infections respiratoires et soulignent la nécessité de faire un diagnostic rapide et précis, et donc d’employer, de façon rationnelle, les plus efficientes des nombreuses méthodes de diagnostic microbiologique mises à la disposition des cliniciens. Cependant, l’existence d’une flore commensale dans les voies respiratoires supérieures et la colonisation de l’arbre trachéobronchique par les agents pathogènes, particulièrement chez les malades porteurs d’une bronchopneumopathie chroni- que obstructive (BPCO), d’une mucoviscidose ou d’une dilata- tion des bronches rendent difficile la documentation microbiologique précise des infections respiratoires dans un grand nombre de situations cliniques [5, 6]. Il faut aussi souligner que la diversité des agents pathogènes en cause et l’absence de ¶ 6-000-N-70 1 Pneumologie signes cliniques, radiologiques ou biologiques pathognomoni- ques d’un micro-organisme compliquent la recherche et l’iden- tification de l’agent responsable d’une infection respiratoire [7-9], que la pertinence de nombreuses méthodes diagnostiques en microbiologie est largement diminuée par l’utilisation préalable d’antibiotiques, et que la nécessité d’effectuer des prélèvements avant de traiter les infections respiratoires, en particulier les plus sévères, n’est peut être pas assez soulignée dans les recomman- dations professionnelles et les conférences de consensus ou d’experts. Par ailleurs, il existe des disparités dans l’emploi des métho- des de diagnostic microbiologique selon les pays, et dans un même pays en fonction des habitudes, des organisations et des « cultures » ; en conséquence, l’évaluation de l’usage de ces techniques montre des divergences entre les recommandations nationales et/ou internationales et la pratique quotidienne [10- 13]. Ainsi, 12 % des cas de pneumonie communautaire en Allemagne bénéficient de la réalisation d’un examen cytobacté- riologique des crachats (ECBC) contre seulement 3 % en France où la recherche de l’antigène urinaire de légionelle semble également très rare en cas de présence de signes de gravité [12, 14]. Dans ce contexte, il n’est pas étonnant de constater que les décisions thérapeutiques sont peu influencées par les examens complémentaires à visée de diagnostic microbiologique lors des infections respiratoires communautaires [14-16] et que certains auteurs contestent l’impact sur le pronostic des stratégies diagnostiques basées sur des prélèvements microbiologiques dans le domaine des pneumonies nosocomiales et communau- taires [17]. Le but de cette revue est de détailler les techniques les plus utiles au diagnostic des infections respiratoires et d’appor- ter au clinicien un outil pratique de décision dans le choix des méthodes à employer sur le terrain. ■Principes généraux Le diagnostic microbiologique d’une pneumopathie infec- tieuse requiert une analyse rigoureuse dans le choix des techni- ques employées, en fonction du terrain du patient et du contexte de survenue de l’infection. Cependant, la sélection des critères permettant d’évaluer et de valider une méthode de diagnostic microbiologique est rendue difficile en pneumologie par l’absence d’une technique de référence (gold standard) indiscutable, l’existence d’une flore commensale dans les voies aériennes proximales et la présence fréquente d’une antibiothé- rapie préalable. En effet, le seul aspect histologique du poumon comme gold standard du diagnostic de pneumonie est discuté dans le domaine des pneumopathies nosocomiales ou impossi- ble à définir dans le domaine des pneumonies aiguës commu- nautaires prises en charge en ambulatoire [13, 18]. Ainsi, il est difficile de comparer les valeurs de sensibilité et de spécificité des méthodes évaluées dans les différentes études (Tableau 1). La réalisation des prélèvements microbiologiques avant toute antibiothérapie et les cultures quantitatives de ces prélèvements permettent d’améliorer la qualité de l’analyse bactériologique et de s’affranchir, du moins en partie, du problème de la contami- nation par la flore commensale. L’examen direct à l’état frais et après coloration (techniques de Gram, May-Gründwal Giemsa) permet de caractériser la morphologie des bactéries, d’infirmer ou de diagnostiquer une infection dans un très grand nombre de circonstances. Cepen- dant, l’examen direct comporte des limites techniques comme un inoculum bactérien insuffisant ne permettant pas la détec- tion des micro-organismes ou l’impossibilité de mettre en évidence certains micro-organismes qui ne sont pas identifiables par les colorations usuelles. Les renseignements cliniques, le site et les modalités du prélèvement, le milieu et le temps de transport au laboratoire sont également des éléments importants qui peuvent limiter la qualité de l’examen direct et son inter- prétation. C’est pourquoi les résultats de l’examen direct doivent toujours être confrontés aux résultats des cultures dès qu’ils sont disponibles. Une technique diagnostique n’a de sens que si elle est intégrée dans une stratégie globale de prise en charge diagnostique et thérapeutique des infections commu- nautaires et nosocomiales, et la collaboration entre cliniciens et microbiologistes est un élément essentiel pour traiter rapide- ment et de façon appropriée les patients infectés, et pour contrôler l’utilisation des antibiotiques afin d’éviter l’émergence et le développement des résistances. ■Prélèvements respiratoires Sécrétions nasopharyngées Technique Les prélèvements nasopharyngés sont de réalisation facile en pratique ambulatoire, mais les techniques varient beaucoup selon les auteurs. Certains préconisent un écouvillonnage de l’arrière-gorge sans toucher la paroi pharyngée postérieure au décours d’un effort de toux, d’autres pratiquent un écouvillon- nage direct de la paroi postérieure du pharynx et des piliers des amygdales. Les sécrétions pharyngées peuvent être collectées par aspiration ou par écouvillonnage (écouvillon en coton à l’alginate de calcium). Les frottis de nez (écouvillonnage des cornets) sont plus rentables que le recueil des sécrétions pharyngées pour le diagnostic des infections à virus commu- nautaires car l’épithélium nasal est précocement et intensément infecté lors des viroses respiratoires, mais cette technique est douloureuse, particulièrement chez l’enfant. L’infection virale peut être établie à partir des sécrétions nasopharyngées par plusieurs méthodes : • détection d’antigènes par immunofluorescence directe permettant un diagnostic rapide (de 1 à 24 heures) ; • détection d’acide désoxyribonucléique uploads/Sante/ article-emc-2008.pdf